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CAA de NANCY, 1ère chambre, 25NC00332

Vu la procédure suivante : Procédure contentieuse antérieure : L'association des opposants à la carrière de Semondans (ADOCS) a demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler l'arrêté du 17 mars 2022 par lequel le préfet du Doubs a autorisé la société Maillard à poursuivre l'exploitation de sa carrière sur la commune de Semondans et fixé les modalités de cette exploitation, ensemble d'annuler la décision du 1er juillet 2022 par laquelle le préfet du Doubs a rejeté son recours gracieux formé à l'encontre de cet arrêté. Par un jugement n° 2201569 du 11 décembre 2024, le tribunal administratif de Besançon a annulé l'arrêté du préfet du Doubs du 17 mars 2022 en tant qu'il permet la poursuite de l'exploitation de la carrière de Semondans. Procédures devant la cour : I. Par une requête sommaire et des mémoires complémentaires, enregistrés sous le n° 25NC00332 le 11 février 2024, le 24 février 2025, le 25 juin 2025 et le 19 juillet 2025, la société Maillard représentée par Me Gury, demande à la cour : 1°) d'annuler ce jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 ; 2°) de rejeter la demande présentée par l'association des opposants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon ; 3°) de mettre à la charge de l'association des opposants à la carrière de Semondans le versement de la somme de 3 000 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Elle soutient que : - le moyen d'annulation retenu par les premiers juges tiré de l'incompatibilité du projet de la société avec le schéma régional des carrières du Doubs est inopérant et en tout état de cause, infondé ; - les moyens soulevés en première instance par l'association requérante tirés de l'insuffisance de motivation, des inexactitudes matérielles, des vices de procédure, de l'atteinte au maintien des populations animales et végétales dans un état de conservation favorable et de l'erreur de droit ne sont pas fondés ; - il n'est pas démontré de risque suffisamment caractérisé d'atteinte aux espèces protégées et notamment au Grand-duc d'Europe justifiant de solliciter une dérogation espèces protégées. Par des mémoires en défense, enregistrés le 6 juin 2025, le 26 juin 2025 et le 6 septembre 2025, l'association des opposants à la carrière de Semondans, représentée par Me Barbier Renard, conclut au rejet de la requête et à ce qu'une somme de 2 500 euros soit mise à la charge de la Société Maillard sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Elle soutient que : - les moyens soulevés par la société ne sont pas fondés ; - une dérogation pour espèces protégées doit être accordée pour que l'exploitation soit poursuivie ; - l'arrêté attaqué est insuffisamment motivé en raison de l'absence de traçabilité documentaire ; - il est entaché d'inexactitudes matérielles ; - il est entaché d'un vice de procédure, dès lors qu'une nouvelle consultation du public aurait dû être organisée, le projet ayant été substantiellement modifié ; - il est entaché d'un vice de procédure, dès lors que l'avis des communes concernées n'a pas été pris en compte ; - il est entaché d'un vice de procédure, dès lors qu'il n'a pas été précédé d'une nouvelle évaluation environnementale ; - il n'aurait pas dû être édicté, dès lors que la société Maillard a commis de nombreux manquements incompatibles avec l'exploitation de la carrière ; - il ne permet pas le maintien des populations animales et végétales dans un état de conservation favorable ; - le projet de la société Maillard est incompatible avec le schéma départemental des carrières du Doubs ; - l'arrêté attaqué est entaché d'une erreur de droit dès lors que la société Maillard ne pouvait pas régulariser sa situation en proposant un dossier de modification des conditions d'exploitation de sa carrière. La clôture de l'instruction a été prononcée avec effet immédiat le 25 juillet 2025 sur le fondement de l'article L. 611-11-1 du code de justice administrative. La cour a invité les parties à présenter des observations sur la possibilité sur le fondement de l'article L. 181-18 du code de l'environnement de sursoir à statuer afin de permettre la régularisation du vice susceptible d'être retenu tenant à l'absence de demande de dérogation espèces protégées et de suspendre l'exécution de l'autorisation des parties de l'autorisation non viciée. Par ailleurs, les parties ont également été sollicités sur les conséquences à tirer de l'article L. 411-2-1 du code de l'environnement sur le présent litige. Par des observations enregistrées le 12 septembre 2025, la société Maillard, représentée par Me Gury, s'oppose à une telle régularisation dès lors que le projet ne comporterait pas de risque suffisamment caractérisé pour des espèces protégées. Elle propose néanmoins de mandater un bureau d'étude afin d'établir la présence ou l'absence du Grand-duc d'Europe sur la carrière en octobre et en janvier-février

  1. Enfin, dans l'hypothèse où sa présence serait avérée, elle propose des mesures d'évitement et de réduction afin de réduire les risques sur l'habitat et la conservation de l'espèce. Par des observations enregistrées le 13 septembre 2025, l'association des opposants à la carrière de Semondans représentée par Me Barbier Renard s'oppose à la régularisation d'un tel vice dès lors qu'en tout état de cause, la dérogation ne pourrait être accordée en l'absence de raison impérative d'intérêt public majeur tel que cela résulte du jugement du tribunal administratif de Besançon n° 1801079 du 4 juillet 2019 devenu définitif. Toutefois, dans l'hypothèse où la cour déciderait de régulariser le vice, le délai accordé devrait au minimum être fixé à octobre 2026 afin de permettre l'étude d'un cycle de reproduction entier des espèces protégées sur le site ou ses alentours. II. Par une requête sommaire et des mémoires complémentaires, enregistrés sous le n° 25NC00341 le 12 février 2025, le 17 mars 2025 et le 26 juin 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche demande à la cour : 1°) d'annuler ce jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 ; 2°) de rejeter la demande présentée par l'association des opposants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon. La ministre soutient que : - le jugement est irrégulier en ce que les premiers juges ont méconnu le principe du contradictoire dès lors que le mémoire en réplique de l'association a été communiqué le 6 novembre 2024, soit seulement deux jours avant la clôture automatique de l'instruction le 8 novembre 2024 et qu'il contenait des éléments nouveaux dont le tribunal a tenu compte dans son jugement ; - le jugement attaqué est également insuffisamment motivé concernant le moyen d'annulation retenu ; - le moyen d'annulation retenu n'est pas fondé dès lors que la compatibilité du projet avec le schéma départemental des carrières s'effectue au regard de la nature des matériaux de substitution produits qui demeure identique tant en qualité qu'en proportion malgré la modification des conditions d'exploitation ; - la carrière en litige est compatible avec les points 1.1, 5.2.2, 5.2.3, 5.2.4 et 5.4 du schéma départemental des carrières du Doubs. Par un mémoire enregistré le 9 avril 2025, la société Maillard, représentée par Me Gury, demande à la cour qu'il soit fait droit aux conclusions présentées par la ministre et par suite, d'annuler le jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 et de rejeter la demande présentée par l'association des opposants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon. Par des mémoires en défense enregistrés le 6 juin 2025, le 26 juin 2025 et le 6 septembre 2025, l'association des opposants à la carrière de Semondans représentée par Me Barbier Renard à conclut au rejet de la requête de la société Maillard et à ce qu'une somme de 2 500 euros soit mise à sa charge sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Elle soutient que : - le recours du ministre est irrecevable en raison de la tardiveté du mémoire complémentaire du ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche ; - les moyens du ministre ne sont pas fondés. La clôture de l'instruction a été prononcée avec effet immédiat le 25 juillet 2025 sur le fondement de l'article L. 611-11-1 du code de justice administrative. La cour a invité les parties à présenter des observations sur la possibilité sur le fondement de l'article L. 181-18 du code de l'environnement de sursoir à statuer afin de permettre la régularisation du vice susceptible d'être retenu tenant à l'absence de demande de dérogation espèces protégées et de suspendre l'exécution de l'autorisation des parties de l'autorisation non viciée. Par ailleurs, les parties ont également été sollicités sur les conséquences à tirer de l'article L. 411-2-1 du code de l'environnement sur le présent litige. Par des observations enregistrées le 13 septembre 2025, l'association des opposants à la carrière de Semondans représentée par Me Barbier Renard s'oppose à la régularisation d'un tel vice dès lors qu'en tout état de cause, la dérogation ne pourrait être accordée en l'absence de raison impérative d'intérêt public majeur tel que cela résulte du jugement du tribunal administratif de Besançon n° 1801079 du 4 juillet 2019 devenu définitif. Toutefois, dans l'hypothèse où la cour déciderait de régulariser le vice, le délai accordé devrait au minimum être fixé à octobre 2026 afin de permettre l'étude d'un cycle de reproduction entier des espèces protégées sur le site ou ses alentours. Par des observations enregistrées le 17 septembre 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche conclut à l'absence de risque suffisamment caractérisé pour les espèces protégées et dans l'hypothèse où la Cour retiendrait ce vice à ce qu'il soit accordé un délai minimal de vingt mois pour sa régularisation. III. Par une requête enregistrée sous le n° 25NC00429 le 24 février 2025 et un mémoire en réplique enregistré le 16 avril 2025, la société Maillard représentée par Me Gury demande à la cour : 1°) d'ordonner le sursis à exécution du jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 ; 2°) de mettre à la charge de l'association des opposants à la carrière de Semondans le versement de la somme de 3 000 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. La société soutient que : - le sursis à exécution du jugement attaqué peut être ordonné sur le fondement des articles R. 811-15 et R. 811-17 du code de justice administrative dès lors qu'il existe des moyens d'annulation du jugement sérieux et de nature à justifier le rejet des conclusions à fin d'annulation et que l'exécution du jugement attaqué risque en outre d'entrainer des conséquences difficilement réparables ; - au soutien de sa demande de sursis à exécution, la société reprend les moyens soulevés dans sa requête n° 25NC00332 ; - l'exécution du jugement qui annule l'arrêté autorisant la poursuite de l'exploitation empêche la société d'exploiter la carrière en dépit de lourds investissements et de frais réguliers alors qu'en outre le résultat comptable pour l'année 2024 est négatif et qu'elle a l'obligation d'engager des frais supplémentaires de remise en état des lieux et de mise en œuvre de mesures de compensation supplémentaires. Par des mémoires en défense enregistrés le 4 avril 2025 et le 24 avril 2025, l'association des opposants à la carrière de Semondans, représentée par Me Barbier Renard, conclut au rejet de la requête de la société Maillard et à ce qu'une somme de 2 500 euros soit mise à sa charge sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. La clôture de l'instruction a été prononcée avec effet immédiat le 25 juillet 2025 sur le fondement de l'article L. 611-11-1 du code de justice administrative. Vu les autres pièces des dossiers. Vu - la directive n° 2011/92/UE du 13 décembre 2011 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement ; - l'ordonnance n° 2014-355 du 20 mars 2014 relative à l'expérimentation d'une autorisation unique en matière d'installations classées pour la protection de l'environnement ; - l'ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 relative à l'autorisation environnementale ; - le décret n° 2014-450 du 2 mai 2014 relatif à l'expérimentation d'une autorisation unique en matière d'installations classées pour la protection de l'environnement ; - le décret n° 2017-82 du 26 janvier 2017 relatif à l'autorisation environnementale ; - l'arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; - le schéma départemental des carrières du Doubs ; - le code de justice administrative. Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. Ont été entendus au cours de l'audience publique : - le rapport de Mme Barrois, première conseillère, - les conclusions de M. Denizot, rapporteur public, - et les observations de Me Gury avocat de la société Maillard, ainsi que celles de Me Picoche substituant Me Barbier-Renard avocat de l'association des opposants à la carrière de Semondans. Des notes en délibéré présentées par l'association des opposants à la carrière de Semondans ont été enregistrées le 19 septembre
  2. Considérant ce qui suit :
  3. Par un arrêté du 29 octobre 2015, complété par un arrêté du 9 mars 2018, le préfet du Doubs a autorisé la société Maillard à exploiter une carrière de roches massives calcaires au lieu-dit " La Craie ", sur le territoire de la commune de Semondans (Doubs), après lui avoir délivré, pour ce même projet, une autorisation de dérogation au régime de protection des espèces en application de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, par un arrêté du 14 novembre
  4. Le tribunal administratif de Besançon ayant annulé ce dernier arrêté par un jugement du 21 septembre 2017 au motif qu'il était insuffisamment motivé, le préfet a délivré à la société Maillard, le 26 décembre 2017, une nouvelle autorisation de dérogation au régime de protection des espèces, laquelle a, à son tour, été annulée par un jugement devenu définitif du même tribunal administratif du 4 juillet 2019 au motif que la dérogation accordée n'était pas justifiée par une raison impérative d'intérêt public majeur au sens de l'article L. 411-2 du code de l'environnement. Par un arrêté du 4 octobre 2019, le préfet du Doubs a, en application de l'article L. 171-7 du code de l'environnement, d'une part, mis la société Maillard en demeure de régulariser sa situation administrative, soit en cessant son activité, soit en déposant une nouvelle demande d'autorisation environnementale pour tenir compte de l'annulation de la dérogation au régime de protection des espèces et, d'autre part, a suspendu le fonctionnement de la carrière exploitée par cette société jusqu'à ce qu'il ait été statué sur la régularisation demandée. La suspension de l'exécution de cet arrêté a été définitivement rejetée par le Conseil d'Etat dans une décision n° 440734 du 28 avril
  5. A la suite du dépôt le 23 juillet 2021 d'un dossier de modification des conditions d'exploitation de sa carrière, le préfet du Doubs par un arrêté du 17 mars 2022, a autorisé la société Maillard à poursuivre ses activités sur le site et a modifié les conditions d'exploitation de sa carrière. Par les requêtes n° 25NC00332 et n° 25NC00341, la société Maillard et la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche font respectivement appel du jugement du 11 décembre 2024 par lequel le tribunal administratif de Besançon a annulé l'arrêté du préfet du Doubs du 17 mars 2022 en tant qu'il permet la poursuite de l'exploitation de la carrière de Semondans.
  6. Par la requête n° 25NC00429, la société Maillard sollicite le sursis à exécution de ce même jugement.
  7. Les trois requêtes concernant les mêmes parties et présentant les mêmes moyens soulevés contre la même décision ont fait l'objet d'une instruction commune. Il y a donc lieu de les joindre pour y statuer par un seul arrêt. Sur la fin de non-recevoir soulevée par l'association des opposants à la carrière de Semondans à l'encontre de la requête n° 25NC00341 :
  8. Aux termes de l'article R. 612-5 du code de justice administrative, " Devant les tribunaux administratifs et les cours administratives d'appel, si le demandeur, malgré la mise en demeure qui lui a été adressée, n'a pas produit le mémoire complémentaire dont il avait expressément annoncé l'envoi ou, dans les cas mentionnés au second alinéa de l'article R. 611-6, n'a pas rétabli le dossier, il est réputé s'être désisté ". Il résulte de cette disposition que lorsque qu'un tribunal administratif ou une cour administrative d'appel choisit d'adresser une mise en demeure en application de cet article, ce tribunal ou cette cour doit, à condition que l'intéressé ait annoncé expressément la production d'un mémoire complémentaire, qu'il ait reçu la mise en demeure prévue, qu'elle lui laisse un délai suffisant pour y répondre et l'informe des conséquences d'un défaut de réponse dans ce délai, constater le désistement d'office du requérant si celui-ci ne produit pas le mémoire complémentaire à l'expiration du délai fixé.
  9. En l'espèce, dans sa requête sommaire d'appel enregistrée le 12 février 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche annonçait la production d'un mémoire complémentaire. Une mise en demeure de produire ce mémoire dans un délai d'un mois comportant toutes les mentions obligatoires lui a été notifiée le 14 février
  10. Dès lors que ce mémoire a été enregistré le 17 mars suivant soit avant l'expiration du délai franc d'un mois de mise en demeure de produire, il n'y avait pas lieu pour la cour de donner acte du désistement de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche. La fin de non-recevoir opposée en défense ne peut dès lors qu'être écartée. Sur la régularité du jugement :
  11. La ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche soutient que les premiers juges auraient méconnu le principe du contradictoire en communiquant tardivement le 6 novembre 2024 soit seulement deux jours avant la clôture automatique de l'instruction le 8 novembre 2024, un mémoire de l'association requérante contenant des éléments nouveaux sur lesquels se sont fondés les premiers juges pour prendre leur décision.
  12. Il résulte de l'instruction que la ministre avait soulevé devant le tribunal administratif de Besançon une fin de non-recevoir tirée de l'incompétence et du défaut de qualité du président de l'association pour agir en justice que les premiers juges ont écarté dans le jugement du 11 décembre 2024 rectifié en se fondant sur les procès-verbaux de l'association désignant le président et lui donnant mandat pour agir en justice concernant le projet en litige communiqués dans le mémoire du 6 novembre
  13. Par suite, le ministre n'ayant pu présenter des observations sur ce mémoire faute de disposer d'un délai suffisant, le jugement doit être annulé, sans qu'il soit besoin d'examiner l'autre moyen de régularité.
  14. Il y a lieu, pour la cour, de statuer immédiatement, par la voie de l'évocation, sur les demandes présentées par l'association des opposants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon. Sur le cadre du litige :
  15. D'une part, aux termes de l'article L. 181-1 du code de l'environnement : " L'autorisation environnementale, dont le régime est organisé par les dispositions du présent livre ainsi que par les autres dispositions législatives dans les conditions fixées par le présent titre, est applicable aux activités, installations, ouvrages et travaux suivants, lorsqu'ils ne présentent pas un caractère temporaire / : (...) 2° Installations classées pour la protection de l'environnement mentionnées à l'article L. 512-
  16. (...) " et de l'article L. 181-2 du même code : " I. - L'autorisation environnementale tient lieu, y compris pour l'application des autres législations, des autorisations, enregistrements, déclarations, absences d'opposition, approbations et agréments suivants, lorsque le projet d'activités, installations, ouvrages et travaux relevant de l'article L. 181- 1 y est soumis ou les nécessite : / (...) 5° Dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats en application du 4° de l'article L. 411-2 ; (...) ". L'article L. 181-3 de ce code prévoit notamment que " l'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent également : / (...) 4° Le respect des conditions, fixées au 4° de l'article L. 411-2, de délivrance de la dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, lorsque l'autorisation environnementale tient lieu de cette dérogation ; (...) ". Aux termes de l'article L. 181-12 du même code : " L'autorisation environnementale fixe les prescriptions nécessaires au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-
  17. (...) ". Aux termes de l'article L. 181-14 de ce code : " Toute modification substantielle des activités, installations, ouvrages ou travaux qui relèvent de l'autorisation environnementale est soumise à la délivrance d'une nouvelle autorisation, qu'elle intervienne avant la réalisation du projet ou lors de sa mise en œuvre ou de son exploitation. (...) L'autorité administrative compétente peut imposer toute prescription complémentaire nécessaire au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-4 à l'occasion de ces modifications, mais aussi à tout moment s'il apparaît que le respect de ces dispositions n'est pas assuré par l'exécution des prescriptions préalablement édictées " et de l'article R. 181-46 du même code, " I. - Est regardée comme substantielle, au sens de l'article L. 181-14, la modification apportée à des activités, installations, ouvrages et travaux soumis à autorisation environnementale qui : 1° En constitue une extension devant faire l'objet d'une nouvelle évaluation environnementale en application du II de l'article R. 122-2 ; 2° Ou atteint des seuils quantitatifs et des critères fixés par arrêté du ministre chargé de l'environnement ; 3° Ou est de nature à entraîner des dangers et inconvénients significatifs pour les intérêts mentionnés à l'article L. 181-
  18. La délivrance d'une nouvelle autorisation environnementale est soumise aux mêmes formalités que l'autorisation initiale. " . Ces dispositions, applicables depuis le 1er mars 2017, résultent de l'ordonnance du 26 janvier 2017 relative à l'autorisation environnementale, dont l'article 15 prévoit notamment que : " 1° Les autorisations délivrées au titre (...) du chapitre II du titre Ier du livre V du code de l'environnement dans leur rédaction antérieure à la présente ordonnance (...) sont considérées comme des autorisations environnementales relevant du chapitre unique du titre VIII du livre Ier de ce code, avec les autorisations, enregistrements, déclarations, absences d'opposition, approbations et agréments énumérés par le I de l'article L. 181-2 du même code que les projets ainsi autorisés ont le cas échéant nécessités ; les dispositions de ce chapitre leur sont dès lors applicables, notamment lorsque ces autorisations sont contrôlées, modifiées, abrogées, retirées, renouvelées, transférées, contestées ou lorsque le projet autorisé est définitivement arrêté et nécessite une remise en état ".
  19. Par ailleurs, aux termes de l'article L. 171-7 du code de l'environnement : " Indépendamment des poursuites pénales qui peuvent être exercées, lorsque des installations ou ouvrages sont exploités, des objets et dispositifs sont utilisés ou des travaux, opérations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l'objet de l'autorisation, de l'enregistrement, de l'agrément, de l'homologation, de la certification ou de la déclaration requis en application des dispositions du présent code, ou sans avoir tenu compte d'une opposition à déclaration, l'autorité administrative compétente met l'intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu'elle détermine. / Elle peut édicter des mesures conservatoires et suspendre le fonctionnement des installations et ouvrages ou la poursuite des travaux, opérations ou activités jusqu'à ce qu'il ait été statué sur la déclaration ou sur la demande d'autorisation, d'enregistrement, d'agrément, d'homologation ou de certification (...) ".
  20. Il résulte de la décision n° 440734 du 28 avril 2021 du Conseil d'Etat que, lorsque la dérogation au régime de protection des espèces protégées prévue à l'article L. 411-2 du code de l'environnement est délivrée en vue de permettre l'exploitation d'une installation classée pour la protection de l'environnement, ou la partie de l'autorisation environnementale en tenant lieu, a fait l'objet d'une annulation contentieuse, il appartient au préfet de mettre en œuvre les pouvoirs qu'il tient de l'article L. 171-7 du code de l'environnement précité en mettant l'exploitant en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu'il détermine et, le cas échéant, en édictant des mesures conservatoires pouvant aller jusqu'à la suspension de l'exploitation de l'installation en cause jusqu'à ce qu'il ait statué sur une demande de régularisation. Saisi d'une telle demande, il lui appartient d'y statuer en tenant compte de la situation de droit et de fait applicable à la date à laquelle il se prononce, notamment en tirant les conséquences de la décision juridictionnelle d'annulation et de l'autorité de chose jugée qui s'y attache, le cas échéant en abrogeant l'autorisation d'exploiter ou l'autorisation environnementale en tenant lieu.
  21. Dans l'hypothèse où, en raison des travaux réalisés notamment sur le fondement de la dérogation au régime de protection des espèces protégées prévue à l'article L. 411-2 du code de l'environnement avant qu'elle ne soit annulée pour un motif de fond, la situation de fait, telle qu'elle existe au moment où l'autorité administrative statue à nouveau, ne justifie plus la délivrance d'une telle dérogation, il incombe cependant au préfet de rechercher si l'exploitation peut légalement être poursuivie en imposant à l'exploitant, par la voie d'une décision modificative de l'autorisation environnementale si elle existe ou par une nouvelle autorisation environnementale, des prescriptions complémentaires. Ces prescriptions complémentaires comportent nécessairement les mesures de compensation qui étaient prévues par la dérogation annulée, ou des mesures équivalentes, mais également, le cas échéant, des conditions de remise en état supplémentaires tenant compte du caractère illégal des atteintes portées aux espèces protégées, voire l'adaptation des conditions de l'exploitation et notamment sa durée.
  22. D'autre part, il appartient au juge du plein contentieux des installations classées pour la protection de l'environnement d'apprécier le respect des règles relatives à la forme et à la procédure régissant la demande d'autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l'autorisation et celui des règles de fond régissant le projet en cause au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date à laquelle il se prononce.
  23. Il résulte de l'instruction qu'à la suite de l'édiction de l'arrêté du 26 décembre 2017 par lequel le préfet du Doubs a autorisé la société Maillard à déroger au régime de protection des espèces protégées, des travaux de défrichement et de décapage ont été réalisés sur la surface concernée par l'arrêté en litige, avant que cette dérogation ne soit annulée par le tribunal administratif le 4 juillet
  24. Par l'arrêté attaqué du 17 mars 2022, le préfet a estimé que la situation de fait ne justifiait plus la délivrance d'une telle dérogation et a accordé l'autorisation d'exploiter et d'extraire pour une durée de six ans à compter de la notification du présent arrêté et pour une superficie maximale de 4 hectares 52 ares 20 centiares en abrogeant les dispositions et les annexes des arrêtés préfectoraux du 29 octobre 2015 et du 9 mars 2018 à l'exception de l'alinéa 1er de l'article 1 de l'arrêté du 29 octobre 2015 autorisant l'exploitation d'une carrière de roches calcaires et une installation de traitement de matériaux et a tiré les conséquences de ces modifications sur les conditions d'exploitation de la carrière notamment concernant le phasage. Il a également assorti son arrêté de prescriptions, à savoir les mesures de compensation initialement prévues par la dérogation du 26 décembre 2017 annulée par le tribunal, ainsi que des conditions de remise en état supplémentaires consistant en un reboisement du carreau inférieur sur une surface d'environ 1,8 hectares et la création de deux clairières herbacées d'une surface d'environ 0,3 hectares et des modalités de suivi de la biodiversité. En revanche, le niveau de production, les modalités d'extraction, et la conduite de l'exploitation sont demeurés inchangés.
  25. Dès lors que la durée et la superficie autorisées par l'arrêté attaqué sont moindres que celles de l'arrêté initial du 29 octobre 2015, les modifications apportées n'en constituent pas une extension au sens des articles L. 181-14 et R. 181-46 du code de l'environnement. De même, les modifications de l'installation n'atteignent pas les seuils quantitatifs et des critères fixés par arrêté du ministre chargé de l'environnement permettant de les qualifier de substantielles au sens de cette même disposition. Enfin et alors même qu'il est soutenu qu'une demande de dérogation espèces protégées serait nécessaire, les éléments produits au dossier ne permettent pas d'atteindre le degré de gravité exigé par l'article R. 181-46 du code de l'environnement et ainsi de caractériser des dangers et inconvénients significatifs pour les intérêts mentionnés à l'article L. 181-3 de ce même code.
  26. Ainsi, en l'espèce, l'arrêté attaqué ne constitue pas une nouvelle autorisation environnementale mais uniquement une décision modificative de l'autorisation environnementale accordée par l'arrêté initial du 29 octobre 2015 en tant qu'elle ne comporte pas de dérogation espèces protégées. Il en résulte que cette décision modificative n'est pas soumise aux mêmes formalités que l'autorisation initiale. Sur la légalité de l'arrêté du 17 mars 2022 :
  27. En premier lieu, il résulte de ce qui précède que tous les moyens dirigés contre l'arrêté du 17 mars 2022 tirés du non-respect des conditions de fond et de forme de l'autorisation environnementale sont inopérants. Ainsi, l'association des opposants à la carrière de Semondans ne peut utilement soulever les moyens tirés de l'absence de consultation du public, de l'absence de prise en compte de l'avis des communes concernées, de l'absence de nouvelle évaluation environnementale et de l'incompatibilité de l'exploitation avec le schéma départemental des carrières du Doubs.
  28. En deuxième lieu, l'association soutient que l'arrêté serait insuffisamment motivé en raison de l'absence de traçabilité documentaire. D'une part, ces omissions sont sans incidence sur sa légalité et d'autre part, l'arrêté qui vise l'ensemble des textes applicables, les précédents arrêtés préfectoraux, les décisions de justice, les avis rendus par le maire, la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Bourgogne-Franche-Comté et la commission départementale de la nature, des paysages et des sites (CDNPS) ainsi que la demande de modification de la société et rappelle les circonstances de son édiction comporte bien l'énoncé des considérations de droit et de fait qui en constituent le fondement. Par suite, le moyen soulevé en ce sens est écarté.
  29. En troisième lieu, l'arrêté attaqué serait entaché d'inexactitudes matérielles quant à l'année du jugement du 4 juillet 2019 du tribunal administratif de Besançon, la réalisation d'un diagnostic archéologique, la réalisation du défrichement et du décapage du terrain, une contradiction entre l'article 21.1 portant sur les boisements de sénescence situés en dehors du périmètre de l'autorisation et la bande boisée vieillissante mentionnée à l'annexe 4 et une contradiction entre le tracé du chemin à l'article 26 de l'arrêté et l'annexe
  30. Toutefois, l'ensemble de ces erreurs matérielles, qui pourraient être rectifiées par le préfet, demeurent sans incidence sur la légalité de la décision attaquée. Par ailleurs, l'association soutient également que la cuve double paroi contenant du carburant prévue à l'article 29 dudit arrêté aurait dû être visée à son article 2 par les mentions des rubriques de la nomenclature des ICPE 1432 et
  31. Cette cuve d'une capacité inférieure à 10 m3 ne relève cependant pas des installations classées pour la protection de l'environnement soumises à déclaration. Par suite, le moyen tiré de ces inexactitudes matérielles est écarté.
  32. En quatrième lieu, l'association soutient que les manquements répétés de l'exploitant aux prescriptions des arrêtés préfectoraux révéleraient que celle-ci ne dispose ni des capacités techniques, ni des capacités financières pour poursuivre l'exploitation. Il résulte de l'instruction et notamment de l'inspection réalisée le 7 septembre 2022 qu'aucune non-conformité à l'arrêté du 17 mars 2022 n'a été relevée. Par suite, le moyen soulevé en ce sens est écarté.
  33. En cinquième lieu, ainsi qu'exposé aux points 11, 12 et 16 du présent arrêt, le préfet après avoir mis en demeure l'exploitant de régulariser sa situation, devait rechercher si l'exploitation pouvait légalement être poursuivie en imposant à l'exploitant et décider, par la voie d'une décision modificative de l'autorisation environnementale, des prescriptions complémentaires voire l'adaptation des conditions de l'exploitation et notamment sa durée. Par suite, le moyen tiré de l'erreur de droit est écarté.
  34. En dernier lieu, l'association soutient que l'arrêté attaqué porte atteinte au maintien des populations d'espèces protégées dans un état de conservation favorable et est illégale en tant qu'il ne prévoit pas de nouvelle dérogation espèces protégées. Il résulte de ce qui précède que la régularisation de l'autorisation environnementale initiale en tant qu'elle ne comportait plus de dérogation espèces protégées en raison de son annulation contentieuse implique, si la situation de fait actuelle l'impose toujours, d'abroger l'autorisation d'exploiter ou d'édicter les mesures nécessaires à la protection des espèces protégées encore impactées par l'activité et a minima, de reprendre voire de renforcer les mesures compensatoires présentes dans la dérogation espèces protégées et les conditions de remise en état du site.
  35. Aux termes de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, relatif à la protection des espèces naturelles : " I. - Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / (...) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : (...) / c) Dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement (...) " et de l'article L. 411-2-1 du code de l'environnement, " La dérogation mentionnée au 4° du I de l'article L. 411-2 n'est pas requise lorsqu'un projet comporte des mesures d'évitement et de réduction présentant des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque de destruction ou de perturbation des espèces mentionnées à l'article L. 411-1 au point que ce risque apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé et lorsque ce projet intègre un dispositif de suivi permettant d'évaluer l'efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l'absence d'incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées ".
  36. D'une part, il résulte de ces dispositions que la destruction ou la perturbation des espèces animales concernées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l'autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d'une part, à l'absence de solution alternative satisfaisante, d'autre part, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation par l'un des cinq motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d'intérêt public majeur.
  37. Le système de protection des espèces résultant des dispositions citées ci-dessus, qui concerne les espèces de mammifères terrestres et d'oiseaux figurant sur les listes fixées par les arrêtés du 23 avril 2007 et du 29 octobre 2009, impose d'examiner si l'obtention d'une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l'espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l'applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l'état de conservation des espèces protégées présentes.
  38. Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation " espèces protégées " si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d'évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte. Dans l'hypothèse où les mesures d'évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l'administration, des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu'il apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé, il n'est pas nécessaire de solliciter une dérogation " espèces protégées ".
  39. D'autre part, les dispositions des articles L. 181-2, L. 181-3, L. 181-22, L. 411-2 et R. 411-6 du code de l'environnement imposent, à tout moment, la délivrance d'une dérogation à la destruction ou à la perturbation d'espèces protégées dès lors que l'activité, l'installation, l'ouvrage ou les travaux faisant l'objet d'une autorisation environnementale ou d'une autorisation en tenant lieu comportent un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces, peu importe la circonstance que l'autorisation présente un caractère définitif ou que le risque en cause ne résulte pas d'une modification de cette autorisation. Lorsque la modification de l'autorisation conduit l'autorité administrative à imposer des prescriptions complémentaires dont l'objet est d'assurer ou de renforcer la conservation d'espèces protégées, les dispositions des articles L. 181-14, R. 181-45, R. 411-10-1 et R. 411-10-2 n'ont ni pour objet ni pour effet de faire dépendre la nécessité de l'obtention d'une dérogation " espèces protégées " de la circonstance que cette modification présenterait un caractère substantiel. Il appartient à l'autorité administrative de s'assurer que les prescriptions complémentaires qu'elle impose présentent un caractère suffisant et, dans ce cadre, de rechercher si elles justifient, lorsqu'il demeure un risque caractérisé pour les espèces, d'imposer au bénéficiaire de solliciter une telle dérogation sur le fondement de l'article L. 171-1 du code de l'environnement.
  40. En l'espèce, les circonstances que la surface d'exploitation ait été défrichée et décapée et qu'il existe encore des espèces protégées aux abords d'une carrière alors qu'elle a été en activité n'emportent pas par elles-mêmes l'absence d'atteinte et de risque suffisamment caractérisé pour des espèces protégées.
  41. Il résulte de l'instruction et notamment du dossier de complément du 23 juillet 2021 adressé au préfet en vue de poursuivre l'exploitation de la carrière élaboré par le bureau d'études Sciences Environnement mandaté par la société Maillard et du suivi écologique réalisé en 2019 sur trois journées dont seulement une consacrée aux chiroptères avec une écoute de 10 minutes et un inventaire écologique réalisé en 2021 sur deux journées dont aucune ne concernait les chiroptères, que même si les espèces protégées présentes sur le site avant le défrichement ou le décapement ont disparu de cette partie de la carrière, il demeure cependant des espèces protégées aux abords ainsi que de nouvelles espèces rupestres potentielles qui peuvent être impactées par les nuisances consécutives à la reprise de l'exploitation de cette carrière. Parmi ces espèces protégées potentielles, sont mentionnées notamment le faucon pèlerin, le faucon crécerelle, le Grand-duc d'Europe et le grand corbeau ainsi que la bergeronnette grise et le rougequeue noir. Toutefois, le dossier de complément écarte tout risque d'atteinte pour les espèces protégées rupestres dès lors que le très faible linéaire et la hauteur des fronts de taille ainsi que l'exiguïté de la fosse d'extraction excluent la reproduction de ces espèces sur la carrière et que si tel était néanmoins le cas, l'extraction accordée approfondissant ce carreau, le gradin supérieur où ces espèces pourraient nichées ne serait plus impacté et exclut tout impact pour les espèces contactées aux abords du site.
  42. Il ressort également de l'étude de suivi écologique réalisée en 2023 par le même bureau d'étude, sur la carrière de Semondans alors en activité, que les inventaires réalisés pour l'avifaune nicheuse les 14 avril 2023 et 15 mai 2023 sur la base de cinq points d'indices ponctuels d'abondance assez éloignés de la carrière, ont révélé qu'avait été constatée la même diversité d'espèces qu'en 2019 malgré la suspension de l'exploitation entre mai 2021 et mars
  43. Les espèces patrimoniales contactées étaient ainsi toujours l'alouette lulu, le bruant jaune, le chardonneret élégant, le loriot d'Europe, le milan royal, le pic mar, le pic noir, le verdier d'Europe et la chouette hulotte.
  44. Toutefois, l'arrêt de l'exploitation de la carrière depuis le 17 décembre 2024 à la suite de l'annulation de l'arrêté du 17 mars 2022 par le jugement attaqué du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 a attiré la venue de nouvelles espèces protégées rupestres sur le site de la carrière. Ainsi, il résulte d'un inventaire de la faune sauvage local réalisée par un référent de la ligue de protection des oiseaux à proximité immédiate du site de la carrière de Semondans de janvier à mai 2025 que plusieurs espèces protégées ont été contactées aux abords de la carrière dont le busard saint martin classé en catégorie critique, le faucon crécerelle, le grand corbeau, la bergeronnette grise et le rougequeue noir. L'association apporte également suffisamment d'éléments pour établir la présence d'un Grand-duc d'Europe, protégé par l'article 3 de l'arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des espèces protégées, aux abords de la carrière et considérer comme très probable qu'il niche sur la carrière en raison de deux contacts à 500 mètres à l'est de la carrière et à 150 mètres au nord de la carrière et de ce que les caractéristiques de la partie de la carrière à l'arrêt correspondent à son habitat habituel alors qu'aucun autre site de nidification n'est connu en Franche-Comté. La circonstance opposée par la société Maillard que l'association ne puisse prouver avec certitude la présence du nid sur le site en raison d'un arrêté préfectoral en interdisant l'accès, d'une part, ne contredit pas la présence avérée de cet oiseau aux abords immédiats de la carrière et, d'autre part, ne peut être opposée à l'association des opposants à la carrière de Semondans qui se trouve dans une situation de formalité impossible alors qu'elle en a, en outre, directement informé le préfet du Doubs le 11 juin 2025 pour qu'il prenne toutes les mesures utiles.
  45. De plus, même si l'arrêté attaqué comporte une mesure d'évitement en ce que la partie non décapée et non défrichée de la carrière ne sera plus exploitée, une mesure de réduction sur la partie déjà exploitée consistant en la réduction de sa durée d'exploitation ainsi que des modalités de suivi de la biodiversité, ces mesures restent néanmoins insuffisantes pour protéger les espèces présentes sur le site et aux abords et réduire ainsi le risque d'atteinte qui, en l'absence d'étude actualisée, ne peut être évalué précisément.
  46. Dans ces circonstances particulières d'impossibilité d'accéder au site pour établir avec certitude la présence du nid et en tout état de cause, de la présence avérée de plusieurs espèces protégées aux abords immédiats de la carrière, il est nécessaire à minima que des prescriptions complémentaires soient édictées afin d'assurer ou de renforcer le maintien de ces populations d'espèces protégées dans un état de conservation favorable.
  47. Il appartient au juge des installations classées pour la protection de l'environnement d'apprécier le respect des règles relatives à la forme et la procédure régissant la demande d'autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l'autorisation, et d'appliquer les règles de fond applicables au projet en cause en vigueur à la date à laquelle il se prononce, sous réserve du respect des règles d'urbanisme, qui s'apprécie au regard des circonstances de fait et de droit applicables à la date de l'autorisation. Lorsqu'il relève que l'autorisation environnementale contestée devant lui méconnaît une règle de fond applicable à la date à laquelle il se prononce, il peut, dans le cadre de son office de plein contentieux, lorsque les conditions sont remplies, modifier ou compléter l'autorisation environnementale délivrée afin de remédier à l'illégalité constatée, ou faire application des dispositions de l'article L. 181-18 du code de l'environnement.
  48. Par suite, il y a lieu d'enjoindre au préfet d'édicter des mesures d'évitement et de réduction supplémentaires, adaptées aux espèces protégées présentes aux abords et sur le site, ce qui nécessitera au préalable la réalisation d'inventaires, actualisés à la suite de l'arrêt de l'exploitation de la carrière, et portant sur le cycle biologique complet de l'avifaune. La reprise de la poursuite de l'exploitation est conditionnée par l'édiction de cet arrêté complémentaire.
  49. Il résulte de l'ensemble de ce qui précède que le surplus des conclusions de la demande de l'association des opposants à la carrière de Semondans présentée devant le tribunal administratif de Besançon doit être rejeté. Sur les frais liés à l'instance dans les dossiers n° 25NC00332 et 25NC00341 :
  50. Dans les circonstances de l'espèce, il n'y a pas lieu de faire droit aux conclusions de la société Maillard et de l'association des opposants à la carrière de Semondans présentées sur le fondement des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Sur la demande de sursis à exécution de la requête n° 25NC00429 :
  51. Dès lors que le présent arrêt se prononce sur la requête en appel de la société Maillard contre le jugement du tribunal administratif du 11 décembre 2024, sa demande de sursis à exécution de ce même jugement est devenue sans objet. Il n'y a plus lieu d'y statuer.
  52. Dans les circonstances de l'espèce, il n'y a pas lieu de faire droit aux conclusions de la société Maillard présentées sur le fondement des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. D É C I D E : Article 1er : Le jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 est annulé. Article 2 : Il est enjoint au préfet du Doubs d'édicter des prescriptions complémentaires d'évitement et de réduction de l'atteinte portée aux espèces protégées ce qui nécessitera au préalable la réalisation d'inventaires, actualisés à la suite de l'arrêt de l'exploitation de la carrière, et portant sur le cycle biologique complet de l'avifaune. La reprise de la poursuite de l'exploitation de la carrière est subordonnée à l'édiction de cet arrêté. Article 3 : Le surplus des conclusions de la demande de l'association des opposants à la carrière de Semondans présentée devant le tribunal administratif de Besançon est rejeté. Article 4 : Le surplus des conclusions des requêtes n° 25NC00332 et 25NC00341 est rejeté. Article 5 : Il n'y a plus lieu de statuer sur la requête n° 25NC
  53. Article 6: Le présent arrêt sera notifié à la société Maillard, à l'association des opposants à la carrière de Semondans et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et au préfet du Doubs. Délibéré après l'audience du 18 septembre 2025, à laquelle siégeaient : - M. Wallerich, président de chambre, - Mme A..., présidente-assesseur, - Mme Barrois, première conseillère. Rendu public par mise à disposition au greffe, le 9 octobre
  54. La rapporteure, Signé : M. BarroisLe président, Signé : M. Wallerich La greffière, Signé : E. DelorsLa République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. Pour expédition conforme, La greffière, E. Delors 2 N° 25NC00332-25NC00341-25NC00429

Explication IA à partir du texte officiel de la loi. Indicatif, ne remplace pas un conseil juridique.