Vu la procédure suivante : Par une requête et un mémoire en réplique, enregistrés les 30 octobre 2025 et 19 mai 2026 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée demande au Conseil d'Etat d'annuler pour excès de pouvoir l'arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire du 3 septembre 2025 fixant les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction du grand cormoran (Phalacrocorax carbo sinensis) peuvent être accordées pour la protection des piscicultures par les préfets pour la période 2025-2028. Il soutient que l'arrêté qu'il attaque : - est entaché d'incompétence négative au motif qu'il omet de prévoir la protection des cours d'eau non domaniaux au sens de l'article L. 215-7-1 du code de l'environnement ; - est illégal au motif qu'il fixe des plafonds de destruction des grands cormorans au titre de la protection des piscicultures globalement stables depuis une dizaine d'années alors que les populations de l'espèce sont en augmentation ; - est illégal au motif que l'avis du conseil national de la protection de la nature du 16 octobre 2024 serait partial ; - a été adopté en méconnaissance de l'autorité de la chose jugée ; - est illégal, par la voie de l'exception, au motif qu'il a été pris sur le fondement de l'arrêté interministériel du 24 février 2025, qui interdit de manière générale et absolue la destruction des deux sous-espèces du grand cormoran dans huit départements ; - méconnaît le principe de non régression de la protection de l'environnement ; - est illégal en ce qu'il ne permet pas la mise en œuvre d'une régulation compatible avec le maintien de l'activité piscicole. Par un mémoire en défense, enregistré le 7 mai 2026, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, et des négociations internationales sur le climat et la nature conclut au rejet de la requête. Elle soutient que les moyens soulevés ne sont pas fondés. Par un mémoire en défense, enregistré le 19 mai 2026, la ministre de l'agriculture, de l'agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire déclare s'associer aux conclusions de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, et des négociations internationales sur le climat et la nature. Vu les autres pièces du dossier ; Vu : - la directive n° 2009/147/CE du Parlement européen et du Conseil du 30 novembre 2009 ; - le code de l'environnement ; - l'arrêté du ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, et du ministre de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; - l'arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire du 24 février 2025 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle et de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans ; - le code de justice administrative ; Après avoir entendu en séance publique : - le rapport de Mme Gabrielle Hazan, maîtresse des requêtes en service extraordinaire, - les conclusions de Mme Amélie Fort-Besnard, rapporteure publique ; Vu la note en délibéré, enregistrée le 17 juin 2026, présentée par le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée ; Considérant ce qui suit : 1. Le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée demande au Conseil d'Etat d'annuler pour excès de pouvoir l'arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire du 3 septembre 2025 fixant les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction du grand cormoran (Phalacrocorax carbo sinensis) peuvent être accordées pour la protection des piscicultures par les préfets pour la période 2025-2028. Sur le cadre juridique : 2. Aux termes du I de l'article L. 411-1 du code de l'environnement : " Lorsqu'un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l'écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation (...) d'espèces animales non domestiques (...) et de leurs habitats, sont interdits : / 1° (...) la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle (...) d'animaux de ces espèces ; / (...) 3° La destruction, l'altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d'espèces (...) ". Aux termes du I de l'article L. 411-2 du même code : " Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / (...) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1° (...) et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante (...) et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : /
- a)Dans l'intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; /
- b)Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l'élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d'autres formes de propriété (...) ". Aux termes de l'article R. 411-1 du même code : " Les listes des espèces animales non domestiques et des espèces végétales non cultivées faisant l'objet des interdictions définies par l'article L. 411-1 sont établies par arrêté conjoint du ministre chargé de la protection de la nature et soit du ministre chargé de l'agriculture, soit, lorsqu'il s'agit d'espèces marines, du ministre chargé des pêches maritimes ". Aux termes de l'article R. 411-6 du même code : " Les dérogations définies au 4° de l'article L. 411-2 sont accordées par le préfet (...) ". Aux termes de l'article R. 411-13 du même code : " Les ministres chargés de la protection de la nature, de l'agriculture (...) fixent par arrêté conjoint pris après avis du Conseil national de la protection de la nature : / (...) 2° Si nécessaire, pour certaines espèces dont l'aire de répartition excède le territoire d'un département, les conditions et limites dans lesquelles les dérogations sont accordées afin de garantir le respect des dispositions du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement ". 3. En application des dispositions citées au point 2, par un arrêté du 29 octobre 2009, le ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, et le ministre de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche ont fixé la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire, parmi lesquels figure le grand cormoran, ainsi que les modalités de leur protection. 4. Par un arrêté cadre du 24 février 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et la ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire ont fixé les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans afin de prévenir les dommages importants que ces oiseaux causent aux piscicultures ainsi que les risques que présente la prédation du grand cormoran pour les espèces de poissons protégées. Cet arrêté précise notamment les territoires dans lesquels des interventions peuvent être autorisées par les préfets de département ainsi que les périodes concernées et détermine les modalités d'exécution des opérations de destruction. A son article 4, il prévoit que, pour chaque campagne de prélèvement, le nombre de spécimens pouvant être détruits fait l'objet de plafonds départementaux fixés soit, pour la protection des piscicultures, par arrêté ministériel triennal, soit, pour la protection des populations de poissons menacées, par arrêté préfectoral, et précise qu'aucun plafond de destruction ne peut être accordé dans huit départements de l'ouest de la France en raison de la présence de la sous-espèce protégée Phalacrocorax carbo carbo, strictement protégée, et non différenciable de la sous-espèce Phalacrocorax carbo sinensis. Par l'arrêté attaqué, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et la ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire ont fixé les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction du grand cormoran peuvent être accordées par les préfets pour la protection des piscicultures pour la période 2025-2028. Sur les moyens de la requête : 5. En premier lieu, ainsi qu'il a été dit au point 4, l'arrêté cadre du 24 février 2025 ne renvoie à un arrêté ministériel triennal la fixation des plafonds départementaux de destruction des grands cormorans que pour la protection des piscicultures. Par suite, le syndicat requérant ne peut utilement soutenir que l'arrêté interministériel en litige est illégal au motif qu'il ne fixe pas de tels plafonds pour la protection des cours d'eau, plans d'eau connectés à ces cours d'eau, fossés et canaux dans lesquels la prédation des grands cormorans présenterait des impacts avérés sur des populations de poissons menacées. 6. En deuxième lieu, si le syndicat requérant soutient que l'arrêté litigieux serait illégal au motif que l'avis du Conseil national de la protection de la nature du 16 octobre 2024 serait entaché d'un défaut d'impartialité, il ressort des pièces du dossier que l'arrêté litigieux a été adopté au visa, non pas de l'avis du 16 octobre 2024, mais de celui du 9 juillet 2025. Par suite, le moyen manque en fait. 7. En troisième lieu, s'il ressort des pièces du dossier que les plafonds annuels totaux de destruction des grands cormorans pour la protection des piscicultures sont globalement stables d'une année sur l'autre alors que les populations de cette espèce augmentent, le syndicat requérant n'apporte pas d'éléments de nature à établir que les plafonds de destruction fixés par l'arrêté attaqué seraient insuffisants pour protéger les piscicultures, alors qu'au demeurant la régulation des populations de grands cormorans ne se limite pas aux tirs visant à protéger les piscicultures, l'arrêté cadre du 24 février 2025 autorisant également la destruction de spécimens afin de prévenir la prédation des poissons menacés en eaux libres, ainsi que des opérations d'effarouchement, et des destructions de nids et d'œufs. Par suite, le moyen tiré de ce que l'arrêté serait entaché d'une erreur manifeste d'appréciation au motif que les plafonds fixés seraient insuffisants pour permettre une régulation compatible avec le maintien de l'activité piscicole doit être écarté. 8. En quatrième lieu, en édictant l'arrêté attaqué, le pouvoir réglementaire n'a pas méconnu l'autorité de la chose jugée par la décision du 8 juillet 2024 par laquelle le Conseil d'Etat, statuant au contentieux a partiellement annulé pour excès de pouvoir l'arrêté du ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire et du ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires du 19 septembre 2022 fixant les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans pour la période 2022-2025, dès lors que les deux arrêtés n'avaient pas le même objet. 9. En cinquième lieu, il ressort des pièces du dossier qu'il existe un risque de confusion entre les sous-espèces Phalacrocorax carbo sinensis et Phalacrocorax carbo carbo, cette dernière sous-espèce étant particulièrement vulnérable, raison pour laquelle il a été estimé qu'elle ne pouvait faire l'objet d'aucune destruction. Si le syndicat requérant soutient qu'aucune différenciation génétique n'existe entre ces deux sous-espèces de grands cormorans, les éléments qu'il produit ne sont pas de nature à remettre en cause les travaux scientifiques sur lesquels se sont fondés les ministres, le Conseil national de protection de la nature et les recensements nationaux. Dès lors, il n'est pas fondé à contester, par voie d'exception d'illégalité, les dispositions de l'arrêté cadre du 24 février 2025 interdisant, en raison de leur apparence semblable, les destructions de grands cormorans dans les départements où ces deux sous-espèces cohabitent. 10. En sixième lieu, en se bornant à soutenir que les populations de grands cormorans causent des dégâts importants aux piscicultures, il ne saurait résulter de cette seule circonstance que l'arrêté litigieux méconnaitrait le principe de non-régression posé par l'article L. 110-1 du code de l'environnement. Par ailleurs, les dommages que les grands cormorans sont susceptibles de causer à la pisciculture sont indifférents dans l'appréciation de la décision de classement de cette espèce comme espèce protégée. Par suite, le syndicat ne peut utilement contester, par la voie de l'exception, le régime de protection stricte du grand cormoran, lequel impose aux pisciculteurs souhaitant protéger leur exploitation de présenter une demande de dérogation à l'interdiction de lui porter atteinte, en application du 4° du I de l'article L. 411-2 du code de l'environnement. 11. Il résulte de tout ce qui précède, sans qu'il soit besoin de se prononcer sur la recevabilité de sa requête, que le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée n'est pas fondé à demander l'annulation pour excès de pouvoir de l'arrêté qu'il attaque. D E C I D E: -------------- Article 1er : La requête du syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée est rejetée. Article 2 : La présente décision sera notifiée au syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, et des négociations internationales sur le climat et la nature, et à la ministre de l'agriculture, de l'agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire. Délibéré à l'issue de la séance du 11 juin 2026 où siégeaient : M. Stéphane Hoynck, assesseur, présidant ; M. Christophe Pourreau, conseiller d'Etat et Mme Gabrielle Hazan, maîtresse des requêtes en service extraordinaire-rapporteure. Rendu le 20 juillet 2026. Le président : Signé : M. Stéphane Hoynck La rapporteure : Signé : Mme Gabrielle Hazan La secrétaire : Signé : Mme Angélique Rajaonarivelo La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature, en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. Pour expédition conforme, Pour la secrétaire du contentieux, par délégation : N°509359- 2 -