5 Afs 56/2024 — Nejvyšší správní soud

15 Af 12/2025- 55 - text 11 15 Af 12/2025 [OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Martina Kříže, soudce Mgr. Bc. Jana Schneeweise a soudkyně Mgr. Věry Jachurové v právní věci žalobkyně: YOUR SYSTEM, spol. s r.o., IČO: 001 74 939 se sídlem Türkova 5b, Praha 4 zastoupená advokátem JUDr. Martinem Bohuslavem se sídlem Italská 67, Praha 2 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství se sídlem Masarykova 31, Brno o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 14. 4. 2025, č. j. 9663/25/5200-11433-706478 takto: I. Žaloba se zamítá. II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení. Odůvodnění: I. Vymezení věci a průběh řízení před správním orgánem 1. Žalobkyně se žalobou domáhala zrušení rozhodnutí specifikovaného v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“), jímž žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) ze dne 18. 1. 2024, č. j. 275251/24/2011-52522-109923 (dále jen „dodatečný platební výměr“), kterým byla žalobkyni doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2019 vyšší o 1 980 560 Kč a uložena povinnost uhradit penále ve výši 396 112 Kč. 2. Soud ze správního spisu zjistil, že se žalobkyně v předmětném zdaňovacím období věnovala dvěma projektům označeným jako „Vývoj nových CRM a ERP řešení“ (dále jen „Projekt VaV1“) a „Vývoj nových nástrojů v oblastech mobilních, informačních a řídících technologií“ (dále jen „Projekt VaV2“). Na tuto svou činnost žalobkyně uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „VaV“) ve smyslu § 34 odst. 4 a násl. zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“). Správce daně však dospěl k závěru, že odpočet byl uplatněn neoprávněně a na základě zprávy o daňové kontrole ze dne 3. 1. 2024, č.j. 880723/23/ 2403-60562-405296 vydal dodatečný platební výměr. Podle správce daně žalobkyně neprokázala splnění formálních podmínek pro uplatnění odpočtu. Správce daně jí konkrétně vytýkal obecné vymezení cílů projektů, nedodržení stanoveného způsobu kontroly řešení projektů a nedoložení změn personálního zajištění projektů (§ 34c odst. 1 písm. c), e) a f) ZDP). Proti dodatečnému platebnímu výměru podala žalobkyně odvolání, které bylo napadeným rozhodnutím zamítnuto. 3. V odůvodnění napadeného rozhodnutí žalovaný po shrnutí skutkového a právního základu věci uvedl, že právo uplatnit odpočet na VaV je beneficiem, přičemž daňový subjekt musí splnit veškeré podmínky stanovené zákonem (a stát je oprávněn přísně posuzovat jejich dodržení). Mezi formální zákonné požadavky patří povinnost vypracovat písemný projekt s náležitostmi podle § 34c ZDP. Pokud nejsou splněny formální náležitosti, je nadbytečné se dále zabývat otázkou naplnění věcných požadavků. 4. Žalovaný následně vysvětlil, že na rozdíl od správce daně považuje ohledně vymezení cílů projektů požadavek § 34c odst. 1 písm. c) ZDP za splněný. Nebylo tedy třeba se dále zabývat s tím souvisejícím odborným stanoviskem předloženým žalobkyní. 5. Ohledně vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu ve smyslu § 34c odst. 1 písm. f) ZDP žalovaný uvedl, že zákonodárce tento požadavek stanovil s ohledem na systematičnost a soustavnost. Po zahájení realizace projektu VaV daňový subjekt vede evidence a zajišťuje podklady pro doložení skutečností tvrzených v projektu VaV (tj. uskutečňování kontrolních a hodnotících postupů). Je nutné trvat na prokázání realizace kontrolní činnosti a hodnocení tak, jak byly daňovým subjektem vymezeny v projektové dokumentaci. S ohledem na to žalovaný považoval za důležité vedení průběžné dokumentace, aby bylo možné prokázat, že skutečná realizace projektu VaV odpovídá projektové dokumentaci. Vymezení způsobu kontroly a hodnocení v projektových dokumentacích žalobkyně, které je na hranici přijatelnosti, je obecné a nejde o individualizované nastavení pro dotčené projekty, bylo nicméně akceptováno. Přesto může mít obecné vymezení negativní dopad na unesení důkazního břemene ohledně faktické realizace. 6. Ze žalobkyní předloženého dokumentu „Metodika projektového řízení“ (dále jen „Metodika“) zmíněného v projektových dokumentacích vyplývá pořizování zápisů z jednání Řídící komise, Výkonného výboru a z každé schůzky. Ty však žalobkyně nepředložila. V Metodice jsou dále vyjmenovány dokumentace pro monitorování a kontrolu, avšak ani jedna z nich nebyla žalobkyní předložena. V projektových dokumentacích zmíněné směrnici „S-07-04 Návrh a vývoj SW“ (dále jen „Směrnice“) se hovoří o projektovém plánu obsahujícím harmonogram realizace, plán jednotlivých sprintů a jejich vyhodnocení (Sprint Review), postup testování, požadavky na součinnosti, kalkulaci nákladů na realizaci atd. Projektový plán a z něj plynoucí dokumenty však žalobkyně ani k jednomu z projektů nepředložila. 7. Žalobkyně předložila ukázky záznamů (printscreeny) ze systému JIRA, který se podle Směrnice využívá. Neuvedla však, co konkrétně tyto výstupy ve vztahu ke kontrolovaným projektům prokazují. Daný systém byl navíc žalobkyní používán při vývoji všech softwarových nástrojů, nelze tedy odlišit způsob kontroly a hodnocení postupu u software, jež není předmětem výzkumu a vývoje, a software vyvíjeného v rámci projektů. Správce daně potřebuje doložit výstupy, aby mohl zkontrolovat dodržení § 34c odst. 1 písm. f) ZDP, k čemuž si měla žalobkyně obstarat potřebné podklady. Také v odvolacím řízení předložené důkazní prostředky představují dílčí výstupy z programu JIRA a příklady verzování zdrojového kódu popisující fungování samotného softwarového nástroje, nikoli kontrolu předmětných projektů. Nelze z nich dovodit, jaké byly stanoveny parametry a hodnotící kritéria u jednotlivých vývojových aktivit, či zda kontrola a vyhodnocování skutečně proběhly. I přes uvedení identifikačních klíčů u dílčích úloh není zřejmá přímá vazba na jednotlivé dílčí vývojové aktivity uvedené v projektech. 8. Nebyly předloženy takové důkazní prostředky, ze kterých by uceleně vyplynulo, podle čeho se řešené projekty po věcné stránce hodnotily a zda či do jaké míry bylo jejich řešení úspěšné (jak a kdy bylo dosahováno jednotlivých milníků), případně jaká opatření byla v případě neúspěchu přijata. Není zřejmé ani to, kdy byly projekty dokončeny a s jakým výsledkem. Z předložených dokumentů nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení (ani nelze určit, co by mělo být považováno za úspěšnou či neúspěšnou realizaci). Žalobkyně se zavázala kontrolovat projekty podle Metodiky, a v ní uvedené kontrolní postupy tak nelze opomíjet. 9. Vývoj software je specifický, což žalovaný zohlednil při posouzení naplnění podmínky § 34c odst. 1 písm. c) ZDP. Vymezení způsobu a kontroly si nastavila sama žalobkyně v projektové dokumentaci, přičemž následně neunesla důkazní břemeno ohledně faktické realizace kontroly a hodnocení. Žalobkyně odkazovala na hodnocení postupu řešení v rámci dílčích úloh plánovaných a vyhodnocovaných v rámci 14denních sprintů, přičemž nijak nedoložila, jak byly tyto dílčí úkoly plánovány, jak byly následně plněny, či jak v případě jejich neúspěchu byly realizovány jejich změny nebo opravy. Žalobkyně nedoložila ani hodnocení jednotlivých dílčích úloh. Neunesla tedy důkazní břemeno ohledně faktické realizace kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků tak, jak si stanovila v projektové dokumentaci. Způsob vymezení kontroly a hodnocení v projektech je nedostačující a nesplňuje nároky § 34c odst. 1 písm. f) ZDP. 10. Žalobkyně dále nedostála požadavku podle § 34c odst. 1 písm. e) ZDP. Oproti projektu VaV1 uplatnila mzdové náklady pro rok 2018 i na dalšího zaměstnance, který nebyl v projektu uveden jako řešitel a pro rok 2019 na další čtyři zaměstnance, kteří v projektu rovněž nebyli uvedeni. V oddělené evidenci za rok 2019 oproti tomu nefigurují dva zaměstnanci, kteří byli v Projektu VaV1 uvedeni. V případě projektu VaV2 žalobkyně uplatnila mzdové náklady pro rok 2019 na dalších 11 zaměstnanců, kteří nebyli v Projektu VaV2 uvedeni jako řešitelé. V oddělené evidenci za rok 2019 oproti tomu nefiguruje sedm zaměstnanců, kteří byli v Projektu VaV2 uvedeni. Žalobkyně přitom nepředložila průběžnou dokumentaci, z níž by vyplýval důvod změn v personálním zajištění, o jakého pracovníka se jednalo (jméno, příjmení), jeho kvalifikaci, pracovněprávní vztah k žalobkyni a k jakému datu se na konkrétním projektu výzkumu a vývoje podílel. K tomu žalovaný odkázal na informaci Generálního finančního ředitelství č. j. 89174/17/7100-10110-013213 (dále jen „Informace“), kterou, ačkoli není obecně závazným předpisem, lze použít jako výkladové vodítko (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 10. 2006, č. j. 8 Afs 3/2005-5). Žalobkyně průběžnou dokumentaci ke změně personálního zajištění nepředložila. V projektu musí být uvedena každá osoba, která je odborným řešitelem projektu a bylo třeba vysvětlit, na základě jakých nep