1 Afs 122/2025 — Nejvyšší správní soud

1 Afs 122/2025- 73 - text  1 Afs 122/2025 - 79 pokračování [OBRÁZEK] ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Lenky Kaniové a soudců Ivo Pospíšila a Petra Pospíšila v právní věci žalobkyně: JanssenCilag s.r.o, se sídlem Walterovo náměstí 329/1, Praha 5, zastoupené JUDr. Martinem Bohuslavem, advokátem se sídlem Italská 2581/67, Praha 2, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 23. 8. 2024, č. j. 26201/24/520011433706478, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 15. 5. 2025, č. j. 15 Af 19/2024  78, takto: I. Kasační stížnost se zamítá. II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. III. Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti. Odůvodnění: I. Vymezení věci [1] Předmětem projednávané věci je problematika uplatnění výdajů na podporu výzkumu a vývoje, jakožto položky odečitatelné od základu daně podle § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. [2] Specializovaný finanční úřad (dále jen „správce daně“) doměřil žalobkyni dodatečným platebním výměrem ze dne 19. 10. 2022, č. j. 169835/22/420011771203936, daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017 vyšší o částku 1 081 860 Kč (současně vznikla zákonná povinnost uhradit penále ve výši 216 372 Kč), a dodatečným platebním výměrem ze dne 24. 2. 2023, č. j. 34620/23/420011771203936, daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2018 do 31. 12. 2018 vyšší o částku 699 200 Kč (penále ve výši 139 840 Kč). [3] Převažujícím důvodem doměření daně byla skutečnost, že správce daně žalobkyni neuznal odpočet výdajů na výzkum a vývoj, které uplatnila jako odečitatelnou položku od základu daně podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Dospěl totiž k závěru, že klinické hodnocení léčivých přípravků a léčebných postupů, které právní předchůdkyně žalobkyně (společnost Actelion Pharmaceuticals CZ s.r.o.) prováděla pro společnost Actelion Pharmaceuticals Ltd. (dále jen „Actelion“), nevykazuje znaky výzkumu a vývoje ve smyslu § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů, ve spojení s § 2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů. [4] Odvolání proti platebním výměrům žalovaný rozhodnutím ze dne 23. 8. 2024, č. j. 26201/24/520011433706478, zamítl. II. Rozsudek městského soudu [5] Stěžovatelka podala proti rozhodnutí žalovaného správní žalobu, kterou Městský soud v Praze (dále jen „městský soud“) v záhlaví specifikovaným rozsudkem zamítl. [6] Pro posouzení věci považoval za stěžejní, zda činnost žalobkyně prokazatelně vykazovala ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty. Touto otázkou se dle jeho mínění žalovaný podrobně zabýval a dospěl ke správnému závěru, že k výzkumné aktivitě docházelo až u společnosti Actelion, nikoliv u samotné žalobkyně (její právní předchůdkyně), jejíž činnost spočívala zejména v organizaci, monitoringu a administraci ve vztahu ke klinickým centrům a k provádění klinických studií. Tyto závěry nalézají oporu ve shromážděných podkladech, včetně svědeckých výpovědí. Pokud se jedná o znalecký posudek, který žalobkyně předložila v průběhu daňového řízení, žalovaný se s jeho obsahem náležitě vypořádal a objasnil, proč jej považuje za neprůkazný. Úkolem žalovaného bylo vyhodnotit činnost žalobkyně v tom směru, zda splňuje znaky výzkumu a vývoje z pohledu daňového práva (nikoliv z pohledu medicínského), jedná se tedy o otázku, jejíž rozřešení znalci nepřísluší. Posuzování nároků na odpočet za výzkum a vývoj v oblasti klinického hodnocení provádí daňové orgány vcelku běžně a disponují v tomto směru dostatečnými odbornými znalostmi. [7] Soud nepřehlédl, že žalobkyně nevystupovala přímo v pozici klinického centra, jako tomu obvykle bývá v jiných věcech posuzovaných žalovaným, ale v pomyslné hierarchii nad těmito centry. To však na věci nic nemění, neboť žalovaný postavení žalobkyně dostatečně vyjasnil a odůvodnil, proč jí nárok na odpočet výdajů na výzkum a vývoj nevznikl. Odkaz žalobkyně na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 24/2014  119, považoval městský soud za nepřiléhavý. Daňové orgány dle jeho přesvědčení nepochybily, pokud neprovedly výslech znalce, který zpracoval posudek předložený žalobkyní, ani nepřistoupily k zadání revizního znaleckého posudku. [8] Soud se s žalovaným ztotožnil i v tom směru, že žalobkyně nesla v souvislosti s prováděnými činnostmi pouze ta rizika, která měla podnikatelskou či sankční povahu (nejednalo se tedy o rizika spojená s nejistotou ve vztahu k vyvíjeným léčivům). Žalobkyni náležela úplata bez ohledu na to, zda bude léčivo následně uvedeno na trh. [9] Soud dále odkázal na odůvodnění napadeného rozhodnutí, z něhož vyplývá, že existuje ustálená praxe finanční správy, která provádění klinického hodnocení formou služby pro zadavatele nepovažuje za výzkumněvývojovou činnost. Tento názor opakovaně aprobovaly i správní soudy, byť ve vztahu k subjektům v částečně odlišném postavení (klinickým centrům). To však není pro věc rozhodné. Podstatné je, že činnost žalobkyně ani tak nenaplňuje znaky výzkumu a vývoje. S vědomím této skutečnosti je třeba přistupovat i k výkladu pokynu Ministerstva financí D288, či Frascati manuálu (tj. příručky vydané Organizací pro hospodářskou spolupráci a rozvoj – pozn. NSS). [10] Městský soud nepřitakal ani tvrzení žalobkyně, že se žalovaný dopustil nepřípustné diskriminace, či že postupoval v rozporu s § 6 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, a čl. 11 Listiny základních práv a svobod. III. Podstatný obsah kasační stížnosti [11] Žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) podává proti rozsudku městského soudu kasační stížnost z důvodů podle § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“). [12] Nesouhlasí se závěrem, že její činnost nenaplňuje materiální znaky výzkumu a vývoje, a má za to, že ve vztahu k této otázce unesla v daňovém řízení důkazní břemeno. Soud část její argumentace pominul, což činí napadený rozsudek nepřezkoumatelným. Stěžovatelka poukazuje na obsah svědeckých výpovědí, předložených dokumentů a znaleckého posudku a vymezuje se vůči způsobu, jakým městský soud tyto důkazy hodnotil. Při posuzování věci je dle jejího mínění třeba vzít v potaz úmysl zákonodárce, jímž bylo motivovat poplatníky k tomu, aby prováděli činnosti výzkumu a vývoje prostřednictvím vlastních zaměstnanců. Z ničeho přitom nevyplývá, že by bylo možné odpočet uplatnit pouze tehdy, když poplatník navrhne a vyvine zcela nový produkt (výrobek). [13] Stěžovatelka dále objasňuje, v čem lze v případě klinických studií spatřovat prvek novosti a výzkumné nejistoty. Na počátku je stanovena hypotéza (např. že určité léčivo má očekávané léčebné účinky na člověka), k jejímuž ověření či vyvrácení dojde právě prostřednictvím studie. Novost spočívá v prvním podání již známé látky člověku, s čímž je spojeno získání nových poznatků o dříve vyvinuté sloučenině. V zásadě se tedy jedná o pokusy prováděné na lidech, které podléhají přísné legislativní a etické regulaci. Poznatky získané v průběhu klinické studie vyhodnocuje a shrnuje do obecně použitelných závěrů na úrovni České republiky právě stěžovatelka. Finální závěry činí na základě dat z celého světa mateřská společnost. Stěžovatelka profituje z provedené studie, neboť pokud dojde ke schválení léku, stává se jeho distributorkou v České republice. [14] Stěžovatelka odkazuje na Pokyn D288 a Frascati manuál a tvrdí, že jí vzniklo legitimní očekávání ohledně podřaditelnosti klinických studií pod pojem výzkum a vývoj. Způsob, jakým se soud s otázkou závaznosti uvedených dokumentů vypořádal, považuje stěžovatelka za nesprávný a vnitřně rozporný. [15] Stěžovatelka dále trvá na tom, že daňové orgány měly zadat vypracování oponentního znaleckého posudku. Tvrzení městského soudu, že správce daně disponuje dostatečnými znalostmi, neboť obdobnou problematiku posuzuje běžně, je ničím nepodložené. Činnost stěžovatelky je vysoce odborná a porozumět jí může pouze osoba působící ve zdravotnictví. Výklad městského soudu činí zadávání znaleckých posudků nadbytečným. Nesprávná je i úvaha soudu, že úkolem správce daně je hodnotit naplnění podmínek pro odpočet z pohledu daňového, nikoliv medicínského. Chtělli žalovaný zpochybnit předložený znalecký posudek, měl přizvat oponentního znalce, anebo se obrátit na Technologickou agenturu ČR (dále jen „TAČR“). Tento závěr nalézá dle mínění stěžovatelky oporu i v rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 10 Afs 24/2014  119, který městský soud nesprávně označil za nepřiléhavý. [16] Stěžovatelka rovněž namítá, že výklad zastávaný žalovaným a městským soudem zakládá nerovné zacházení (diskriminaci) mezi daňovými subjekty. V daném případě nadto vede k absurdnímu d