5 Afs 84/2025 — Nejvyšší správní soud

5 Afs 84/2025- 56 - text  5 Afs 84/2025 - 61 pokračování [OBRÁZEK] ČESKÁ REPUBLIKA R O Z S U D E K J M É N E M R E P U B L I K Y Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Lenky Matyášové a soudců JUDr. Jakuba Camrdy a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobkyně: Zemědělské zásobování a nákup Strakonice, a.s., se sídlem č. p. 83, Radošovice, zast. JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským, advokátem, se sídlem Palackého 151/10, Prostějov, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Českých Budějovicích ze dne 9. 4. 2025, č. j. 61 Af 9/202371, takto: Rozsudek Krajského soudu v Českých Budějovicích ze dne 9. 4. 2025, č. j. 61 Af 9/202371, se zrušuje a věc se vrací tomuto soudu k dalšímu řízení. Odůvodnění: [1] Kasační stížností se žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) domáhá zrušení shora označeného rozsudku krajského soudu, kterým byla zamítnuta její žaloba proti rozhodnutí žalovaného ze dne 21. 8. 2023, č. j. 27266/23/520011433713076 (dále jen „rozhodnutí žalovaného“), ve věci daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016. [2] Dne 14. 10. 2019 zahájil Finanční úřad pro Jihočeský kraj (dále jen „správce daně“) u stěžovatelky za zdaňovací období roku 2016 daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob; v jejím průběhu správci daně vznikla pochybnost ohledně uplatněného nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4, § 34a, § 34b a § 34c zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném pro rozhodnou dobu (dále jen „zákon o daních z příjmů“). [3] Stěžovatelka uplatnila v roce 2016 odčitatelnou položku od základu daně z příjmů právnických osob na podporu výzkumu a vývoje ve výši 7 379 079 Kč, a to v souvislosti s projektem nazvaným „Krmné směsi pro skot bez geneticky modifikovaných surovin.“ Cílem tohoto projektu byl vývoj receptury krmiva a technologického postupu, který zajistí, aby při výrobě krmné směsi nedošlo ke kontaminaci geneticky modifikovanými organismy (dále jen „GMO“). Dle správce daně stěžovatelka neprokázala především to, že fakticky realizovala způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu tak, jak si stanovila v projektu výzkumu a vývoje, přičemž předložená dokumentace nedokládá průběh vlastního vývojového procesu a nelze z ní určit, jak proces tvorby nového technologického postupu a souvisejících kontrolních a technologických kroků probíhal; dále správce daně konstatoval, že stěžovatelka nevedla průkazně jednotlivé evidence, neprokázala, že náklady na prováděné testy souvisejí s projektem výzkumu a vývoje a rovněž nevedla oddělenou evidenci dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. [4] Dodatečným platebním výměrem ze dne 30. 11. 2021, č. j. 2185995/21/ 221150522307699, správce daně stěžovatelce doměřil daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 1 412 650 Kč a stanovil jí zároveň povinnost uhradit penále ve výši 282 530 Kč. Žalovaný odvolání stěžovatelky zamítl a dodatečný platební výměr potvrdil. [5] V obsáhlé žalobě stěžovatelka tvrdila, že již v odvolání namítala nesprávné posouzení otázky, zda činnosti realizované v rámci projektu výzkumu a vývoje splňují definiční znaky výzkumu a vývoje, tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Ačkoliv podle žalovaného správce daně vyjádřil pochybnosti o přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty, tyto pochybnosti nebyly důvodem pro zamítnutí odpočtu; z tohoto důvodu nepovažoval za nutné ustanovit znalce. Tato argumentace je dle stěžovatelky účelová. Podle stěžovatelky ze zprávy o daňové kontrole vyplývá, že správce daně zpochybnil, zda projekt lze podřadit pod činnost výzkumu a vývoje. Konkrétně odmítl zahrnutí opatření proti kontaminaci při skladování a logistických procesech mezi ocenitelné prvky novosti, neboť podle něj oddělené skladování musela stěžovatelka řešit již před realizací projektu. Správce daně rovněž nepovažoval za ocenitelný prvek novosti vývoj receptur pro výrobu krmných směsí bez GMO, protože stěžovatelka již před projektem vyráběla různé krmné směsi a tvorbu receptur měla podle jeho názoru vyřešenou. Podle správce daně došlo pouze k náhradě geneticky modifikovaného sójového šrotu za nemodifikovaný, což považoval za standardní úpravu výrobního procesu. Zpráva o kontrole pak poukazuje na to, že získání certifikace produktu nemusí nutně znamenat, že projekt splňuje podmínky výzkumu a vývoje. [6] Stěžovatelka naopak zdůrazňuje, že v rámci projektu bylo nutné nalézt výrobní technologie a nastavit logistické procesy tak, aby se zabránilo kontaminaci krmných směsí GMO; nalezení tohoto nového postupu je ocenitelným prvkem novosti. Původní postup výroby krmných směsí totiž neřešil úplné odstranění kontaminace. Stěžovatelka dále vyzdvihla celou řadu činností, které v rámci realizace projektu musela provést. Dále zdůraznila, že v průběhu projektu bylo prováděno testování a vyhodnocování jednotlivých surovin a jejich vlastností, což potvrzují doložené laboratorní rozbory. Kromě toho stěžovatelka připomněla, že předložila novou recepturu krmné směsi, záznamy z porad vývojového týmu, finanční a technickou zprávu k projektu a certifikaci potvrzující absenci GMO v konečném produktu. [7] Stěžovatelka odmítla tvrzení žalovaného, že správce daně nevyvozoval žádné závěry ohledně materiální stránky projektu, když zpráva o daňové kontrole naopak obsahuje konkrétní argumentaci k této otázce. Zpochybnění přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasnění technické nejistoty tedy bylo jedním z důvodů doměření daně. Za účelem posouzení této odborné otázky měl žalovaný ustanovit znalce. [8] Stěžovatelka dále uplatnila námitky ke způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Nesouhlasí přitom s žalovaným, že nebylo prokázáno konání pravidelných porad v každé etapě projektu. Skutečnost, že nebyla zajištěna úplná shoda mezi plánovanými a skutečně provedenými kontrolami podle stěžovatelky nepředstavuje zákonný důvod pro odepření odpočtu. Správce daně obdržel čtyři zápisy z porad řešitelského týmu, které shrnují průběh jednotlivých etap projektu; podle stěžovatelky zákon o daních z příjmů nestanoví žádné konkrétní požadavky na četnost a metodu kontrol, a proto nelze hodnotit jejich formu jako nedostatečnou. [9] Podle stěžovatelky bylo prokázáno, že kontroly a hodnocení projektu výzkumu a vývoje skutečně probíhaly. V této souvislosti odkázala na jednotlivé důkazní prostředky, které mají tuto činnost prokázat. Nesrovnalosti v evidenci odpracované doby odmítla. [10] Stěžovatelka poznamenala, že žalovaný fakticky hodnotil věcnou stránku projektu, tj. samotnou vývojovou činnost, když se zaměřil na průběh vývojového procesu, pro který je stěžejní odstraňování technické nejistoty a hledání ocenitelného prvku novosti. Samotnou vývojovou činnost přitom označil za irelevantní. V této souvislosti stěžovatelka namítla, že posouzení vývojové činnosti lze pouze na základě komplexního hodnocení důkazů, kdy budou všechny provedené důkazy hodnoceny ve vzájemných souvislostech, jak vyžaduje § 92 odst. 7 a § 8 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění účinném pro rozhodnou dobu (dále jen „daňový řád“). [11] Rozhodnutí žalovaného je dle stěžovatelky rovněž vnitřně rozporné. V této souvislosti poznamenala, že podle žalovaného stěžovatelka na jednu stranu neprokázala návaznost doložených důkazů na výzkumnou a vývojovou činnost, současně jí však vyčítá, že nevedla řádnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj. Stěžovatelka je toho názoru, že pokud žalovaný hodnotí evidenci nákladů na výzkum a vývoj, implicitně tím uznává, že byl doložen kompletní průběh realizace projektu, včetně kontrol a hodnocení a že vývojová činnost byla skutečně realizována. [12] Dále stěžovatelka namítla, že závěry žalovaného o nesplnění podmínek evidence nákladů na výzkum a vývoj jsou nesprávné. Podrobně pak rozvedla svou argumentaci ve vztahu k osobním nákladům, nákladům na materiál a nákladům na certifikaci. [13] Podle stěžovatelky je rozhodnutí žalovaného nezákonné též z toho důvodu, že žalovaný nedostatečně zjistil skutkový stav věci potřebný pro rozhodnutí, čímž porušil § 92 odst. 2 daňového řádu. V této souvislosti znovu zmínila, že nastolené otázky, jakož i jí dokládané důkazní prostředky, byly odborné povahy, což si vyžaduje znalecké posouzení. To však daňové orgány odmítly. Stěžovatelka se domáhala ústního jednání a místního šetření, to však bylo ze strany správce daně rovněž odmítnuto. [14] Krajský soud žalobu neshledal důvodnou a výše nadepsaným rozsudkem ji zamítl. Již v úvodu soud poznamenal, že prokázání uskutečnění kontroly a hodnocení probíhající výzkumné a vývojové činnosti spadá pod otázku splnění formálních podmínek pro uplatnění daňového odpočtu; dle krajského soudu byly stěžovatelkou předložené podklady obecné a nedostačující. Z tohoto důvodu nebylo nutné věcné hodnocení samotného projektu, a tedy