7 Afs 230/2025 – Nejvyšší správní soud

7 Afs 230/2025- 56 - text  7 Afs 230/2025 - 62 pokračování [OBRÁZEK] ČESKÁ REPUBLIKA R O Z S U D E K J M É N E M R E P U B L I K Y Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Milana Podhrázkého, soudkyně Jiřiny Chmelové a soudce Davida Hipšra v právní věci žalobkyně: QTG IT SYSTEM s.r.o., se sídlem Cimburkova 916/8, Praha 3, zastoupená Mgr. Danielem Tobolou, advokátem se sídlem Revoluční 764/17, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 23. 10. 2025, č. j. 5 Af 31/2020177, takto: I. Kasační stížnost se zamítá. II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. Odůvodnění: I. Vymezení věci [1] Dodatečným platebním výměrem ze dne 16. 8. 2019, č. j. 6896993/19/200352521109765, doměřil Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále „správce daně“) žalobkyni daň z příjmů za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014 ve výši 3 401 000 Kč a současně rozhodl o povinnosti uhradit penále z doměřené daně ve výši 680 200 Kč. Učinil tak na základě výsledků daňové kontroly, podle nichž žalobkyně neoprávněně zahrnula do daňově účinných nákladů částku 18 341 549,50 Kč, aniž by prokázala, že se jednalo o náklady vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů dle § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále „zákon o daních z příjmů“). Jednalo se o platby za údajné služby poskytované společností Softriumph International LLC (dále „STI“), zejména o dodávku dat pro systém žalobkyně. Správce daně současně snížil základ daně o částku 440 812,50 Kč, kterou naopak žalobkyně nezahrnula do daňově účinných nákladů. Proti dodatečnému platebnímu výměru podala žalobkyně odvolání, avšak žalovaný jej rozhodnutím ze dne 3. 8. 2020, č. j. 28994/20/520011431712032, zamítl a dodatečný platební výměr potvrdil. [2] Rozhodnutí žalovaného žalobkyně napadla žalobou podanou k Městskému soudu v Praze. Ten rozhodnutí žalovaného rozsudkem ze dne 29. 2. 2024, č. j. 5 Af 31/202086 (dále „první rozsudek městského soudu“), zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Na základě kasační stížnosti žalovaného ovšem Nejvyšší správní soud první rozsudek městského soudu zrušil svým rozsudkem ze dne 24. 2. 2025, č. j. 8 Afs 78/202483 (dále „rozsudek osmého senátu“). Nejvyšší správní soud konstatoval, že daňové orgány v řízení unesly důkazní břemeno ve vztahu k vyjádření důvodných pochybností podle § 92 odst. 5 písm. c) zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ohledně faktického uskutečnění fakturovaného plnění od společnosti STI a dále k tomu, zda žalobkyně za fakturované plnění od společnosti STI zaplatila. Jednáli se o úvahy městského soudu o rozptýlení (některých, podle městského soudu relevantních) pochybností ze strany žalobkyně, Nejvyšší správní soud upozornil na to, že tyto úvahy jsou nepřezkoumatelné, neboť městský soud dostatečně nezdůvodnil, proč má za to, že došlo k rozptýlení vyjádřených pochybností. S ohledem na právní názor o tom, že daňové orgány vyjádřily důvodné pochybnosti náležitě, se navíc stalo hodnocení pouze některých dílčích pochybností zcela nedostatečným. Nejvyšší správní soud tak zavázal městský soud, aby v dalším řízení posoudil v souvislostech všechny vyjádřené pochybnosti ve vztahu k uskutečnění plnění a vyhodnotil, zda se je žalobkyni podařilo rozptýlit – a tedy zda žalobkyní doložené důkazní prostředky přinášejí dostatečnou míru pravděpodobnosti, že sporné plnění bylo fakticky poskytnuto (a zda za něj bylo zaplaceno). Městský soud měl rovněž v dalším řízení posoudit, zda je třeba provést důkaz znaleckým zkoumáním systému Symphony za účelem prokázání toku dat do tohoto systému. [3] Městský soud o věci samé znovu rozhodl rozsudkem označeným v záhlaví, jímž žalobu zamítl. V něm opětovně shrnul pochybnosti daňových orgánů, které byly vyjádřeny v daňovém řízení. V návaznosti na rozsudek osmého senátu konstatoval, že tyto pochybnosti byly vysloveny důvodně. Městský soud v dalším řízení primárně zkoumal, zda žalobkyně svou pozdější důkazní aktivitou vyjádřené pochybnosti rozptýlila. Uzavřel, že pochybnosti se jí prostřednictvím jejích dodatečných tvrzení a důkazních návrhů rozptýlit nepodařilo. Daňové orgány proto nepochybily, pokud náklady související se sporným plněním neuznaly. Dříve navrhovaný důkaz přezkoumáním softwaru Symphony městský soud neprovedl, neboť samotné fungování tohoto softwaru nebylo sporné. Klíčovým prvkem sporu naopak bylo, z jakého zdroje pocházela vstupní data pro systém žalobkyně. Jednáli se o důkazy navržené v návaznosti na rozsudek osmého senátu, ani ty městský soud neprovedl, neboť možnost dalšího dokazování je ve správním soudnictví, jednáli se o otázku unesení důkazního břemene v daňovém řízení, omezena, a to kvůli skutečnosti, že správní soud má přezkoumávat, zda daňový subjekt v daňovém řízení unesl či neunesl důkazní břemeno. Zásada plné jurisdikce v tomto případě neznamená, že by daňový subjekt mohl „dohnat“ předchozí liknavost ve vztahu k dokazování teprve v soudním řízení. Žalobkyně měla možnost navrhované důkazy navrhnout již v daňovém řízení, v němž proběhlo dokazování souladně s § 8 odst. 1 daňového řádu. II. Kasační stížnost [4] Proti rozsudku městského soudu označenému v záhlaví podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost. Upozornila, že po prvním (zrušujícím) rozsudku městského soudu žalovaný změnil svým rozhodnutím ze dne 17. 7. 2024, č. j. 21716/24/520011431712032, dodatečný platební výměr ve prospěch stěžovatelky. S ohledem na uplynutí prekluzivních lhůt již není možné opětovně změnit rozhodnutí o daňové povinnosti za zdaňovací období let 2013 a 2014. Ponechání napadeného rozsudku v právní moci by v tomto směru znamenalo definitivní zásah do práv stěžovatelky bez možnosti právní obrany. [5] Stěžovatelka dále měla za to, že městský soud nerespektoval závazný právní názor uvedený v rozsudku osmého senátu. Podle jejího přesvědčení kasační soud nezrušil první rozsudek městského soudu kvůli neunesení důkazního břemene stěžovatelky, ale proto, že se městský soud nevypořádal se všemi pochybnostmi správce daně. Namísto toho, aby městský soud hodnotil pochybnosti ve vzájemných vazbách, v napadeném rozsudku pouze převzal argumentaci žalovaného a formalisticky uzavřel, že stěžovatelka neprokázala, že by jí deklarované plnění poskytla společnost STI. Bez odpovídajícího zdůvodnění rovněž změnil svůj dřívější závěr o tom, které z pochybností považuje za relevantní. [6] Nejvyšší správní soud rovněž výslovně uložil městskému soudu, aby znovu posoudil potřebu provedení důkazu znaleckým zkoumáním vztahujícím se k toku dat do stěžovatelčina systému. Podle stěžovatelky po technické stránce nebyla podstatou sporu existence softwaru Symphony jako takového, ale softwarové komponenty (konektoru) určené k přijímání dat od společnosti STI a jejich ukládání do lokální databáze. K tomu směřoval i důkazní návrh znaleckého zkoumání, který mohl posílit míru pravděpodobnosti, že data od společnosti STI skutečně vstupovala do systému stěžovatelky. Městský soud nicméně jen převzal argumentaci daňových orgánů k funkčnosti systému Symphony jako celku. Stěžovatelka ve vztahu k dokazování upozornila také na svědeckou výpověď Ing. B. z trestního řízení vedeného u téhož soudu (sp. zn. 47 T 7/2024). Tento svědek poukázal na technické limity zdroje některých dat, tj. systému Amadeus, a vyloučil, že by stěžovatelka mohla vytvářet svou databázi opakovaným čerpáním dat z tohoto systému (takový postup by byl v rozporu s uzavřenou smlouvou a kontrolními mechanismy systému). Odmítnutím doplněných tvrzení a navržených důkazů městský soud bez jakéhokoli posouzení jejich vypovídací hodnoty rovnou stanovil jejich limity, resp. nahradil dokazování domněnkou soudu. Namísto komplexních skutkových zjištění se spokojil s poukazem na „podezřelost“ některých okolností, které však samy nevyvracely poskytování plnění. Zejména výpověď svědka Ing. B. v trestním řízení přitom nemůže představovat opožděný důkazní návrh, který bylo možné uplatnit již v daňovém řízení, neboť vznikla až po jeho skončení. Obsah této výpovědi byl zjištěn až ex post v jiném soudním řízení. Stěžovatelka konstatovala, že městský soud tedy neposoudil všechny pochybnosti ve vzájemných souvislostech. [7] Řádné zohlednění obsahu výpovědi svědka Ing. B. by dle stěžovatelky vedlo k vyvrácení hypotézy daňových orgánů o tom, že k poskytování plnění od společnosti STI fakticky nedocházelo. Městský soud při posouzení věci aplikoval kritéria pro běžné subdodavatelské vztahy a nezohlednil specifickou okolnost, že se jednalo o automatizovanou dodávku nehmotných dat. Pochybnosti odvozené z chybějících školení, osobní komunikace, zaměstnanců nebo kancelářského zázemí nejsou přiléhavé, neboť přenos dat probíhal bez lidského faktoru. Převzetí závěru žalovaného o absenci personálního a materiálního zázemí společnosti je navíc chybné. Protože daná společnost měla charakter „nonresident LLC“, nepodnikala na území