10 Af 45/2019

Napadeným rozhodnutím bylo zamítnuto odvolání žalobkyně proti platebnímu výměru Specializovaného finančního úřadu (dále jen „správce daně I. stupně“) ze dne 9. 3. 2018, č. j. 42814/18/4200-11772-507706 (dále jen „platební výměr“), kterým byla žalobkyni vyměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2014. Správci daně dospěli k závěru, že žalobkyně nesplňovala zákonné podmínky pro odpočet od základu daně na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění do 31. 12. 2013 (dále jen „zákon o daních z příjmů“); jak bude vyloženo níže, žalovaný nesprávně zčásti aplikoval právní úpravu účinnou od 1. 1. 2014, v relevantní části se však jednalo o úpravu obsahově totožnou), a to ve vztahu k následujícím třem projektům: (i) Vývoj technologie výměny kotlů (dále jen „projekt Prunéřov“), (ii) Vývoj technologických postupů výstavby obytného komplexu nad stropní deskou dopravního tunelu (dále jen „projekt Komplex SC“) a (iii) Vývoj technologických postupů rozšíření ocelového mostu s ortotropní mostovkou (dále jen „projekt Most G-R“).

Ve vztahu k projektu Prunéřov došli správci daně k závěru, že žalobce porušil § 34c odst. 2 zákona o daních z příjmu, jelikož řešení výzkumu a vývoje bylo zahájeno před schválením daného projektu. Ve vztahu k projektu Komplex SC došli správci daně k závěru, že žalobce porušil § 34b odst. 1 písm. a) a c) zákona o daních z příjmu, jelikož žalobce údajně neprokázal (s výjimkou technologie převracení hlavních vazníků), že by vykonával činnosti výzkumu a vývoje podle § 2 odst. 1 písm. a) až c) zák. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, v relevantním znění (dále jen „zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací“). Ve vztahu k projektu Most G-R pak správci daně došli k závěru, že žalobce porušil jak § 34c odst. 2 zákona o daních z příjmu, jelikož žalobce zahájil řešení výzkumu a vývoje před schválením daného projektu, tak § 34b odst. 1 písm. a) a c) zákona o daních z příjmu, jelikož žalobce údajně neprokázal (s výjimkou technického řešení rozšíření mostovky pomocí konzol s trubkovými vzpěrami), že by vykonával činnosti výzkumu a vývoje podle § 2 odst. 1 písm. a) až c) zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací.

Žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí nejprve stručně zrekapituloval dosavadní průběh řízení. Správce daně I. stupně vydal platební výměr na základě výsledků daňové kontroly, kterou zahájil poté, co žalobkyně podala daňové přiznání k dani z příjmů právnických za zdaňovací období roku 2014. Jelikož správce daně po provedené kontrole dospěl k závěru, že žalobkyně za zdaňovací období roku 2014 uplatnila nárok na odpočet na podporu vědy a výzkumu ve výši, která jí nenáležela, platebním výměrem žalobkyni daň z příjmu právnických osob doměřil.

Následně žalovaný shrnul odvolací důvody (námitky) žalobkyně, přičemž konstatoval, že žalovaná polemizuje se závěry správce daně I. stupně jak v otázce naplnění formálních znaků projektů (naplnění obsahových náležitostí jednotlivých projektů vědy a výzkumu), tak v otázce naplnění materiálních znaků (existence ocenitelných prvků novosti a výzkumné nebo technické nejistoty jednotlivých projektů vědy a výzkumu). Jako první odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně založil své závěry na údajném nesplnění formálních znaků projektů výzkumu a vývoje, přičemž dle tvrzení správce daně I. stupně materiální znaky projektů jím nebyly hodnoceny, avšak značná část rozsáhlé zprávy o kontrole se nepochybně zabývá posuzováním materiálních znaků těchto projektů. Jako druhý odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně posoudil nesprávně otázku předčasného zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje, neboť ji hodnotil pouze po formální stránce, ačkoliv má její posouzení nepochybně i materiální aspekty, a proto dospěl k nesprávnému závěru o předčasném zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje. Jako třetí odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně nesprávně posoudil i okamžik ukončení řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje, tedy odstranění výzkumné nejistoty, který rovněž nelze dovodit pouze z nepřímých a formálních znaků projektu, ale musí být posouzen materiálně. Jako čtvrtý odvolací důvod žalovaný označil námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně formalisticky, a tudíž nesprávně posoudil obsah a rozsah činností spadajících pod vymezení cílů projektů výzkumu a vývoje, které nemohou z povahy věci zahrnovat podrobné položkové výčty jednotlivých činností. Jako pátý odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně učinil nesprávné závěry o rozsahu a průkaznosti evidence odpracované doby uplatňované žalobkyní v rámci odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Dále žalovaný uvedl, že v následném doplnění odvolání žalobkyně poukázala na závěry vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 6. 2018, č. j. 5 Afs 209/2017 - 44 a rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 19. 9. 2018, č. j. 52 Af 18/2016 - 181 týkající se otázky zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje, které dle názoru žalobkyně měly být žalovaným respektovány i této věci, a že v tomto doplnění žalobkyně namítala nezákonnost napadeného rozhodnutí z důvodu podjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které se podílely na provádění daňové kontroly a vydání platebního výměru.

Žalovaný poté v odůvodnění napadeného rozhodnutí vymezil právní základ posuzované věci, konstatoval, že správce daně I. stupně prokázal ve smyslu § 92 odst. 5 daňového řádu existenci skutečností vyvracejících věrohodnost žalobkyní předložených důkazních prostředků a že závěry správce daně I. stupně jsou logické a jsou postaveny na skutečnostech z předložených důkazních prostředků vyplývajících a zabýval se jednotlivými odvolacími námitkami žalobkyně. Dále žalovaný konstatoval, že žalobkyně uplatnila v odvolání obdobné námitky, které již vznesla ve vyjádření k výsledku kontrolního zjištění a na které proto již reagoval správce daně I. stupně ve zprávě o daňové kontrole a vyjádřil se v obecné rovině k jednotlivým odvolacím důvodům. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně hodnotil projekty výzkumu a vývoje pouze po formální stránce žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně hodnotil příslušné projekty jak po stránce formální (z pohledu splnění zákonných náležitostí), tak i po stránce materiální (odborné), což vyplývá ze vzájemné komunikace mezi správcem daně I. stupně a žalobkyní, z protokolů o ústních jednáních a i ze samotné zprávy o kontrole. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně posoudil nesprávně otázku předčasného zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje, žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně k otázce zahájení projektů Prunéřov a Most G-R, u nichž dospěl k závěru, že jejich řešení bylo zahájeno ještě před samotným schválením cílů těchto projektů, nepřistupoval pouze formálně, ale z průběhu daňové kontroly je zřejmé, že správce daně I. stupně vyvinul maximální úsilí, aby zjistil skutečný stav věci, neboť se jednalo o klíčovou podmínku pro uplatnění odpočtu, a to u každého projektu zvlášť. Za správnost a vypovídací hodnotu předložených důkazních prostředků však nese odpovědnost pouze žalobkyně. Pokud tedy žalobkyně předložila správci daně I. stupně určité důkazní prostředky, u nichž uvedla, že dokládají přímou a bezprostřední souvislost s činnostmi, které považuje za činnosti spojené s výzkumem a vývojem, nemůže následně správci daně I. stupně vytýkat, že je nesprávně vyhodnotil, pokud z obsahu těchto důkazních prostředků shledal, že byly vyhotoveny nebo zachycují skutečnosti nastalé ještě přede dnem schválení příslušného projektu výzkumu a vývoje. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně nesprávně posoudil i okamžik ukončení řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje, žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně v průběhu daňové kontroly důsledně ověřoval, kdy byly jednotlivé v projektech deklarované činnosti zahájeny a ukončeny, a to podle jejich věcné povahy a v přímé a bezprostřední souvislosti s definovanými cíli konkrétního projektu. Správce daně I. stupně tedy v každém posuzovaném případě učinil nejen formální, ale i materiální posouzení ukončení řešení každého projektu výzkumu a vývoje. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně formalisticky, a tudíž nesprávně posoudil obsah a rozsah činností spadajících pod vymezení cílů projektů výzkumu a vývoje, žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně nevytýkal žalobkyni, že by v dokumentaci projektů výzkumu a vývoje nevyjmenovala všechny činnosti, které měly tvořit podstatu řešení daného cíle projektu, ani že by správce daně I. stupně odmítl uznat výdaje na některé činnosti jen proto, že nejsou uvedeny výslovně ve výčtu činností v příslušném dokumentu projektu. Pokud správce daně I. stupně odmítl uznat v rámci odpočtu výdaje na některé činnosti pak proto, že žalobkyně nebyla schopna ozřejmit jejich bezprostřední souvislost s cílem daného projektu a jednalo se tak o činnosti mimo rámec daného projektu. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně učinil nesprávné závěry o rozsahu a průkaznosti evidence odpracované doby uplatňované žalobkyní v rámci odpočtu na podporu výzkumu a vývoje žalovaný uvedl, že pokud správce daně I. stupně měl pochybnosti o faktickém zapojení členů vývojového týmu a skutečném časovému rozsahu jimi údajně vykonaných činností u jednotlivých projektů, žalobkyni předestřel, v čem spočívají jeho pochybnosti o průkaznosti evidence pracovní doby, kterou mu žalobkyně předložila. V řadě případů pak předložená elektronická komunikace nebo malá četnost záznamů o vykonaných pracích na řešení konkrétních cílů daného projektu a je v kontrastu se značnou délkou trvání určitého projektu. Proto správce daně I. stupně pochyboval o tom, že se v deklarovaném rozsahu členové týmu podíleli na řešení technické jeho technické stránky.

Dále se žalovaný v napadeném rozhodnutí zabýval námitkou, že se správce daně I. stupně vyjadřoval k materiální stránce znaků projektů výzkumu a vývoje, aniž by k tomu disponoval potřebnými znalostmi. Žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně jasně formuloval své požadavky na předložení důkazních prostředků prokazujících provádění činností výzkumu a vývoje, technické stránky podstaty řešení a existence ocenitelného prvku novosti. Správce daně I. stupně názorně deklaroval, že je schopen posoudit základní teze výkresové dokumentace a rovněž je schopen porozumět popisu podstaty řešení, který mu byl ze strany žalobkyně předložen. Správce daně I. stupně na základě kontrolních zjištění konkrétní dokumentaci, jejímiž zhotoviteli byli externí specialisté, identifikoval prostou organizační činnost zaměstnanců žalobkyně bez jejich participace na deklarovaném technickém řešení projektu nesoucím prvek významné technické nejistoty, a to s výjimkou technologie demontáže a montáže kotlů v případě projektu Prunéřov, technického řešení rozšíření mostovky trubkovými konzolami v případě projektu Most G-R a návrhu technologického postupu převracení hlavních vazníků v případě projektu Komplex SC. Tím, že se žalobkyně dovolávala znaleckého posouzení činností výzkumu a vývoje, se zjevně snažila přenést rozhodovací pravomoc do působnosti znalce, ačkoliv k tomu nebyl, vzhledem k tomu, že správce daně I. stupně disponoval potřebnými znalostmi, dán žádný důvod.

Následně se žalovaný v napadeném rozhodnutí zabýval námitkou žalobkyně, že vzhledem k tomu, že neexistuje taxativní výčet činností, jejichž zahájení by zároveň znamenalo zahájení řešení, je nutné vycházet z materiálních znaků definujících tyto činnosti a je pak povinností správce daně podřadit skutkové okolnosti zjištěné znalcem nebo jinou způsobilou osobou pod neurčitý právní pojem zahájení řešení projektů. K této námitce žalobkyně žalovaný uvedl, že vzhledem k rozmanitosti jednotlivých oborů nelze taxativní výčet všech činností, které je možno považovat za činnosti výzkumu a vývoje, resp. stanovit, které z těchto činností jsou znakem zahájení řešení projektu. Určující okolností je, co bylo deklarováno jako cíl konkrétního projektu, a od toho se také odvíjí, jaká činnosti je úvodní činností určující počátek zahájení řešení projektu. Je proto na daňovém subjektu, aby v písemném dokumentu projektu výzkumu a vývoje precizoval jak samotný cíl, kterého má být dosaženo, tak dostatečně jasně a srozumitelně popsal s tímto cílem přímo spojené činnosti a nastínil jejich časový harmonogram, aby bylo možno vyhodnotit a odlišit činnosti, které mají prokázat novost řešení, od běžných činností inovativního charakteru.

Žalovaný dále v napadeném rozhodnutí zrekapituloval podstatné skutečnosti, které vedly správce daně I. stupně k závěru o předčasnosti zahájení projektu Prunéřov a projektu Most G-R neprokázání výdajů vynaložených na výzkum a vývoj v případě projektu Komplex SC.

K odkazu žalobkyně na závěry vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 6. 2018, č. j. 5 Afs 209/2017 - 44 a rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 19. 9. 2018, č. j. 52 Af 18/2016 - 181 žalovaný s odkazem na konkrétní judikaturu správních soudů uvedl, že se se závěrem uvedeným v rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové č. j. 52 Af 18/2016 - 181 neztotožňuje, neboť jej považuje za ojedinělý názor, který není v souladu s dosavadní judikaturou. Přijetí závěru prezentovaného v tomto rozsudku, že do odpočtu lze zahrnout náklady na výzkum a vývoj od okamžiku schválení projektu bez zohlednění tohoto, že projekt výzkumu a vývoje má být vypracován před jeho zahájením, by znamenalo popření základního zákonného požadavku stanoveného pro uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj, kterým je existence projektu výzkumu a vývoje osahujícího veškeré požadované náležitosti ještě před zahájením jeho řešení.

K namítané podjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které se podílely na provádění daňové kontroly a vydání platebního výměru, žalovaný uvedl, že pokud je daň tvrzena v nesprávné výši, je v zásadě povinností správce daně stanovit daň ve správné výši, bez ohledu na to, zda byla úředním osobám přislíbena jakákoliv cílová odměna. V samotné skutečnosti, že úřední osoba stanovila daň vyšší, než jaká byla nesprávně tvrzena, proto nelze spatřovat její podjatost. Příslib odměn, které nejsou vázány na výsledek konkrétního řízení, tudíž nemá sám o sobě vliv na zákonnost daňového řízení a rozhodnutí o stanovení daně.

V závěru napadeného rozhodnutí žalovaný uvedl, že po přezkoumání spisového materiálu dospěl k závěru, že z důvodu formálních nedostatků popsaných v napadeném rozhodnutí provázejících projekty žalobkyně a taktéž z důvodu nedostatků ve vedení oddělené evidence výdajů a prokázání jejich jednoznačné vazby na činnost vývoje a výzkumu nesplňují projekty Prunéřov, Most G-R a Komplex SC podmínky stanovené v zákoně o daních z příjmů a nelze tak u nich mít za prokázaný nárok žalobkyně na odpočet. Žalovaný se proto ztotožnil s postupem správce daně I. stupně a posoudil odpočet žalobkyně na vývoj a výzkum uplatněný v řádném daňovém přiznání za zdaňovací období roku 2014 jako neoprávněný, neboť žalobkyně jeho oprávněnost neprokázala.

Žalobkyně považuje napadené rozhodnutí za nezákonné a vycházející z nesprávného skutkového i právního posouzení věci.

V úvodu žaloby žalobkyně zrekapitulovala průběh řízení před správci daně. Dále žalobkyně uvedla, že hlavním předmětem sporu mezi žalobkyní a žalovaným je skutečnost, zda žalobkyně splnila formální náležitosti stanovené v zákoně o daních z příjmů pro projekty výzkumu a vývoje a podmínku oddělené evidence nákladů u projektů Prunéřov, Komplex CS a Most G-R. Žalovaný v napadeném rozhodnutí dospěl k závěru, že žalobkyní předložené projekty vývoje a výzkumu nesplňují formální náležitosti stanovené zákonem a předložená oddělené evidence nákladů není průkazná.

V případě projektu Prunéřov a projektu Most G-R přetrvává mezi žalobkyní a žalovaným spor o to, kdy došlo k zahájení řešení těchto projektů, a zda činnosti předcházející datu schválení projektu Prunéřov a Most G-R zahrnovaly konečné vyřešení některých z deklarovaných cílů projektu, respektive zda již před schválením jednotlivých projektů skutečně došlo k naplnění cílů projektů, jak tvrdí žalovaný. V případě projektu Komplex CS je mezi žalobkyní a žalovaným sporné, zda po datu zhotovení ocelové příhradové prostorové konstrukce byla prováděna výzkumně-vývojová činnost a zda činnosti prováděné po tomto datu vedou ke zpochybnění celého uplatněného odpočtu za tento projekt. Zároveň zůstává mezi žalobkyní a žalovaným sporné, zda žalobkyně v případě projektu Komplex SC předložila v souladu s požadavky zákona o daních z příjmů průkaznou evidenci nákladů vynaložených v souvislosti s tímto projektem.

Žalobkyně dále uvedla, že žalovaný v napadeném rozhodnutí tvrdil, že se nebylo třeba zabývat věcnými požadavky na projekty na podporu výzkumu a vývoje stanovenými zákonem o dani z příjmů (zda se skutečně jednalo o výzkum a vývoj), protože správce daně I. stupně konstatoval, že nebyly splněny formální požadavky projektu na podporu výzkumu a vývoje a dále podle správce daně I. stupně nebyla splněna podmínka řádně vedené oddělené evidence výdajů na výzkum a vývoj. Avšak jak žalovaný, tak i správce daně I. stupně v rámci posouzení splnění formálních náležitostí projektu (především okamžiku zahájení řešení jednotlivých projektů) posuzovali vysoce odborné a výzkumně-vývojové činnosti žalobkyně, k čemuž nedisponují požadovanou kvalifikací a odbornými znalostmi. Žalobkyně je proto přesvědčena, že pouze na základě svých laických úvah došli k opačnému závěru než odborně způsobilý znalecký ústav. Ten u všech projektů dospěl k závěru, že činnosti prováděné v rámci těchto projektů vykazují znaky výzkumu a vývoje.

Žalobkyně dále uvedla, že podle jejího názoru jsou závěry žalovaného v napadeném rozhodnutí založeny na nepochopení činnosti žalobkyně, podstaty řešených projektů výzkumu a vývoje a jejich zařazení v rámci činnosti žalobkyně. Projekty výzkumu a vývoje v podmínkách žalobkyně spočívaly ve využití stávajících poznatků k nalezení nových postupů v rámci realizace komplexních stavebních děl. Některé poznatky tak žalobkyně využívala již před zahájením řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje, avšak až v rámci těchto projektů rozpracovala tyto poznatky na vyšší úroveň umožňující nové stavební postupy. Projekty výzkumu a vývoje kontrolované správcem daně I. stupně v daňové kontrole se týkaly pouze vybraných etap řešených v rámci pečlivě vybraných stavebních děl, u kterých bylo v určité fázi zřejmé, že svou technickou náročností významně přesahují dosavadní stav poznání a zkušeností žalobkyně. Výzkumně-vývojové činnosti, které byly předmětem projektů, představovaly pouze malou část prací, které byly součástí velkých a komplexních stavebních děl. Je tedy logické, že jak před zahájením řešení projektů, tak i po jejich ukončení, probíhaly činnosti související s realizací stavebních děl, které nicméně nespadaly do rozsahu a nebyly cílem projektů výzkumu a vývoje. Činnosti předcházející projektům nespadaly do rozsahu projektů výzkumu a vývoje, ale umožnily žalobkyni dosáhnout určitého stupně poznání, na nějž žalobkyně projekty výzkumu a vývoje navázala a dále jej rozvinula, čímž posunula stupeň poznání na vyšší úroveň. Činnosti prováděné žalobkyní po ukončení projektů výzkumu a vývoje zase umožnily žalobkyni ověření dosažení určitého stupně poznání v aplikační praxi. V případě všech projektů výzkumu a vývoje byly přitom uplatňovány pouze náklady vzniklé v souvislosti s činnostmi realizovanými až po datu schválení projektu. Znalecký ústav zároveň potvrdil, že činnosti prováděné v rámci realizace projektů výzkumu a vývoje vykazují znaky ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Podle názoru žalobkyně proto nelze v žádném případě konstatovat, že projekty výzkumu a vývoje byly vypracovány zpětně či že předmět těchto projektů byl realizován již před datem jejich vypracování. Naopak, projekty výzkumu a vývoje reagovaly na konkrétní potřebu vývoje nových technologických postupů vzniklou při realizaci konkrétních stavebních děl.

Dále žalobkyně zdůraznila, že z rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové č. j. 52 Af 18/2016 - 181 vyplývá závěr, že momentem zahájení řešení projektu výzkumu a vývoje je okamžik, kdy oprávněná osoba schválila písemný dokument projektu před jeho řešením a že krajský soud v tomto rozsudku konstatoval, že „je tak na daňovém subjektu, které činnosti provede před samotným schválením projektu VaV a tudíž před jeho samotným zahájením dle daňových zákonů, nicméně náklady na tyto činnosti provedené před samotným schválením projektu VaV nesmí daňový subjekt uplatnit při odečtu nákladu od základu daně, čímž sám sobě způsobuje určité ekonomické znevýhodnění“. Stejně tak podle žalobkyně žalovaný v napadeném rozhodnutí potvrdil, že je právem a nikoliv povinností daňových subjektů uplatňovat veškeré náklady na spojené činnostmi výzkumu a vývoje jako daňové odpočty.

Z toho podle názoru žalobkyně vyplývá, že žalobkyně byla oprávněna vypracovat projekt výzkumu a vývoje pouze na vybranou část stavebních děl, která sama o sobě naplňovala znaky výzkumu a vývoje. Žalovaný pak měl při posouzení zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje primárně vycházet z data podpisu písemného dokumentu projektů výzkumu a vývoje, neboť pokud žalobkyně perspektivně vymezila činnosti zahrnuté v projektu výzkumu a vývoje, tyto činnosti samy o sobě obsahují ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty a tyto činnosti jsou vykonávány a související náklady vznikají po datu vyhotovení písemného dokumentu projektu výzkumu a vývoje, pak není nutné zkoumat, jaké činnosti byly vykonávány před datem vypracování projektu, protože na tyto činnosti se projekt výzkumu a vývoje dle zákona o daních z příjmů vůbec nevztahuje, a pro naplnění podmínek odpočtu na podporu výzkumu a vývoje jsou tedy irelevantní. Správce daně naopak musí po formální stránce posoudit, zda náklady uplatněné po datu vypracování projektu výzkumu a vývoje souvisejí s činnostmi vymezenými v tomto projektu výzkumu a vývoje, a zda tyto činnosti byly provedeny po datu jeho vypracování. Zároveň správce daně musí po materiální stránce posoudit, zda tyto činnosti obsahovaly ocenitelný prvek novosti a technickou nejistotu. K tomu je však nutné vycházet z odborného posouzení k tomu odborně způsobilých osob. V tomto případě však žalovaný takto nepostupoval a aproboval závěr správce daně I. stupně vycházející z jeho subjektivního hodnocení, že cíle vymezené v projektu výzkumu a vývoje byly údajně částečně realizovány již před datem písemného projektu výzkumu a vývoje. K tomuto závěru přitom žalovaný i správce daně I. stupně došli na základě svého laického hodnocení, a to i přesto, že žalobkyně předložila znalecký posudek potvrzující, že činnosti vymezené v projektech jsou svým charakterem výzkumně-vývojové, a že uplatňoval pouze náklady vzniklé po datu vyhotovení projektu výzkumu a vývoje.

Dále žalobkyně žalobě podrobně popsala, v čem konkrétně považuje za nesprávné závěry žalovaného a správce daně I. stupně o zahájení řešení projektů Prunéřov a Most G-R před vypracováním písemného projektu. V případě projektu Prunéřov podle názoru žalobkyně samotná skutečnost, že k zahájení demontáže kotlů došlo ke konci roku 2012, neznamená, že projekt výzkumu a vývoje byl vypracován zpětně. Podstatné je, jaký k demontáži žalobkyně zvolila technologický postup a jaký byl stav vědění žalobkyně před zahájením projektu. Žalobkyně skutečně zahájila s využitím jí tehdy známých postupů demontáž kotlů, v jejím průběhu však došlo k havárii, která vyústila v přehodnocení vnímání technické nejistoty. Ukázalo se, že k úspěšnému dokončení výměny kotlů bude třeba vyvinout nový technologický postup. Vývoj tohoto nového technologického postupu byl přitom zahájen právě na základě projektu výzkumu a vývoje až v roce 2013. V rámci realizace projektu výzkumu a vývoje pak byla za využití nových postupů úspěšně dokončena demontáž starých kotlů, montáž nových kotlů a proběhlo ověření funkčnosti celého postupu, ke kterému docházelo až do konce roku 2014. Tím bylo dosaženo cíle projektu výzkumu a vývoje, tedy vývoje nového technologického postupu výměny kotlů. V žádném případě však nelze konstatovat, že nový technologický postup výměny kotlů byl využit již před vypracováním projektu výzkumu a vývoje, jak tvrdí žalovaný. V případě projektu Most G-R pak podle názoru žalobkyně žalovaný a správce daně I. stupně navíc nesprávně vyhodnotili i podstatu projektu. Na začátku realizace takovéhoto typu stavebního díla existuje vždy zadávací dokumentace obsahující prvotní návrhy konstrukčního řešení. Tyto návrhy však pak v konkrétních podmínkách mohou narážet na celou řadu technických problémů, a je tudíž navržená řešení nutné ověřovat a vyvíjet nové technologické postupy, které umožní realizaci stavebního díla. Stejně tak tomu bylo v případě mostu G-R, kdy bylo nutné dopracovat a ověřit správnost navrženého konstrukčního řešení a v rámci toho vyvinout nové technologické postupy tak, jak bylo definováno v cílech projektu. Potřeba tohoto vývoje přitom vyvstala právě až v návaznosti na prvotní návrhy. Nebylo tedy ani možné projekt vypracovat dříve. Dílčí schválení výkresů přitom neznamená, že ve zvoleném konstrukčním řešení nebude docházet k dalším změnám a že tyto změny nebudou vyžadovat vývoj nových technologických postupů. Z dokumentace předložené žalobkyní správci daně I. stupně přitom jasně vyplývá, že k dopracovávání, ověřování a finálnímu výběru konstrukčního řešení docházelo až v roce 2014.

Stejných pochybení jako v případě posuzování zahájení řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje se podle přesvědčení žalobkyně žalovaný dopustil i při posuzování okamžiku jejich ukončení, neboť otázku ukončení řešení projektů výzkumu a vývoje hodnotil čistě formalisticky a na základě vlastního subjektivního úsudku. Místo toho však měl po materiální stránce ověřit, zda žalobkyní do projektů výzkumu a vývoje zahrnuté činnosti, u kterých uplatňoval náklady jako odčitatelné položky od základu daně, obsahují ocenitelný prvek novosti a dochází při nich k odstraňování technické nejistoty.

Žalobkyně rovněž namítla, že správce daně I. stupně neměl dostatečnou odbornou způsobilost k posouzení materiálních aspektů jednotlivých projektů výzkumu a vývoje. Pokud měl správce daně I. stupně jakékoliv pochybnosti o technické podstatě či rozsahu jednotlivých projektů, měl proto poté, co žalobkyně v řízení předložila znalecký posudek hodnotící materiální znaky projektů výzkumu a vývoje k odstranění těchto pochybností provést výslech znalců, kteří znalecký posudek zpracovali. Správce daně I. stupně rovněž postupoval v rozporu s § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu, neboť neustanovil pro posouzení odborných otázek souvisejících s posuzovanými projekty výzkumu a vývoje znalce, posuzoval tyto otázky sám, aniž během daňové kontroly bylo doloženo, že by úřední osoby správce daně I. stupně disponují takovou podrobnou znalostí o aktuálním stavu vědění v relevantních technických oborech a o úrovni dosaženého pokroku, aby samy dokázaly posoudit, zda konkrétní činnosti v rámci jednotlivých projektů výzkumu a vývoje vedou k dosažení jeho cíle, jímž je posouvání hranic dosažených znalostí a dovednosti tedy, zda obsahují ocenitelný prvek novosti. Podle názoru žalobkyně proto správce daně I. stupně nebyl kvalifikován k posuzování materiálních znaků projektů výzkumu a vývoje na základě vlastního subjektivního hodnocení.

V závěru žaloby žalobkyně namítla, že žalovaný nesprávně posoudil průkaznost evidence odpracovaných hodin strávených řešením projektu Komplex SC. Žalovaný pouze aproboval postup správce daně I. stupně, který své pochybnosti o průkaznosti žalobkyní předložené evidence řádně nedoložil a jeho závěry tak nelze považovat za více než nesprávné spekulace. Správce daně I. stupně totiž zpochybnil množství odvedené práce jen na základě rozsahu jím vyžádané a žalobkyní předložené e-mailové komunikace a projektové dokumentace. Smyslem projektů výzkumu a vývoje je ale dosažení pokroku v řešené problematice, nikoli vytváření e-mailů a samoúčelných výkresů. Jedinou relevantní metrikou tak v případě průkaznosti evidence odpracované doby může být poměr mezi vykázanou prací a dosaženým výsledkem. Avšak taková otázka je předmětem odborného posuzování, neboť laik v daném oboru nedovede řádně posoudit, kolik času je nutné vynaložit na dosažení určitého výsledku. Navíc, v případě žalobkyně byly činnosti prováděné v rámci projektu výzkumu a vývoje sepsány v rámci předloženého znaleckého posudku, takže nemůže být pochyb o tom, jaké činnosti byly prováděny. Žalovaný naopak žádné relevantní posouzení této otázky znalcem nepředložil, a nedostál tak své povinnosti vyplývající z § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu prokázat skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí.

Žalovaný ve vyjádření k žalobě navrhl žalobu zamítnout. Jelikož se žalobní námitky do značné míry shodují s námitkami, které byly obsaženy v odvolání žalobkyně, a žalovaný se s nimi vypořádal v napadeném rozhodnutí, odkázal žalovaný ve svém vyjádření především na příslušné části odůvodnění napadeného rozhodnutí a zprávy o daňové kontrole.

V úvodu svého vyjádření žalovaný předeslal, že striktní vyžadování splnění veškerých zákonných náležitostí uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj nelze vykládat jako projev přehnaného formalismu či upřednostnění fiskálního zájmu státu, ale jde především o komplexní odsouhlasení naplnění veškerých podmínek osvědčujících, zda konkrétnímu subjektu oproti ostatním bude či nebude v jím tvrzené výši uznána konkrétní daňová výhoda, zde v podobě odpočtu na výzkum a vývoj. Pokud tedy správce daně I. stupně z důvodu předčasného zahájení řešení vývojových cílů projektů výzkumu a vývoje, respektive z důvodu neprůkaznosti oddělené evidence nákladů na projekt vynaložených na projekt, konstatoval porušení zákonných podmínek pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje bylo dále hodnocení technické stránky těchto projektů zcela nadbytečné.

V případě projektu Prunéřov i projektu Most G-R setrval žalovaný na svém závěru, že činnosti na řešení deklarovaného cíle obou projektů byly zahájeny před datem jejich schválení a nebyla tak splněna formální podmínka prospektivnosti projektu Prunéřov a projektu Most G-R. Pokud správce daně I. stupně z důvodu nesplnění formální podmínky prospektivnosti těchto projektů neuznal žalobkyni zahrnutí výdajů spojených s tímto projektem do odpočtu na podporu výzkumu a vývoje a upustil od návrhů žalobkyně na pokračování v dalším dokazování za účelem posouzení klíčových otázek stran existence ocenitelného prvku novosti, postupoval v souladu se zákonem, neboť dalším dokazováním by nemohl být výsledek kontrolního zjištění změněn.

Rovněž v případě projektu Komplex SC setrval žalovaný na svém závěru, že žalobkyně v důsledku nevedení dostatečně průkazné oddělené evidence nákladů na projekty výzkumu a vývoje neunesla důkazní břemeno a neprokázala, že tyto náklady skutečně vynaložila na tento projekt a neodstranil pochybnosti správce daně I. stupně, že po datu zhotovení ocelové příhradové prostorové konstrukce byla prováděna běžná stavební činnost, a že žalobkyní uplatněné osobní náklady neodlišují dobu, kterou řešitelé skutečně strávili na řešení cílů projektu a při výkonu svého běžného pracovního zařazení. Jestliže tedy správce daně I. stupně neuznal průkaznost evidence osobních nákladů zejména po datu zdvižení hlavních vazníků, coby unikátního technického řešení a technologického postupu, je takový postup nutno souladný nejen se zákonem, ale i s ustálenou judikaturou Nejvyššího správního soudu. Za nedůvodnou proto žalovaný považoval i námitku neunesení důkazního břemene správcem daně ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu.

K námitce nedostatečné odbornosti úředních osob správce daně I. stupně žalovaný uvedl, že tento názor žalobkyně nesdílí. Správce daně I. stupně jasně formuloval požadavky na předložení důkazních prostředků prokazujících provádění činností výzkumu a vývoje, technickou stránku podstaty řešení projektů výzkumu a vývoje a existenci ocenitelného prvku novosti, přičemž názorně deklaroval, že je schopen posoudit základní teze výkresové dokumentace a porozumět popisu podstaty řešení, které mu byly postupně ze strany žalobkyně předkládány. Správce daně poukázal na existenci metod navrhování, zkoušení či ověřování materiálových či konstrukčních řešení v příslušných technických normách, a zejména zdůraznil skutečnosti, že autory předložených technických dokumentů byly osoby odlišné od členů týmu řešitelů, kdy v řadě případů byla tato dokumentace vypracována před datem schválení projektů výzkumu a vývoje. Podle žalovaného nemohlo dojít ani k porušení § 95 odst. 1 daňového řádu, neboť vzhledem ke konstatovanému nesplnění formálních požadavků projektů výzkumu a vývoje (jejich náležitostí ve smyslu příslušných ustanovení zákona o daních z příjmů) a nesplnění podmínky řádně vedené oddělené evidence výdajů na projekty výzkumu a vývoje se již nebylo třeba zabývat dalšími otázkami a provádět další dokazování za účelem zjišťování naplnění materiálních (věcné) stránky jednotlivých projektů výzkumu a vývoje a případně vypracovávat znalecký posudek v návaznosti na důkazní prostředky předložené žalobkyní.

Žalobkyně v replice k vyjádření žalovaného zopakovala své žalobní námitky a dále namítla, že napadené rozhodnutí, resp. platební výměr správce daně I. stupně je zatíženo závažnou procesní vadou řízení, neboť existují ve smyslu § 77 odst. 1 písm. c) daňového řádu důvodné pochybnosti o nepodjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které prováděly daňovou kontrolu a vydaly platební výměr, který byl napadeným rozhodnutím potvrzen. Tyto pochybnosti vnikly žalobkyni na základě dokumentu Generálního finančního ředitelství ze dne 19. 2. 2016 nazvaného „Podmínky pro příslib cílové odměny, příslib cílové odměny“, který byl adresován všem finančním úřadům včetně správce daně I. stupně. Na základě tohoto dokumentu byla přislíbená cílová odměna zaměstnancům, kteří se budou podílet na ověření uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje podle zákona o dani z příjmu, a to v řízeních zahájených v období od 29. 2. 2016 do 31. 12. 2018 nebo zahájených před 29. 2. 2016, avšak do tohoto termínu neukončených Přiznání cílové odměny podle tohoto dokumentu bylo přislíbeno za podmínky, že částka snížení uplatněného odpočtu bude rovna nebo vyšší než 2,5 mil. Kč, a to ve výši 40 % z celkové částky po vydání rozhodnutí podle § 101 odst. 2 daňového řádu a ve výši 60 % po nabytí právní moci rozhodnutí. Do rozsahu těchto cílových odměn tedy jednoznačně spadal i případ žalobkyně, a lze se proto důvodně domnívat, že úřední osoby správce daně I. stupně, které se podílely na vydání dodatečného platebního výměru, tuto odměnu obdržely, resp. byly vedeny možností jejího získání. Tento závěr vyplývá podle názoru žalobkyně i z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018 - 113, v němž měl ve vztahu k příslibu cílové odměny Nejvyšší správní soud dospět k závěru, že jakmile jsou úřední osoby jakkoliv zainteresovány na jiném než správném výsledku daňové kontroly (v projednávaném případě finančně zainteresováni na doměření daně), lze oprávněně pochybovat o jejich nepodjatosti.

Ze správních spisů městský soud zjistil následující skutečnosti podstatné pro rozhodnutí ve věci.

Dne 29. 6. 2015 podala žalobkyně řádné daňové přiznání za rok 2014. V tomto daňovém přiznání žalobkyně uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje.

Dne 24. 7. 2015 zahájil správce daně u žalobkyně daňovou kontrolu, o čemž byl vyhotoven protokol ze dne 24. 7. 2015, č. j. 168351/15/4200-11772-202268. Předmětem daňové kontroly bylo mimo jiné ověření oprávněnosti odpočtu na podporu výzkumu a vývoje uplatněného žalobkyní.

Dne 7. 8. 2015 doručila žalobkyně správci daně I. stupně dokumentaci projektů výzkumu a vývoje, v souvislost s jejichž realizací za zdaňovací období roku 2014 uplatnila nárok na odpočet. Jednalo se o projekty „Alternativní řešení stavby tunelu Ejpovice“, projekt Prunéřov, projekt Most G-R a projekt Komplex SC

Výzvou k prokázání skutečností ze dne 31. 5. 2017, č. j. 93845/17/4200-11772/107671 vyzval správce daně I. stupně žalobkyni, aby v případě projekt Prunéřov, projekt Most G-R a projekt Komplex SC prokázala, a) co bylo podstatou vlastního řešení daného projektu, které konkrétní činnosti naplňují obsah pojmů zakotvených v § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje, v čem spočívá ojedinělost tohoto řešení, resp. že se jedná o řešení dosud nepoužité či zcela neznámé, b) v čem konkrétně spočívala technická nejistota na počátku projektu a v jakém okamžiku byla tato nejistota navrženým řešením překonána, c) kdy, kde a jakým způsobem se jednotliví členové projektového týmu účastnili činnosti, které lze podřadit pod § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje, d) že se v případě deklarovaných výzkumných činností jedná o zcela nové nebo dosud neaplikované řešení. V případě projektu Prunéřov byla žalobkyně dále vyzvána, aby prokázal, že ve výzvě uvedené činnosti nebyly zahájeny již v období, které předcházelo schválení projektu oprávněnou osobou.

Žalobkyně na výzvu správce daně I. stupně reagovala podáním doručeným správci daně I. stupně dne 13. 7. 2017, v němž uplatnila námitky proti postupu správce daně, v nichž zejména uváděla, že důkazní břemeno v řízení zůstává na straně správce daně I. stupně, avšak správce daně I. stupně požaduje po žalované prokázání naplnění neurčitých právních pojmů „ocenitelný prvek novosti“ a „technická nejistota“, což vyžaduje posouzení skutečností technického charakteru a vymezení těchto neurčitých právních pojmů v tomto konkrétním případě. Správce daně I. stupně však není oprávněn skutečnosti technického charakteru posuzovat sám, ale je, jak vyplývá z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 24/2014 - 119 za účelem jejich posouzení přibrat znalce z příslušného oboru. Dále žalobkyně označila důkazní prostředky na podporu svých tvrzení (mezi nimi i znalecký posudek č. 381-2015 vypracovaný znaleckým ústavem Deloitte Advisory s. r. o. (dále jen „znalecký posudek č. 381-2015“)).

Dne 1. 11. 2017 byla žalobkyně seznámena s výsledky kontrolního zjištění, o čemž byl vyhotoven protokol o ústním jednání č. j. 176378/17/4200-11772-208789. K výsledku kontrolního zjištění se žalobkyně vyjádřila v podání doručeném správci daně I. stupně dne 10. 12. 2017. V tomto podání žalobkyně opět mimo jiné namítala, že správce daně I. stupně odmítl závěry uvedené v žalobkyní předloženém znaleckém posudku č. 381-2015, aniž by nejprve vyslechl znalce, kteří tento znalecký posudek vypracovali, a následně nechal případně pro odstranění rozporu vypracovat znalecký posudek revizní. Dále žalobkyně uplatnila námitku podjatosti úředních osob, které se podílely na daňové kontrole. Na základě vyjádření žalobkyně správce daně I. stupně výsledky kontrolního zjištění nezměnil a námitce podjatosti ve vztahu k žádné z úředních osob nevyhověl. Správce daně I. stupně následně vyhotovil zprávu o daňové kontrole č. j. 39190/18/4200-11772-208789 (dále jen „zpráva o daňové kontrole“), s jejímž obsahem byla žalobkyně seznámena dne 9. 3. 2018, o čemž byl vyhotoven protokol o ústním jednání č. j. 39454/18/4200-11772-208789.

Dne 9. 3. 2018 byl vydán platební výměr, který byl žalobkyni doručen dne 16. 3. 2018. Proti platebnímu výměru podala žalobkyně odvolání, které žalovaný napadeným rozhodnutím zamítl a platební výměr potvrdil.

Městský soud přezkoumal napadené rozhodnutí v rozsahu žalobních bodů, kterými je vázán (srov. § 75 odst. 2 s. ř. s.), včetně řízení, které jeho vydání předcházelo. Při přezkoumání tohoto rozhodnutí městský soud vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (srov. § 75 odst. 1 s. ř. s.).

Soud rozhodl bez nařízení ústního jednání, neboť napadené rozhodnutí zrušil pro vady řízení podle § 76 odst. 1 písm. a), c) s. ř. s.

Žaloba je důvodná.

Předmětem napadeného rozhodnutí je stanovení daně za zdaňovací období roku 2014. Jelikož je soud povinen zabývat se během prekluzivní lhůty pro stanovení daně z úřední povinnosti (srov. nálezy Ústavního soudu ze dne 2. 3. 2009, sp. zn. IV. ÚS 816/07, ze dne 21. 4. 2009, sp. zn. I. ÚS 1464/07 a ze dne 6. 5. 2009, sp. zn. I. ÚS 1419/07), je třeba stručně uvést úvahy, které jej vedly k závěru, že tato lhůta překročena nebyla. Mezi účastníky běh prekluzivní lhůty není sporný.

Původní tříletá lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 1 daňového řádu začala plynout dnem 1. 7. 2015, kdy uplynula lhůta k podání řádného daňového tvrzení, což bylo podle § 136 odst. 2 daňového řádu do 6 měsíců po ukončení zdaňovacího období. Původně tedy měla tříletá lhůta uplynout dnem 30. 6. 2018. V souladu s § 148 odst. 3 daňového řádu byl běh lhůty přerušen zahájením daňové kontroly, k němuž došlo dne 24. 7. 2015. Nově tedy měla tříletá lhůta uplynout dnem 24. 7. 2018. V posledním roce před uplynutím této lhůty však došlo k vydání platebního výměr. Jeho oznámením žalobkyni, k němuž došlo dne 18. 3. 2018, byla podle § 148 odst. 2 písm. b) daňového řádu dosavadní lhůta prodloužena o rok, a tedy končila dne 24. 7. 2019. Jelikož daň byla pravomocně doměřena dne 15. 7. 2019, k překročení tříleté lhůty pro stanovení daně nedošlo. Stejně tak je zjevné, že daň byla doměřena před uplynutím desetileté objektivní lhůty podle § 148 odst. 5 daňového řádu.

Před vypořádáním jednotlivých žalobních bodů městský soud z úřední povinnosti konstatuje, že žalovaný pochybil, když ve vztahu k projektu Komplex SC aplikoval ustanovení § 34 a následujících zákona o daních z příjmů ve znění účinném od 1. 1. 2014. Ke změně ustanovení týkajících se projektu výzkumu a vývoje došlo první částí novelizačního zákona č. 458/2011 Sb. Přechodné ustanovení čl. II bodu 1 téhož zákona stanoví: „Pro daňové povinnosti za léta 1993 až 2014 a zdaňovací období, které započalo v roce 2014, platí dosavadní právní předpisy, nestanoví-li tento zákon dále jinak.“ Jelikož se žádné z dalších přechodných ustanovení právní úpravy aplikované v nyní projednávané věci netýká, je třeba aplikovat citované základní intertemporální pravidlo. Písemný dokument k projektu Komplex SC byl schválen dne 5. 2. 2014, tedy v průběhu zdaňovacího období, které započalo v roce 2014. Též předmětem napadeného rozhodnutí je daňová povinnost žalobkyně za zdaňovací období roku 2014. Dle názoru městského soudu tedy nelze dospět k jinému závěru, že též na projekt Komplex SC měla být aplikována právní úprava ve znění účinném do 31. 12. 2013.

Žalovaný však namísto toho v bodech 44 a 45 napadeného rozhodnutí uvedl, že zatímco projekty Prunéřov a Most G-R měly být hodnoceny podle právní úpravy účinné před novelou č. 458/2011 Sb., protože byly schváleny ještě před jeho účinností, která nastala dne 1. 1. 2014, projekt Komplex SC měl být hodnocen podle právní úpravy účinné po uvedené novele, protože byl schválen po datu účinnosti. Žalovaný však neuvedl, na základě jakých ustanovení zákona k tomuto zákona dospěl. Jak bylo vyloženo výše, úvaha žalovaného o aplikovatelné právní úpravě byla ve vztahu k projektu Komplex SC nesprávná.

I přesto však městský soud dospěl k závěru, že aplikace nesprávného časového znění právní úpravy nevedla k nezákonnosti napadeného rozhodnutí. Ustanovení § 34 zákona o daních z příjmů ve znění do 31. 12. 2013 byla totiž v rozhodných bodech obsahově totožná s odpovídajícími ustanoveními účinnými od 1. 1. 2014.

Soud v dalším textu odůvodnění rozsudku odkazuje již jen na ustanovení zákona ve znění do 31. 12. 2013, a to i v případech, kdy zpráva o daňové kontrole a napadené rozhodnutí nesprávně odkazují na úpravu pozdější.

První zásadní spornou otázkou mezi žalobkyní a žalovaným je, zda žalobkyně splnila zákonnou podmínku schválení písemného projektu výzkumu a vývoje před zahájením jejich řešení.

Ustanovení § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů ve znění do 31. 12. 2013 stanovilo následující požadavky na projekt výzkumu a vývoje: „Projektem výzkumu a vývoje, na jehož realizaci může být uplatněn odpočet podle odstavce 4, se rozumí písemný dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji a který obsahuje zejména základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou …, dobu řešení projektu (datum zahájení a datum ukončení řešení projektu), cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu, jména a příjmení osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, datum, místo, jméno a příjmení oprávněné osoby, která projekt schválila před zahájením jeho řešení; oprávněnou osobou se rozumí poplatník, je-li fyzickou osobou, nebo osoba vykonávající funkci statutárního orgánu poplatníka anebo osoba, která je členem statutárního orgánu poplatníka.“ (podtržení doplněno městským soudem.)

Uvedené ustanovení tedy hned dvakrát zdůrazňuje, že písemná verze projektu musí být vypracována a schválena poplatníkem před zahájením jeho řešení. Judikatura Nejvyššího správního soudu dosud nevyložila, co přesně tento požadavek znamená. Dospěla pouze k obecnému závěru, že „Projekt výzkumu a vývoje slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt v budoucnu správci daně prokáže nárok na uplatnění odpočtu nákladů na výzkum a vývoj. Zákonnou podmínkou vyplývající z povahy věci (z latinského proiectum – plán, návrh, rozvrh budoucí činnosti) je, aby byl vypracován před zahájením řešení projektu, aby šlo o dokument prospektivní. Rozhodně tedy není úkolem správce daně a správních soudců, aby sami aktivně a teprve dodatečně propojovali jinak nesouvisející dokumenty a dovozovali z nich formální a obsahové náležitosti projektu […]. To ostatně koresponduje i s výše uvedeným charakterem odpočtu nákladů na výzkum a vývoj (de facto dvojí odečet nákladů ze základu daně), který implikuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti.“ (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8.2014, č. j. 6 Afs 60/2014 - 56, bod 42).

Žalobkyně má za to, že jí zákon při provádění určité činnosti, kterou lze charakterizovat jako výzkum a vývoj, umožňuje v libovolné fázi schválit písemný projekt, a následné náklady odečítat od základu daně. Žalovaný oproti tomu tvrdí, že pokud byl již projekt výzkumu a vývoje fakticky zahájen a jeho cíle byly přinejmenším z části naplněny, nelze již ve vztahu ke zbývající části projektu schválit písemný dokument, na jehož základě by byl uplatněn odpočet od základu daně.

K charakteru odpočtu na projekt výzkumu a vývoje se vyslovil Nejvyšší správní soud například v rozsudku ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 - 52, bod 19 tak, že „odpočet na podporu výzkumu a vývoje představuje výjimku ze základního daňového principu, podle nějž platí, že jeden výdaj lze v základu daně uplatnit u téhož poplatníka pouze jednou. O výdaje (náklady) uplatněné v rámci odpočtu na výzkum a vývoj si totiž poplatník již jednou snížil základ daně a výdaje uplatňuje podruhé. Jedná se tak de facto o daňový bonus. To jej zvýhodňuje i oproti jiným subjektům na trhu a poskytuje mu tak konkurenční výhodu. Tato skutečnost již sama o sobě implikuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti. Jde-li tudíž o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených. […]. Bezchybné formální náležitosti, resp. existence kvalitně zpracovaného projektu ještě před zahájením jeho realizace, jsou základní podmínkou pro bezproblémové uplatnění odpočtu (srov. usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 1. 2015, čj. II. ÚS 3565/14). Stěžovatelka tedy nesmí opomenout, že výdaje uplatněné v rámci odpočtu na výzkum a vývoj je určité dobrodiní ve formě bonusu či dotace a je nutné pod tímto úhlem pohledu nyní posuzovanou věc přezkoumávat.“

Městský soud se ztotožňuje s výkladem zákona, který předestřel v napadeném rozhodnutí žalovaný a který koresponduje i s citovanými závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 8 Afs 72/2018 - 52. Účelem daňového odpočtu na projekt výzkumu a vývoje je poskytnout poplatníkovi motivaci, aby nad rámec své běžné činnosti vynaložil náklady na vytvoření nových a inovativních postupů. Tím poplatník podstupuje zvýšené riziko, že se mu vynaložené náklady nevrátí, protože projekt výzkumu a vývoje nenaplní stanovené cíle. Takové riziko zákonodárce vyvažuje tím, že poplatníkovi umožní náklady vynaložené na projekt výzkumu a vývoje jednak standardně promítnout do výsledku hospodaření, a potažmo základu daně, jednak je od základu daně ještě duplicitně odečíst. Aby však tento institut naplňoval svůj účel, je třeba zajistit, že poplatník již před vlastním zahájením celého projektu písemně vymezí veškeré jeho cíle a postupy směřující k těmto cílům. Jinak by totiž bylo možné uplatňovat daňové zvýhodnění i na projekty, které poplatník zahájil i bez ohledu na daňové zvýhodnění a u nichž by tedy toto zvýhodnění bylo nadbytečné.

V této souvislosti soud poukazuje na také žalovaným v napadenému rozhodnutí zmíněný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016 - 20 (bod 18), v němž Nejvyšší správní soud mimo jiné uvedl, že „Splnění podmínky existence písemného projektu splňujícího náležitosti § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů (v současném znění § 34c tohoto zákona), zpracovaného před zahájením výzkumných či vývojových prací, je výchozím předpokladem pro uplatnění odečitatelné položky výzkumu a vývoje a současně jedním z nástrojů zabránění zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj, a to především s ohledem na jeho atraktivitu pro daňové subjekty. Jinak řečeno, § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů vyžaduje pro odečet od základu daně splnění jasně stanovených podmínek (srov. rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 26. 8. 2013, č. j. 31 Af 80/2012 - 25).“ (podtržení doplněno městským soudem.)

Se žalobkyní lze souhlasit, že tento požadavek nelze uplatňovat přepjatě formalisticky. Je pochopitelné, že poplatník musí před zpracováním písemného projektu podniknout určité kroky k tomu, aby mohl vůbec vymezit, jakých cílů chce projektem výzkumu a vývoje dosáhnout. Lze také připustit, že na základě změny okolností při řešení projektu může dojít k dílčím změnám stanovených cílů nebo postupů k jejich dosažení. Nelze však akceptovat, aby se poplatník rozhodl uplatnit odpočet ze základu daně k projektu, který byl již před svým schválením fakticky vyřešen či vyřešen z podstatné části. V takové situaci je totiž zřejmé, že byl poplatník ochoten podstoupit riziko související s daným projektem i bez daňového zvýhodnění, a až dodatečně se snaží o získání tohoto zvýhodnění v okamžiku, kdy již nemůže sloužit svému účelu, jímž je motivace poplatníka k uskutečnění projektu výzkumu a vývoje, k němuž by jinak nepřistoupil.

Rovněž pokud by mohl poplatník vzájemně navazující činnosti směřující k témuž cíli kdykoliv uměle rozdělit schválením písemného dokumentu, a vůči dosud neuskutečněné části vzájemně provázaných postupů uplatnit odpočet ze základu daně, byl by vyprázdněn text § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů, který dvakrát vyžaduje zpracování písemného dokumentu „před zahájením řešení projektu“. Účel tohoto požadavku může být naplněn pouze, pokud je pojem projekt výzkumu a vývoje vykládán jako ucelený soubor vzájemně souvisejících činností a postupů, které směřují k předem stanoveným cílům. Jakmile poplatník začne s činnostmi, které lze dohromady označit jako projekt výzkumu a vývoje, aniž by předem schválil písemný dokument, v němž je projekt vymezen, odpočet podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů již uplatnit nemůže. Žalobkyně se tedy mýlí, když má za to, že může kdykoliv během výzkumné a vývojové činnosti směřující ke konkrétnímu cíli schválit písemný dokument, jímž za projekt výzkumu a vývoje označí libovolné dosud neuskutečněné postupy, které navazují na již uskutečněné činnosti směřující k témuž cíli, neboť jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017 - 53, bod 30: „Podle § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů, ve znění do 31. 12. 2013, musí být písemný projekt výzkumu a vývoje zpracován ještě před zahájením řešení projektu. […] Cílem této časové podmínky je zabránění spekulativnímu a účelovému uplatňování odpočtu v závislosti na rozhodnutí poplatníka.“

Je pochopitelně možné, že více samostatných projektů výzkumu a vývoje bude v souhrnu směřovat k určitému společnému širšímu záměru. Každý z takových projektů však musí být samostatně definovaný a musí mít vlastní dílčí cíle. Tak například v případě zefektivnění provozu elektrárny si lze představit, že bude zpracováno více projektů, z nichž se každý bude týkat jiné části daného provozu. Pokud každý z těchto projektů bude moci být uskutečněn nezávisle na ostatních, může se jednat o samostatné projekty ve smyslu § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů, ve vztahu k nimž bude odděleně posuzována podmínka schválení písemného dokumentu před zahájením projektu. Nelze však akceptovat model nastíněný žalobkyní, kdy je za samostatný projekt označena jen určitá dílčí činnost směřující k dosažení konkrétního cíle, a tím je tato činnost uměle oddělena od jiných, bezprostředně souvisejících a funkčně neoddělitelných činností, které směřují k témuž cíli.

Žalobkyně na podporu své argumentace citovala z rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 19. 9. 2018, č. j. 52 Af 18/2016 - 181, v jehož bodu 24 se k § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů uvádí: „Je tak na daňovém subjektu, které činnosti provede před samotným schválením projektu VaV a tudíž před jeho samotným zahájením dle daňových zákonů, nicméně náklady na tyto činnosti provedené před samotným schválením projektu VaV nesmí daňový subjekt uplatnit při odečtu nákladu od základu daně, čímž sám sobě způsobuje určité ekonomické znevýhodnění.“ Kasační stížnost proti citovanému rozsudku nebyla podána. Městský soud však s uvedenou interpretací nesouhlasí, neboť jí není dosaženo výše vyloženého účelu zákona. Pokud by byl akceptován formální výklad pojmu projekt výzkumu a vývoje, který zaujal krajský soud v tomto rozsudku, mohl by poplatník uplatňovat daňové zvýhodnění v souvislosti s projekty, které již zahájil bez tohoto zvýhodnění. Lze však očekávat, že takový projekt je poplatník ochoten též dokončit bez daňového zvýhodnění, a tedy by je s vysokou mírou pravděpodobnosti bez tohoto zvýhodnění i dokončili. Motivační účel daňového odpočtu by tedy nebyl naplněn.

Soud v kontextu právě uvedeného pro úplnost připomíná, že je to právě žalobkyně, kterou v daňovém řízení, v němž bylo vydáno napadené rozhodnutí tíží i v případě projektů výzkumu a vývoje důkazní břemeno, neboť jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 - 52: „Prokáže-li správce daně v souladu s ustanovením § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu důvodné pochybnosti o tom, že ve vztahu k tvrzením uvedeným v daňovém přiznání je účetnictví daňového subjektu věrohodné, úplné, průkazné nebo správné, přesouvá se v takovém případě důkazní břemeno opět na daňový subjekt, který musí svými dalšími tvrzeními podloženými důkazy pochybnosti správce daně rozptýlit. V takovém případě je daňový subjekt i přes splnění své prvotní povinnosti povinen dle ustanovení § 92 odst. 3 a 4 daňového řádu prokázat soulad svých tvrzení s faktickým uskutečněním sporného účetního případu doložením dalších důkazních prostředků, které by jeho tvrzení osvědčily (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 9. 2017, čj. 6 Afs 34/2017-71). Závěry učiněné Nejvyšším správním soudem ve vztahu k účetnictví daňového subjektu v rámci daňového řízení jsou plně aplikovatelné na nyní projednávanou věc, týkající se splnění podmínek pro odpočet nákladů od základu daně v rámci realizace projektu výzkumu a vývoje.“ (podtržení doplněno městským soudem.)

Druhou spornou otázkou mezi žalobkyní a žalovanou je, zda byl správce daně I. stupně oprávněn sám posuzovat odborné otázky týkající se materiální stránky jednotlivých činností projektů výzkum a vývoje za situace, kdy žalobkyně předložila v daňovém řízení znalecký posudek, jehož předmětem bylo právě posouzení těchto otázek.

Podle § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu správce daně může ustanovit znalce k prokázání skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně, závisí-li rozhodnutí na posouzení otázek, k nimž je třeba odborných znalostí, které správce daně nemá.

Nejvyšší správní soud se ve své judikatuře opakovaně zabýval otázkou kompetence správních soudů k posouzení odborných otázek, k němuž je potřeba odborných znalostí (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 5. 2015, č. j. 7 As 69/2014 - 50, či rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 5. 2017, č. j. 6 As 296/2016 - 65), přičemž nevyloučil, aby si v některých jednodušších případech o určité otázce soud učinil úsudek sám, aniž by byla předmětem znaleckého zkoumání. V usnesení č. j. 7 As 69/2014 - 50 se přitom rozšířený senát Nejvyššího správního soudu zabýval do jisté míry obdobnou problematikou, jako je právě projednávaný případ, neboť se jednalo o udělování patentů. V tomto usnesení (bod 48 až 50) rozšířený senát uvedl: „V praxi mohou nastat tři relevantní situace: a) Řešení nevyplývá pro odborníka zřejmým způsobem ze stavu techniky. b) Řešení vyplývá pro odborníka zřejmým způsobem ze stavu techniky, avšak neodborník by nebyl schopen je dovodit. c) Řešení vyplývá zřejmým způsobem ze stavu techniky i pro neodborníka. Zatímco k vyslovení závěru a) a b) je třeba odborných znalostí, kterými soud zřejmě disponovat nebude, některá řešení budou svým provedením vyplývat ze stavu techniky tak zřejmým způsobem, že je dokáže zhodnotit i laik. Bezpochyby na posledně uvedené řešení nelze udělit patent ve smyslu zákona o vynálezech a zlepšovacích návrzích a bylo by neúčelným a neekonomickým hodnotit je znaleckými posudky nebo odborným vyjádřením. Přitom i zde může jít o odbornou otázku.“

Uvedený závěr lze podle názoru zdejšího soudu vztáhnout i na činnost správních orgánů, tedy v daném případě správců daně v daňovém řízení, neboť skutečnost, že ne vždy vyvstává potřeba, aby správní orgán,