1 Afs 58/2017 — Nejvyšší správní soud

63 Af 3/2026- 107 - text  5 63 Af 3/2026 USNESENÍ Krajský soud v Českých Budějovicích rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Terezy Kučerové a soudců Mgr. Kateřiny Bednaříkové a Mgr. et Mgr. Bc. Petra Jiříka ve věci žalobkyně: OPTIMUM PRAGUE s.r.o., IČO 06405029 sídlem Thámova 166/18, 186 00 Praha 8 zastoupená JUDr. Ondřejem Trubačem, Ph.D., LL.M. advokátem se sídlem Na Poříčí 1079/3a, 110 00 Praha 1 proti žalovanému: Finanční úřad pro Jihočeský kraj sídlem Mánesova 1803/3a, 371 87 České Budějovice o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem správního orgánu spočívajícím v neurčení nesporné části nadměrných odpočtů uplatněných žalobkyní ve vztahu ke zdaňovacím obdobím měsíců duben, červen, červenec, září, říjen, listopad a prosinec roku 2025, resp. nepředepsání nesporné části nadměrných odpočtů postupem podle § 174a daňového řádu do evidence daní žalobkyně, takto: I. Žaloba se odmítá. II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení. III. Žalobkyni se vrací uhrazený soudní poplatek ve výši 2 000 Kč, který bude vyplacen z účtu Krajského soudu v Českých Budějovicích do třiceti dnů od právní moci tohoto usnesení. IV. Žalobkyně se vyzývá, aby ve lhůtě 1 týdne ode dne doručení tohoto usnesení sdělila krajskému soudu údaje pro bezhotovostní vrácení části soudního poplatku z bankovního účtu soudu. Nesdělí-li žalobkyně požadované, bude částka vrácena na bankovní účet, ze kterého byla uhrazena. Odůvodnění: 1. Žalobkyně se žalobou podle § 82 a násl. zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní („s. ř. s.“), doručenou Krajskému soudu v Českých Budějovicích („krajský soud“) dne 23. 2. 2026, domáhá, aby soud „určil, že postup žalovaného, který v rámci probíhajících daňových kontrol za zdaňovací období měsíců duben 2025, červen 2025, červenec 2025, září 2025, říjen 2025, listopad 2025 a prosinec 2025 neprovedl odůvodněné určení nesporných částí vykázaných nadměrných odpočtů, je nezákonný“ a přikázal žalovanému, aby „provedl určení nesporné části nadměrných odpočtů uplatněných žalobkyní ve vztahu ke zdaňovacím obdobím měsíců duben 2025, červen 2025, červenec 2025, září 2025, říjen 2025, listopad 2025 a prosinec 2025, tj. popsal případnou možnost vzniku pochybností a vysvětlil, proč zdanitelná plnění případně nejsou nesporná, a nespornou část nadměrných odpočtů bezodkladně postupem podle § 174a daňového řádu předepsal do evidence daní žalobkyně.“ 2. Krajský soud se v prvé řadě zabýval otázkou, zda jsou splněny podmínky pro to, aby se mohl žalobou věcně zabývat, a dospěl k závěru, že tomu tak není. Žalobkyně nevyčerpala zákonem předvídaný prostředek ochrany před tvrzeným nezákonným zásahem žalovaného. 3. Podle § 5 s. ř. s., nestanoví-li tento nebo zvláštní zákon jinak, lze se ve správním soudnictví domáhat ochrany práv jen na návrh a po vyčerpání řádných opravných prostředků, připouští-li je zvláštní zákon. 4. Podle § 85 s. ř. s. žaloba je nepřípustná, lze-li se ochrany nebo nápravy domáhat jinými právními prostředky; to neplatí v případě, domáhá-li se žalobce pouze určení, že zásah byl nezákonný. 5. Z obsahu žaloby plyne, že žalobkyně se domáhá toho, aby soud jednak určil, že probíhající daňová kontrola, v rámci které žalovaný dosud neurčil nespornou část vykázaných nadměrných odpočtů ve vztahu ke zdaňovacím obdobím shora uvedených měsíců roku 2025, je nezákonná a dále se domáhá toho, aby soud žalovanému uložil povinnost provést určení nesporné části jí uplatněných nadměrných odpočtů ve vztahu k uvedeným zdaňovacím obdobím, a tuto nespornou část nadměrných odpočtů bezodkladně postupem podle § 174a zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád („daňový řád“) předepsat do její evidence daní. 6. Žalobkyně se tedy domáhá určení nezákonnosti trvajícího zásahu a současně požaduje přikázat nápravu tohoto stavu. Podle shora citovaných ustanovení tak žalobkyně byla povinna před podáním správní žaloby vyčerpat právní prostředek ochrany nebo nápravy před tvrzeným nezákonným zásahem, který jí jiný právní předpis (zde daňový řád) poskytoval (srov. rozsudek rozšířeného senátu NSS ze dne 5. 12. 2017, č. j. 1 Afs 58/2017-42, č. 3686/2018 Sb. NSS). 7. Z daňového spisu krajský soud zjistil, že žalobkyně před podáním žaloby v rámci daňového řízení brojila proti nyní tvrzenému zásahu žalovaného prostřednictvím stížnosti podle § 261 odst. 1 daňového řádu. Tu správce daně v rámci vyrozumění vydaného pod č. j. 146486/26/2205-62050-304736 vyřídil jako nedůvodnou. V reakci na to postupem podle § 261 odst. 6 daňového řádu uplatnila žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti, kterou nadřízené Odvolací finanční ředitelství ve vyrozumění vydaném pod č. j. 10608/26/5100-41455-712281 posoudilo rovněž jako nedůvodnou. Jiné prostředky ochrany v souvislosti s tvrzeným zásahem žalobkyně v průběhu daňového řízení neuplatnila. 8. Pro zodpovězení otázky, zda žalobkyně v posuzovaném případě vyčerpala právní prostředek ochrany nebo nápravy ve smyslu § 85 s. ř. s., tak krajský soud musel posoudit, zda v případě nesouhlasu s postupem správce daně ve věci zálohy na daňový odpočet podle § 174a daňového řádu lze za tento prostředek považovat žalobkyní uplatněnou stížnost podle § 261 daňového řádu, či zda bylo nutno vyčerpat právní prostředek jiný. 9. Recentní judikatura NSS vychází z toho, že stížnost a navazující žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti podle § 261 daňového řádu nejsou jinými právními prostředky ochrany nebo nápravy ve smyslu § 85 s. ř. s., které je nutno vyčerpat před podáním žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správce daně. Je tomu tak proto, že stížnost představuje subsidiární prostředek obecné ochrany všech osob zúčastněných na správě daní (tedy nejenom daňového subjektu, ale i třetích osob jako např. svědků, odborných konzultantů, znalců, tlumočníků či zástupců daňových subjektů), který nemá nahrazovat prostředky svěřené přímo daňovému subjektu k ochraně jeho práv. Těmi jsou kromě typického odvolání nebo návrhu na obnovu řízení též stížnost na postup plátce daně podle § 237 daňového řádu či námitka proti úkonu správce daně při placení daní podle § 159 daňového řádu a jiné (srov. body 45 a 46 odůvodnění již zmíněného rozsudku rozšířeného senátu NSS č. j. 1 Afs 58/2017-42). Skutečnost, že stížnost představuje subsidiární prostředek ochrany osob zúčastněných na správě daní, plyne rovněž z dikce § 261 odst. 1 daňového řádu, který výslovně stanoví, že právo podat správci daně stížnost má osoba zúčastněná na správě daní pouze tehdy, neposkytuje-li daňový zákon jiný prostředek ochrany. 10. Krajský soud dospěl k závěru, že právním prostředkem ochrany daňového subjektu jak proti úkonům správce daně ve věci záloh na daňový odpočet podle § 174a daňového řádu, tak i proti jeho nečinnosti v této oblasti, je právě námitka podle § 159 daňového řádu. Ta je obecně koncipována jako prostředek ochrany proti úkonům správce daně při placení daní, které nejsou rozhodnutími připouštějícími podání odvolání (srov. § 159 odst. 1 daňového řádu), stejně jako proti nečinnosti správce daně při placení daní (srov. § 159 odst. 6 daňového řádu). Úkony při placení daní je přitom nutno rozumět úkony správce daně upravené v části třetí, hlavě V daňového řádu, tedy i úkony v souvislosti se zálohou na daňový odpočet. Závěr o přípustnosti námitek je podložen rovněž zněním § 174a odst. 5 daňového řádu, který výslovně námitku jako prostředek ochrany ve věci zálohy na daňový odpočet zmiňuje. 11. O možnosti brojit proti úkonům i nečinnosti správce daně v této oblasti hovoří rovněž důvodová zpráva k zákonu č. 283/2020 Sb., ve které zákonodárce k § 174a odst. 5 daňového řádu uvádí, že „[p]rostředkem ochrany proti konání či nekonání správce daně při posouzení vzniku nároku na zálohu na daňový odpočet, předepsání této zálohy a vrácení vratitelného přeplatku z ní vzešlého je námitka podle § 159. Použití tohoto prostředku ochrany vyplývá jednak ze skutečnosti, že v dané věci není vydáváno samostatné rozhodnutí (jsou tedy implicitně vyloučeny opravné prostředky podle § 108 daňového řádu), a jednak ze skutečnosti, že jde o institut z platební roviny daňového řízení. Pro námitku ve srovnání se standardními opravnými prostředky platí, že představuje z hlediska časového i z hlediska administrativního méně náročný prostředek ochrany. Námitkou lze brojit proti nesprávnímu určení výše zálohy na daňový odpočet, ale též proti nečinnosti správce daně (blíže k tomuto viz navrhovaný § 159 odst. 6). Výsledkem řízení o námitce bude rozhodnutí, proti němuž se v souladu s obecnou úpravou institutu námitky nelze dále odvolat. V odůvodnění tohoto rozhodnutí se správce daně musí přezkoumatelným způsobem vypořádat s namítanými skutečnostmi.“ 12. K povaze obou zmíněných prostředků ochrany je tedy nutno uvést, že stížnost podle § 261 daňového řádu představuje určitý dozorčí prostředek určený osobám zúčastněným na správě daní. Lze jí brojit obecně proti nevhodnému chování úředních osob správce daně nebo proti jeho postupu, přičemž správce daně ani jemu nadřízený orgán o ní nevydává rozho