1 Afs 262/2024 — Nejvyšší správní soud

5 A 40/2023- 167 - text 16 5 A 40/2023 [OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Městský soud v Praze rozhodl v senátu složeném z předsedkyně senátu Mgr. Gabriely Bašné a soudců Mgr. Ondřeje Hrabce a Mgr. Kateřiny Kozákové v právní věci žalobce: proti žalovanému: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. sídlem Vídeňská 1083, Praha 4 zastoupen advokátem Mgr. Janem Dudákem, advokátem, sídlem Radlická 3185/1c, Praha 5 Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy sídlem Karmelitská 529/52, Praha 1 o žalobě na ochranu proti nečinnosti správního orgánu ze dne 12. 9. 2023, takto: I. Žalovaný je povinen vydat žalobci potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES financovaného z Národního programu obnovy dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění účinném do 31. 12. 2024, a to do 30 dní od právní moci tohoto rozsudku. II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení o žalobě v celkové výši 43 954 Kč, do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jeho zástupce Mgr. Jana Dudáka, advokáta. III. Žalobci se vrací přeplatek soudního poplatku ve výši 1 000 Kč z účtu Městského soudu v Praze ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jeho zástupce Mgr. Jana Dudáka, advokáta. Odůvodnění: I. Základ sporu 1. Žalobce je veřejnou výzkumnou institucí dle zákona č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích, ve znění rozhodném (dále jen „zákon o veřejných výzkumných institucích“) a účastní se řešení projektů výzkumu a vývoje Programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES realizovaného v rámci Národního plánu obnovy (dále též „program EXCELES“). Žalobce uvedl, že je příjemcem prostředků EU v rámci projektu EXCELES, a rovněž tak je plátcem daně z přidané hodnoty (dále jen „DPH“). 2. Žalobce tedy dne 5. 6. 2023 požádal žalovaného o vydání potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES dle § 81 odst. 4 písm. c) zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění rozhodném (dále jen „zákon o DPH“), a to za účelem následného podání žádosti o vrácení daně podle § 81 odst. 2 zákona o DPH, jehož přílohou musí být právě sporné potvrzení. 3. Žalovaný sdělením ze dne 13. 7. 2023, č. j. MSMT-19056/2023-3 (dále jen „Sdělení“), žalobci odmítl potvrzení poskytnout dle § 155 odst. 3 zákona č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění rozhodném (dále jen „správní řád“), což odůvodnil poukazem na Národní plán obnovy, který je programem ČR a na jeho realizaci včetně projektů výzkumu a vývoje jsou poskytovány finanční prostředky ze státního rozpočtu a nikoli ze zdrojů EU; na podporu své argumentace odkázal i na odborné posouzení Ministerstva financí ze dne 12. 12. 2022, č. j. MF-32496/2022/1801-2. 4. Žalobce dne 27. 9. 2023 podal u Finančního úřadu pro hlavní město Prahu, územní pracoviště pro Prahu 4 dvě žádosti o vrácení DPH z prostředků ze zdrojů EU na podporu projektů výzkumu a vývoje. II. Obsah žaloby, vyjádření žalovaného a následující podání 5. Soud stručně shrne žalobní námitky žalobce. Předně žalobce v podané žalobě v bodech 1., 2. identifikoval účastníky řízení a popsal skutkový stav, akcentoval, že je plátcem DPH a příjemcem prostředků ze zdrojů EU poskytnutých na podporu projektů výzkumu a vývoje, přičemž se účastní řešení projektů v programu EXCELES, který byl schválen usnesením vlády České republiky ze dne 13. 9. 2021, č. 796 za účelem využití Národního plánu obnovy – Facilita na podporu oživení a odolnost, zřízeného podle čl. 12 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 2021/241 ze dne 12. 2. 2021 (dále jen „Nařízení RRF“). Namítal, že nevydání potvrzení o původu finančních prostředků programu EXCELES Sdělením je překážkou pro úspěšné uplatnění práva na vrácení daně, tj. toto se přímo dotýká jeho práv a majetkové sféry. Vysvětlil, že následkem nedoložení tohoto potvrzení by byla neúčinnost žádosti o vrácení daně, přičemž o neúčinnosti podání by nebylo vydáno ani žádné rozhodnutí, proti kterému by mohl žalobce jinak podat opravný prostředek. 6. V bodech 3. a 4. žaloby se žalobce vyjádřil k předmětu žaloby a obhajoval její přípustnost. 7. V bodě 5. žalobce nejprve namítal nepřezkoumatelnost odůvodnění Sdělení dle ustanovení § 68 odst. 3 správního řádu, jelikož je dle jeho názoru nepřesné, zavádějící, neboť pomíjí skutečnost, že zdrojem těchto prostředků je ve skutečnosti rozpočet EU. 8. Z procesní opatrnosti a v zájmu hospodárnosti se žalobce dále v žalobě vymezil i proti tvrzením, posouzení a závěrům uvedeným ve Sdělení žalovaným odkazovaném stanovisku Ministerstva financí, které označil za zjevně účelové s ohledem na nesprávné použití jazykového výkladu pojmů „rozpočet“ a „příjemce. Žalobce přistoupil k výkladu ustanovení § 81 odst. 2 zákona o DPH, v němž akcentoval, že záměrem zákonodárce bylo umožnit vrácení daně za podmínky, že daň nelze z prostředků EU uhradit, a to bez ohledu na skutečnost, z jakých zdrojů bude tato daň primárně uhrazena. Z čehož dovodil právo požádat o vrácení daně z nenávratné finanční pomoci (vč. zdrojů EU), která je poskytnuta na podporu výzkumu a vývoje, a to tehdy, pokud žalovaný při poskytnutí finanční pomoci stanoví podmínku, že z této pomoci nesmí být hrazena daň (DPH). Na podporu svého právního názoru o původu dotčených finančních prostředků odkázal i na smlouvy o poskytnutí účelové podpory ze dne 24. 6. 2022 a ze dne 31. 7. 2022 a ze dne 23. 6. 2022, jež byly uzavřeny na jednotlivé projekty spadající do programu EXCELES mezi ČR – žalovaným a Univerzitou Karlovou (příjemcem podpory) a poté s jednotlivými ústavy AV ČR dle ustanovení § 9 odst. 1 a 2 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon č. 130/2002 Sb.“), dle ustanovení § 14 odst. 2 a § 17 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „rozpočtová pravidla“) a v souladu s nařízením Komise (EU) č. 651/2014 ze dne 17. 6. 2014. Vyjádřil se i k rozpočtovým pravidlům považujícím prostředky poskytnuté ČR z rozpočtu EU za příjmy státního rozpočtu, které rozlišují mezi prostředky, jejichž zdrojem je státní rozpočet, a prostředky, jejichž zdrojem je rozpočet EU. Svůj názor, že původ dotčených finančních prostředků je ze zdrojů EU dokládal i programovými a dotačními dokumenty Národního plánu obnovu, Metodikou finančních toků. Současně upozornil na to, že EU stanovila pro RRF (Recovery and Resilience Facility) přímé řízení (srov. Nařízení RRF), a proto i Národní plán obnovy podléhá přímému řízení. Byl přesvědčen, že na zdroji prostředků (rozpočet EU) nemůže ničeho změnit ani „předfinancování“ ze státního rozpočtu, neboť zdrojem prostředků Národního plánu obnovy je rozpočet EU. S ohledem na shora vypočtené dokumenty (programové a dotační listiny, výzvu, pravidla publicity i smlouvy), z nichž vyplývá, že dotčené finanční prostředky mají původ v EU, namítal i porušení zásady legitimního očekávání ze strany žalovaného. 9. Namítal i nezákonnost Sdělení pro jeho nedostatečné odůvodnění a nesprávně zjištěný skutkový stav ohledně zdrojů finančních prostředků programu EXCELES. Postupem žalovaného tak bylo porušeno právo žalobce na spravedlivý proces, právo na legitimní očekávání, jakož i základní zásady činnosti správních orgánů. Sdělení označil za překvapivé, neboť jím předložené důkazy jednoznačně podporují závěr, že podmínky pro vydání potvrzení jsou splněny. 10. Žalobce v žalobě navrhoval soudu, aby Sdělení zrušil a vrátil věc žalovanému k dalšímu řízení, in eventum, aby soud určil, že zásah žalovaného spočívající ve Sdělení je nezákonný, a aby soud žalovanému zakázal, aby pokračoval v tomto nezákonném zásahu a v porušování žalobcova práva na vydání pozitivního potvrzení o původu finančních prostředků, a aby žalovanému přikázal takové potvrzení vydat. 11. Žalovaný v písemném vyjádření k žalobě ze dne 13. 11. 2023 odmítl veškeré žalobní námitky. Akcentoval, že Sdělení není ani rozhodnutí ve smyslu ustanovení § 65 a násl. s. ř. s. a ani nezákonným zásahem. Byl přesvědčen, že nevydáním žalobcem požadovaného potvrzení není dotčena možnost žalobce podat žádost o vrácení DPH, neboť předložení potvrzení je jen jednou z podmínek pro vrácení DPH. I v případě, že by žalobci bylo požadované potvrzení vydáno, tak by to bez dalšího neznamenalo, že bude mít úspěch v řízení o vrácení DPH. Dle žalovaného by se pak žalobce mohl případně domáhat soudní ochrany v řízení před správními soudy proti vyrozumění finančního úřadu o neúčinnosti žádosti o vrácení daně. 12. K dalším námitkám žalobce týkajícím se absence podstatných náležitostí Sdělení žalovaný uvedl, že na Sdělení, které není rozhodnutím nelze v plném rozsahu vztáhnout požadavky na odůvodnění rozhodnutí podle ustanovení § 68 odst. 3 správního řádu. Přesto je dle žalovaného ze Sdělení zřejmé, že žalovaný posoudil žádost žalobce a dospěl k závěru, že s ohledem na skutečnost, že předmětné finanční prostředky jsou poskytovány ze státního rozpočtu ČR, nelze