6 Afs 11/2026 — Nejvyšší správní soud

6 Afs 11/2026- 72 - text  6 Afs 11/2026 - 77 pokračování [OBRÁZEK] ČESKÁ REPUBLIKA ROZSUDEK JMÉNEM REPUBLIKY Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Filipa Dienstbiera a soudce Štěpána Výborného a soudkyně Veroniky Juřičkové v právní věci žalobkyně: JJL real 94 s.r.o., sídlem Dlouhá 194/3, Ostrava, zastoupená JUDr. Jakubem Hlínou, LL.M., advokátem, sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 31. 1. 2022, č. j. 3663/22/ 520010421711070, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 26. 11. 2025, č. j. 25 Af 3/2022114, takto: I. Kasační stížnost se zamítá. II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. III. Žalovanému se náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti nepřiznává. Odůvodnění: I. Vymezení věci [1] Žalobkyně působila jako agentura práce, která vysílala své zaměstnance k výkonu práce ke třetím subjektům, uživatelům agentury. Svým zaměstnancům vyplácela také cestovní náhrady v paušalizované výši podle § 182 zákona č. 262/2006 Sb., zákoník práce. Předmětem posouzení je otázka, zda žalobkyně prokázala, že se skutečně jednalo o cestovní náhrady ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, tedy o příjem zaměstnanců, který není předmětem daně z příjmů. [2] Finanční úřad pro Moravskoslezský kraj (dále jen „správce daně“) zahájil u žalobkyně dne 26. 4. 2018 daňovou kontrolu daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti za zdaňovací období roku 2015, 2016 a 2017. Žalobkyně jako zaměstnavatel byla podle § 38c zákona o daních z příjmů plátcem této daně. Na základě kontrolních zjištění dospěl správce daně k závěru, že žalobkyně neprokázala, že částky, které vyplácela svým zaměstnancům ve formě cestovních náhrad dle jí deklarované paušalizace, představovaly příjmy dle § 6 odst. 7 zákona o daních z příjmů. Správce daně tedy třemi dodatečnými platebními výměry ze dne 29. 9. 2020 žalobkyni stanovil k přímé úhradě daň z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti za zdaňovací období roku 2015 ve výši 441 562 Kč a uložil jí povinnost uhradit penále ve výši 88 312 Kč, za zdaňovací období roku 2016 ve výši 449 852 Kč a penále ve výši 89 970 Kč a za zdaňovací období roku 2017 ve výši 691 555 Kč a penále 138 311 Kč. [3] Žalovaný v záhlaví uvedeným rozhodnutím zamítl odvolání žalobkyně a všechny tři dodatečné platební výměry potvrdil. Konstatoval, že žalobkyně nestanovila cestovní náhrady v souladu s § 182 zákoníku práce. V průběhu daňového řízení se jí nepodařilo prokázat, na základě jakých skutečností a podmínek vypočetla paušální částky cestovních náhrad. Stejně tak nebylo ničím doloženo, že zaměstnanci žalobkyně tvrzené pracovní cesty skutečně vykonali. [4] Žalobkyně podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu, kterou krajský soud neshledal důvodnou a zamítl ji. Krajský soud se ztotožnil se závěrem daňových orgánů, že žalobkyně v rámci daňové kontroly nepředložila správci daně žádné doklady o tom, jak paušální částku cestovních náhrad vypočetla. Její tvrzení v tomto ohledu byla nekonzistentní a rozporná. Předložená „kalkulace cestovních paušálních náhrad“ byla zcela obecná, nebylo z ní vůbec zřejmé, z čeho se souhrnné částky, deklarované jako cestovní náhrady, skládaly. [5] Krajský soud se ztotožnil se žalovaným, že žalobkyně neprokázala ani faktické uskutečnění pracovních cest, tedy že deklarované cestovní náhrady byly vypláceny oprávněně. Bylo sice prokázáno, že zaměstnanci žalobkyně vykonávali práci u uživatelů v různých obcích odlišných od Ostravy (která byla dle doložených podkladů začátkem pracovní cesty), a bylo možno předpokládat, že se museli do místa výkonu práce nějakým způsobem dopravit. To však automaticky neznamená, že se tak dělo v režimu pracovních cest. Obzvláště v situaci, kdy namátkově vybraní zaměstnanci měli bydliště či adresu pobytu v ČR v místě faktického výkonu práce u uživatele, popř. v jeho blízkosti. Shodně se žalovaným považoval krajský soud za nepravděpodobné, že by zaměstnanci absolvovali cesty ze svého bydliště/adresy pobytu v ČR nacházející se v místě výkonu práce u uživatele do Ostravy (která byla označena jako začátek pracovní cesty) a poté zpět do místa svého bydliště/pobytu v ČR, kde měli vykonávat práci pro uživatele. [6] Krajský soud dále nepřisvědčil žalobkyni, že by daňové orgány zaměnily pojem „trvalý pobyt“ a „bydliště“, resp. že měly zkoumat skutečné bydliště zaměstnanců. Podstatné je, že správní orgány vycházely z podkladů poskytnutých žalobkyní, v nichž bylo výslovně uvedeno „bydliště“/„adresa pobytu v ČR“. [7] Žalobkyně tedy v daňovém řízení neunesla své důkazní břemeno ve smyslu § 86 odst. 3 písm. c) a § 92 odst. 3 daňového řádu stran tvrzení, že vyplácené částky, deklarované jako cestovní náhrady, představovaly uspokojení po právu vzniklých nároků jejích zaměstnanců na cestovní náhrady. Krajský soud dospěl k závěru, že vyplacené částky nemohou být považovány za náhrady cestovních výdajů ve smyslu § 6 odst. 7 písm. a) zákona o daních z příjmů. II. Kasační stížnost [8] Žalobkyně (stěžovatelka) podává proti rozsudku krajského soudu kasační stížnost z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), a navrhuje, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek i rozhodnutí žalovaného zrušil. [9] Stěžovatelka nejprve namítá, že soud nesprávně hodnotil povahu paušálních cestovních náhrad dle § 182 zákoníku práce. Zatímco zákon předpokládá, že zaměstnavatel konstruuje paušál na základě průměrných a očekávaných podmínek do budoucna, finanční správa i krajský soud přenesly na stěžovatelku povinnost zpětně prokazovat uskutečnění jednotlivých pracovních cest, jako by šlo o režim skutečného vyúčtování (tj. nepaušalizovaných náhrad). Ustanovení § 182 zákoníku práce ovšem nevyžaduje, aby zaměstnavatel zpětně prokazoval uskutečnění každé jednotlivé cesty a jejich konkrétních nákladů; to by ostatně bylo v rozporu se smyslem a podstatou paušalizace. Krajský soud měl přezkoumat, jak byl paušál konstruován a zda daňové orgány unesly důkazní břemeno stran formulace konkrétních pochybností směřujících proti konkrétním východiskům paušalizovaných náhrad. [10] V návaznosti na výše uvedené je stěžovatelka přesvědčena, že krajský soud na její případ nesprávně aplikoval rozložení důkazního břemene. V přístupu daňových orgánů absentuje vazba mezi vznesenými pochybnostmi a koncepcí paušalizovaných náhrad. Správce daně nespecifikoval, jak přesně mají dílčí poznatky týkající se pouze omezeného počtu zaměstnanců (proti jednotlivým pracovním cestám) vyvracet věrohodnost celé paušalizace. Kvalifikované pochybnosti správce daně ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu mohou mířit pouze na východiska pro stanovení paušalizace. Důkazní břemeno bylo na stěžovatelku přeneseno předčasně. Krajský soud nadto chybně potvrdil, že pochybnosti správce daně založilo již jen to, že stěžovatelka nepředložila žádné podklady svědčící o faktickém uskutečnění pracovních cest. Tím bylo u stěžovatelky nesprávně aktivováno důkazní břemeno, neboť pochybnosti správce daně nemohou být odvozeny od toho, že daňový subjekt dosud nepředložil určité podklady, nad rámec primárních účetních dokladů. [11] Dále stěžovatelka krajskému soudu vytýká nesprávný výklad a aplikaci pojmu „bydliště“, resp. „trvalý pobyt“. Pro posouzení nároku na cestovní náhrady byla otázka bydliště zaměstnanců stěžovatelky zásadní. Touto otázkou se proto měly daňové orgány zabývat (resp. si ověřit správnost těchto údajů) z úřední povinnosti tak, aby v souladu se zásadou materiální pravdy zjistily skutečné bydliště zaměstnanců. Krajský soud stejně jako daňové orgány nesprávně presumoval správnost stěžovatelkou předložených interních dokumentů obsahujících údaj „bydliště“ a nijak je nehodnotil ve vztahu k naplnění pojmu bydliště v materiálním smyslu. Nejednalo se o prohlášení o bydlišti ve smyslu § 80 zákona č. 89/2012 Sb., občanský zákoník. [12] Stěžovatelka namítá nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku pro nedostatek důvodů a vnitřní rozpornost (resp. i nesrozumitelnost). Krajský soud rezignoval na vypořádání stěžejních žalobních bodů; namísto toho mechanicky převzal závěry daňových orgánů. Z jeho odůvodnění není zřejmé, proč vyžadoval důkazní standard typický pro nepaušalizované (skutečně vyúčtované) náhrady požadováním ex post rekonstrukce jednotlivých cest. Soud se řádně nevypořádal s otázkou rozložení důkazního břemene. Zcela formalisticky převzal závěry daňových orgánů ve vztahu k výkladu pojmu „bydliště“ a jeho vlivu na možnost uskutečnění pracovní cesty. Soud rovněž nevypořádal otázku proporcionality a neposoudil přiměřenost závěru o „nulové variantě“, tj. plošném vyloučení všech paušálních náhrad a jejich plné zdanění. III. Vyjádření žalovaného [13] Žalovaný nepovažuje kasační stížnost za důvodnou a navrhuje její zamítnutí. Odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 3. 2025,