30 Af 39/2015

JMÉNEM REPUBLIKY

Krajský soud v Plzni rozhodl v senátě složeném z předsedy senátu JUDr. Václava Roučky a soudců JUDr. Petra Kuchynky a Mgr. Jaroslava Škopka v právní věci žalobce: GEOREAL spol. s r.o., se sídlem Hálkova 1059/12, 301 00 Plzeň, zastoupeným JUDr. Jaroslavem Svejkovským, advokátem se sídlem v Plzni, Kamenická 2378/1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem v Brně, Masarykova 31, v řízení o žalobě proti rozhodnutím žalovaného ze dne 21.10.2015 čj. 35443/15/5200-11435-711305 a ze dne 21.10.2015 čj. 35453/15/5200-11435-711305,

t a k t o:

O d ů v o d n ě n í :

Žalovaný rozhodnutím z 21.10.2015 čj. 35443/15/5200-11435-711305 změnil rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3.11.2014 čj. 1769558/14/2301-24902-403272 tak, že částku doměřené daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1.1.2008 do 31.12.2008 snížil z částky 719.670,- Kč na částku 718.830,- Kč a současně změnil výši penále z doměřené daně z částky 143.934,- Kč na částku 143.766,- Kč. Druhým žalobou napadeným rozhodnutím ze dne 21.10.2015 čj. 35453/15/5200-11435-711305 žalovaný zamítl odvolání žalobce a potvrdil rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj, ze dne 3.11.2014 čj. 1770160/14/2301-24902-403272. Tímto rozhodnutím Finanční úřad pro Plzeňský kraj dodatečným platebním výměrem žalobci doměřil z moci úřední daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1.1.2009 do 31.12.2009 vyšší o částku 491.000,- Kč. Současně konstatoval vznik zákonné povinnosti uhradit penále, podle § 37b odst. 1 písm. a) zák. č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků účinném do 31.12.2010, ve spojení s § 264 odst. 13 daňového řádu, ve výši 20% z částky dodatečně vyměřené daně, v konkrétní výši 98.200,- Kč.

a) Žaloba doručená krajskému soudu v Plzni dne 21.12.2015

Žalobce tvrdil, že v účetních období roku 2008 a 2009 uplatňoval odpočet od základu daně ve výši výdajů vynaložených na realizaci projektů výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 zák. o daních z příjmů č. 579/1992 Sb. (dále jen zákon o daních z příjmů). Žalobce je firmou, jejímž předmětem podnikání je výkon zeměměřických činností, hornická činnost – důlně-měřická činnost, projektová činnost ve výstavbě, výroba, obchod a služby neuvedené v přílohách 1 a 3 živnostenského zákona, letecké práce – letecké snímkování hlídkové, pozorovací, měřící a kontrolní lety.

Od roku 2005 do roku 2010 žalobce prováděl svou činností výzkum a vývoje a pracoval na Projektu výzkumu a vývoje informačního systému DuGIS( dále též VaV DuGIS). Projekt odpovídá požadavkům zákona o daních z příjmů i pokynu Ministerstva financí D-288 i doporučení rady pro vědu a výzkum k aplikaci zákona o daních z příjmů z 8. 12. 2006. Žalobce si před uplatněním odpočtu projekt nechal posoudit doc. Ing. V. Č., CSc., FAV ZČÚ v Plzni. Cílem projektu bylo vytvoření jedinečného a unikátního informačního systému pro správu geografických dat v organizacích provádějící hornickou činnost. Systém DuGIS je geografický informační systém centrálně zpravující geodata organizace a umožnuje jejich rychlé poskytnutí koncovým uživatelům. Ti získávají snadný přístup k informacím, které jsou důležité pro jejich činnost. Dalším cílem informačního systému je maximalizace využívání stávajících geodat organizace a jejich sjednocování. Hlavním ocenitelným prvkem novosti vývoje systému DuGIS je přístupnost všech dat koncovým uživatelům, organizace a sjednocení správy dat v rámci celé organizace. V současnosti na trhu není žádný obdobný produkt. Žalobce zpracoval dokumentaci tohoto projektu, v níž vymezil dílčí úkoly k dosažení cíle projektu a to zefektivnění plánování těžby pomocí geografických a geologických dat, podpora správy nemovitého majetku a územního plánování, standardizace struktury geodat, podpora činností managementu, digitální modelování geologického podloží, sledování a vyhodnocování těžby. V dokumentaci žalobce dále vymezil technické nejistoty projektu – zobrazení specializovaných kartografických značek, integrace se stávajícími systémy, sledování a vyhodnocení těžby. Dokumentace obsahuje rovněž pasáž, týkající se hodnocení projektu při realizaci a ukončení projektu – procentuální vyhodnocení požadované a realizované funkcionality DuGIS, posouzení doby potřebné pro nalezení informací z geografických dat bez tohoto systému a s tímto systémem, hodnocení uživatelů DuGIS, kontrolní dny uživatele. Dále vymezil rizika spojená s realizací projektu a to časovou náročnost odrážející se na rozpočtu, nedostatek kvalifikovaných lidí pro realizaci projektu a antipatie uživatelů k užívání IT, dokumentace obsahuje i časový a realizační harmonogram projektu od 1.1.2005 do 31.12.2010. V období od 1.1.2005 do 31.12.2010 žalobce na projektu pracoval, vynakládal s ním spojené výdaje a uplatnil pak odpočet těchto výdajů od základu daně z příjmu právnických osob i za zdaňovací období roku 2008 a 2009 podle § 34 odst. 4 zák. o dani z příjmů (část IV. žaloby).

Žalobce dále uváděl, že správce daně zahájil u daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2008 a 2009 daňovou kontrolu, o které vyhotovil zprávu o daňové kontrole. Průběh daňové kontroly žalobce označil za nestandardní. Správce daně opakovaně a v mnoha případech vyzýval žalobce k prokázání tvrzených skutečností o tom, zda oprávněně uplatňoval odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4 zák. o daních z příjmů. Žalobce se správcem daně v průběhu daňové kontroly spolupracoval, výzvy k doplnění tvrzených skutečností plnil a podle svého názoru unesl důkazní břemeno k prokázání důvodnosti provedených odpočtů od základu daně v obou zdaňovacích období roku 2008 a 2009 a všechny pochybnosti správce daně tak vyvrátil. V průběhu daňové kontroly správce daně však opakovaně porušoval procesní práva žalobce, konkrétně práva na spravedlivý proces ve smyslu č. 6 odst. 1 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod a proti tomuto postupu se žalobce ohrazoval. Přesto, že žalobce předložil správci daně dostatek důkazů k prokázání jím tvrzených skutečností, správce daně, aniž by s žalobcem řádně zprávu o daňové kontrole projednal ve smyslu § 88 odst. 4 daňového řádu, vydal dva dodatečné platební výměry o doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009 (část V. žaloby).

Proti dodatečným platebním výměrům podal žalobce řádné odvolání, které obsáhle odůvodnil. Žalovaný však odvolání řádně neprojednal, ke skutečnostem žalobcem tvrzených nepřihlédl, tyto nehodnotil a v oblasti skutkové stránky věci zcela přejal skutková zjištění správce daně, aniž by se vypořádal s odvolacími námitkami žalobce, který mimo jiné namítal neprovedením dalších důkazů správcem daně, které žalobce v daňovém řízení navrhoval. Obě rozhodnutí žalovaného jsou tak zatížena vadou nepřezkoumatelnosti. Správce daně neprovedl žalobcem navržené důkazní prostředky, zejména navržené svědecké výpovědi, nevyhodnotil informační systém jako takový, a tato procesní pochybení měla vliv na rozhodnutí ve věci samé.

Daňová kontrola nebyla navíc ukončena způsobem předvídaným daňovým řádem, neboť nebyly splněny podmínky pro postup podle § 88 odst. 5 daňového řádu a kontrolu nebylo možno ukončit proto, že nebyly vyřízeny stížnosti, včetně jejich prošetření, nejpozději do ukončení daňové kontroly. Jednalo se o stížnost ze dne 21.9.2012 a stížnost na postup z 10.12.2012 a ze dne 17.12.2013, které nebyly vyřízeny vůbec.

Správce daně provedl svědeckou výpověď doc. Č. a o provedení této výpovědi nebyl žalobce vyrozuměn a nemohl tak konzumovat svá práva. Další nezákonnost v postupu správce daně spočívá v opomenutí důkazů, neboť daňový řád v § 92 ukládá správci daně povinnost vyrozumět daňový subjekt o neprovedení návrhu a správce daně to provedl až současně se správnou o kontrole a žalobci tak znemožnil jakkoliv reagovat. Tato pochybení měla za následek nesprávné a neúplné zjištění skutkového stavu a měla vliv na rozhodnutí ve věci samé.

Žalobce tvrdil, že správce daně dospěl k nesprávnému právnímu závěru a žalobce tak nesouhlasí, že nesplnil zákonné předpoklady pro odpočet nákladů.

Podle žalobce je podstatou sporu hodnocení oprávněnosti uplatnění položky odčitatelné od základu daně podle § 34 odst. 4 zák. o dani z příjmů. Zákon o dani z příjmů definici výzkumu a vývoje neobsahuje a vymezení pojmu výzkumu a vývoje je obsaženo pouze v § 2 odst. 1 zák. o podpoře výzkumu experimentálního vývoje a inovací č. 130/2002 Sb. Toto ustanovení popisuje výzkum a uvádí rysy činnosti, pro které lze konkrétní činnost označovat za výzkum. Žalobce poukázal na Ministerstvo financí, které vydalo k provedení § 34 odst. 4 a 5 zák. o daních příjmů pokyn D-288, sloužící k zajištění jednotného postupu při uplatňování předmětného ustanovení tím, že správcům daně poskytuje návod na posuzování uplatněných odpočtů nákladů od základu daně za projekty výzkumu a vývoje. Pokyn sice není obecně závazným právním předpisem, ale je primárně závazný pro správce daně, který je povinen se jím řídit a pokyn D-288 tak lze ho použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zněním zákona o daních z příjmů.

Podle žalobce je nutno souhlasit s tím, že posouzení, zda projekty žalobce lze považovat za projekty výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 zák. o daních z příjmů je výlučným oprávněným správce daně. Jedná se o otázku právní, a aby mohla být zodpovězena, je třeba řádně objasnit skutkový stav věci, zjištěné skutečnosti pečlivě posoudit. Žalobce v celém průběhu daňového řízení předložil správci daně značné množství důkazů, jímž zpochybňoval závěry správce daně. Jednalo se o listiny, počítačové programy a další důkazy a to i o důkazy vyjádřených osob s odbornými znalostmi v daném oboru. Žalobce ve vztahu k posuzovanému projektu přitom vysvětlil, v čem podle jeho názoru spočívalo vyjasňovaní technické nejistoty a co podle jeho názoru u tohoto projektu představuje ocenitelný prvek novosti ve smyslu bodu druhého pokynu D–288.

Veškeré důkazní prostředky však správce daně a ani žalovaný řádně nevyhodnotili a ostatně ani vyhodnotit nemohli, neboť k vyhodnocení značného množství technických informací neměli zaměstnanci správce daně ani žalovaného potřebné technické znalosti. Bez dostatečného porozumění technickým aspektům projektu žalobce správce daně ani žalovaný nemohli spolehlivě vyvrátit tvrzení žalobce, že činností jím prováděné lze považovat za výzkum a vývoj.

Podle žalobce bylo namístě ustanovit ve věci znalce podle § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu. Žalovaný ani správce daně tak neučinili a zatížili řízení vadou, která měla za následek nesprávná rozhodnutí ve věci. ( část VI. a VII. žaloby )

Žalobce navrhl, aby rozhodnutí žalovaného obou napadená byla zrušena a současně navrhl i zrušení rozhodnutí správce daně I. stupně, která jsou zatížena stejnými vadami řízení a požádal o přiznání práva na náhradu nákladů řízení.

b) Specifikace žaloby ze dne 6.2. 2017

Žalobce k výzvě soudu specifikoval svoji původní žalobu doručenou soudu 21. 12. 2015 a ve svém podání ze dne 6. února 2017 rozvedl základní skutkové okolnosti a specifikoval svá žalobní tvrzení.

Žalobce zdůraznil, že autoři vyjádření k Projektu výzkumu a vývoje Důlního geografického informačního systému prováděného firmou GEOREAL spol. s r.o., doc. Ing. V. Č., CSc. a Ing. K. J., akademičtí pracovníci Západočeské univerzity, katedry geomatiky se znalostí stávajících systémů i existujícího řešení u spol. Lassellsberger (resp. LB MINERALS) jednoznačně prohlásili, že: „jde o vývojový projekt se znaky aplikovaného výzkumu“ a současně, že se: „nejedná o implementaci již existujícího systému.“

Žalobce vysvětloval, že se jednalo o dva projekty, které se oba začaly vyvíjet od roku 2005. První komerční byl vytvořen na základě smlouvy o dílo se společností pro Lassellsberger k zabezpečení v prvé fázi zejména legislativních požadavků na těžbu, následně teprve pro řízení výroby. Druhý na základě Projektu výzkumu a vývoje DuGIS byl tvořen od 1. ledna 2005 do 31. prosince 2010 a znamenal komplexní informační GIS systém pro potřeby důlních společností. Komerční produkt na základě smluv o dílo a jejich dodatků byl rozšířen o některé komponenty a funkcionality vytvořené v rámci Projektu VaV DuGIS. Nejedná se proto o práce na realizaci či používání nástrojů a funkcionalit ve vztahu ke komerční verzi aplikace DuGIS (terminus technicus) pro LB MINERALS vypracovaný v prosinci r. 2007, ale o to, že výzkum a vývoj, který je hodnocen jako systematická a tvůrčí práce konaná za účelem získání nových znalostí nebo jejich využití s kritériem novosti a vyjasnění výzkumné a technické nejistoty, přispěly právě nejenom k rozvoji jednotlivých komponentů, ale i k využití části nových komponentů k dopracování odlišného nového systému. Není to totiž upgrade k jednotlivým komponentům, ale jde o vytvoření konkrétního nového komplexního systému DuGIS.

K tvrzenému porušení § 88 odst. 4 daňového řádu žalobce uváděl, že daňová kontrola nebyla řádně projednána, a tedy ani řádně ukončena. Podle Zprávy o daňové kontrole se žalobci nepodařilo vyvrátit pochybnosti správce daně, neboť dle názoru správce daně věrohodným jednoznačným způsobem neprokázal, že v kontrolovaných obdobích 2008 a 2009 byly uskutečňovány činnosti, které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části, jejichž základním kritériem je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné a technické nejistoty, neboť dle tvrzení správce daně činnosti uvedené v Projektu VaV a Harmonogramu musely být provedeny již dříve, což vyplývá ze Smlouvy o dílo včetně jejích dodatků uzavřené dne 23. 5. 2005 mezi společností LASSELSBERGER, a. s. a daňovým subjektem.

Správce daně nespecifikuje, které konkrétní činnosti uvedené v Projektu VaV a Harmonogramu musely být provedeny již dříve. Správce daně nebyl schopen prokázat, kdy dříve byly a jaké konkrétní činnosti uvedené v Projektu VaV a Harmonogramu provedeny, a na základě jakých důkazů to správce tvrdí.

K tvrzení o vyřizování stížností v rozporu se zákonem žalobcem, konstatoval,, že stížnosti musí být podle § 261 odst. 4 in fine daňového řádu vyřízeny nejpozději do ukončení daňové kontroly. Stejná lhůta platí i pro nejblíže nadřízeného správce daně pro prošetření. Stížnost ze dne 22. 9. 2014 směřovala proti postupu správce daně v tom, že v rozporu s § 92 odst. 6 in fine daňového řádu nebylo žalobci vyhověno v návrhu na účasti třetích osob v daňovém řízení, aniž by o tom byl žalobce před ukončením daňové kontroly s uvedením důvodu jejich nepřipuštění vyrozuměn v souladu se zásadami daňového řízení, tj. součinností a přiměřeností.

Navržené důkazy nebyly provedeny a současně nebylo ani odůvodněno, proč by bylo provedení navržených důkazů irelevantní nebo nadbytečné. Z tohoto přímo vyplývá porušení zásady volného hodnocení důkazů a materiální pravdy, neposkytování součinnosti žalobci .

Nejprve správce daně vyjádřil pochybnost, zda jde o výzkum a vývoj, zda je přítomen ocenitelný prvek novosti a jsou přítomny výzkumné nejistoty, následně po vyvrácení těchto pochybností vyjádřil ničím nepodloženou pochybnost, zda veškeré uplatněné náklady byly vynaloženy v souvislosti s touto činností VaV. Po předložení rozsáhlých důkazních prostředků a za situace, kdy správce daně nepřenesl důkazní břemeno tak, aby si byl žalobce vědom, jaké pochybnosti správce daně založené na konkrétních skutečnostech má dále odstraňovat a co má prokazovat, přišel s novou pochybností, že činnosti uvedené v Projektu VaV DuGIS a Harmonogramu musely být provedeny již dříve, což dle tvrzení správce daně vyplývá ze Smlouvy o dílo včetně jejích dodatků uzavřené dne 23. 5. 2005 mezi společností LASSELSBERGER, a. s. a daňovým subjektem. K vyvrácení této pochybnosti odmítl správce daně veškeré navržené i předložené důkazní prostředky, buď bez jakéhokoli vyhodnocení nebo pouze se stručným konstatováním, že nebudou provedeny pro nadbytečnost. Jde o nezákonný postup správce daně při daňové kontrole, zejména svévolná selekce předložených důkazních prostředků na ty, co se správci daně hodí do jeho verze a na ostatní, přičemž žalobce má za to, že provedením navržených důkazních prostředků by bylo, a to zcela explicitně prokázáno tvrzení žalobce, totiž, že v kontrolovaných obdobích probíhaly práce na Projektu VaV DuGIS dle jeho harmonogramu, a že Projekt VaV DuGIS splňuje požadavky na daňový odpočet dle § 34 zákona o daních z příjmů.

K tvrzení, že v řízení byly provedeny výslechy svědků v rozporu se zákonem žalobce uváděl, že pochybení spatřuje v tom, že zejména nedošlo k výslechu navrhovaných svědků, které mohly mít vliv na rozhodnutí samé. Správce daně provedl výslech svědka doc. Ing. V. Č., CSc., aniž by byl svědek řádně poučen, a aniž by byl žalobce o tomto výslechu vyrozuměn. Žalobce tak byl zásadním způsobem zkrácen na svých právech, zejména právu být přítomen výslechu svědka a klást mu otázky, a to právě s ohledem na to, že doc. Č. byl „oponentem“ Projektu VaV DuGIS v roce 2006, tj. na začátku výzkumu, a byl v té době seznámen i se stávajícími systémy GIS důlních systémů a mohl tak ještě významněji osvětlit a potvrdit rozdíl mezi komerčním DuGIS, který byl v roce 2005 a 2006 aplikován u společnosti Lassellsberger a informačním systémem, který teprve vznikal na základě Projektu VaV DuGIS. Deklarace tohoto výslechu jako místního šetření nemůže obstát. Místním šetřením daňový řád označuje zejména vyhledávání důkazních prostředků a provádění ohledání u daňových subjektů a dalších osob zúčastněných na správě daní, jakož i na místě, kde je to vzhledem k účelu místního šetření nejvhodnější. Nic takového se dle protokolu č.j. 572014/12/138931402522 ze dne 1. listopadu 2012 nekonalo. Žalobce proto podal stížnost, kterou správce daně nevyřídil postupem dle § 261 daňového řádu, a proto byla daňová kontrola ukončena nezákonně pro rozpor s § 261 odst. 4 in fine daňového řádu.

Žalobce v rámci odvolacího řízení zadal vydání stanoviska k Projektu VaV DuGIS doc. RNDr. F. S., Ph.D. a jeho stanovisko ze dne 2. 4. 2015 správci daně předložil. Přestože ze stanoviska jasně vyplývá, že v průběhu roku 2008 a 2009 probíhaly práce na Projektu VaV DuGIS, že jsou tyto práce aplikovaným výzkumem, že jejich výsledky rozhodně nemohly být součástí komerčního řešení ke dni 31. 12. 2007 používaného společností Lassellsberger, odvolací orgán odborně polemizoval se závěry doc. RNDr. F. S., Ph.D., aniž by tento byl v rámci daňového řízení slyšen, aniž by byly závěry správce daně založeny na jakémkoli odborném základu (tj. znaleckém posudku). Odvolací orgán tak nejen že potvrdil nesprávné a nezákonné rozhodnutí prvoinstančního správce daně, ale sám nezákonným způsobem hodnotil nově předložený důkazní prostředek.

Žalobce uváděl, že v daňovém řízení navrhl předložil k prokázání svých tvrzení následující konkrétní důkazy:

- kompletní účetnictví žalobce

- Projekt VaV DuGIS

- informační systém s názvem DuGIS jako výsledek Projektu VaV DuGIS

- vyjádření k Projektu výzkumu a vývoje Důlního geografického informačního systému (DuGIS), prováděného firmou GEOREAL spol. s r.o. vypracované doc. Ing. V. Č., CSc. a Ing. K. J. z června 2006

- pracovní smlouvy zaměstnanců včetně dokladů o jejich dosaženém vzdělání a praxi a evidenci pracovní doby pro zjištění, zda řešení projektu je odborně zajištěno

- zápisy z kontrolních dnů

- veškeré účetní doklady, jejichž hodnotu uplatnil ve zdaňovacím období roku 2008, 2009 jako výdaje (náklady), které lze uplatnit jako odčitatelnou položku od základu daně podle § 34 zákona o daních příjmů právnických osob

- vyjádření LB MINERALS s.r.o. k informačnímu systému DuGIS Projektu VaV DuGIS prováděného daňovým subjektem

- čestná prohlášení 4 zaměstnanců podílejících se na Projektu VaV

- stanovisko jednatele k Projektu VaV DuGIS

- Projekt VaV – DuGIS 2005

- ke zdaňovacímu období roku 2008 k účtu 501090, 501290, 501390 a 518190 – kopie prvotních dokladů v souboru PDF v rozsahu 136 MB uložených na předloženém CD

- ke zdaňovacímu období roku 2008 k účtu 501190 – záznam spotřeby pohonných hmot pro osobní automobil 2P6 6592 používaný výhradně pro činnost související s realizací Projektu VaV DuGIS v roce 2008 a pro motocykl 2P5 032 použitý v rozsahu spotřebovaných PHM rovněž pro činnost související s realizací Projektu VaV DuGIS v roce 2008. K tomu daňový subjekt přiložil výpis z knihy jízd.

- ke zdaňovacímu období roku 2008 k účtu 501790 doložil, že jde o oblek do deště řádně evidovaný na kartě OOP, kterou přiložil a sdělil, že jde o ochrannou pracovní pomůcku dle ZP pro zaměstnance, který se 100 % svého pracovního výkonu podílel na realizaci Projektu VaV, realizace tohoto projektu probíhala i v terénu, čímž je dána přímá souvislost tohoto výdaje s výdaji na realizaci Projektu VaV

- ke zdaňovacímu období roku 2008 i roku 2009 k účtu 521090, 524190, 524590 a 512090 předložil výkaz práce dle jednotlivých pracovníků v PDF formátu, z které vyplývá, že všichni zaměstnanci, kteří se na realizaci Projektu VaV podíleli méně než 100 % svých pracovních úvazků, odpracovali pro projekt vyšší podíl, nežli byl jako odčitatelná položka skutečně uplatněn. Při pracovních cestách zaměstnanců, které byly doloženy cestovními příkazy, byly prováděny činnosti související s realizací Projektu DuGIS v souladu s projektovým záměrem uvedeným v dokumentu „Projekt výzkumu vývoje informačního systému DuGIS, který představuje základní popis dílčích úkolů, které byly v rámci projektu řešeny a představují tak oblasti prováděných činností. Konkrétním účelem pracovních cest bylo zejména: konzultační činnosti související s realizací DuGIS, ověřování a verifikace navržených postupů a metodik zpracování dat přímo v terénu, pracovní jednání související s realizací DuGIS, zjišťování požadavků a potřeb cílových uživatelů DuGIS, místní šetření a kontrolní měření v terénu

- ke zdaňovacímu období roku 2008 i 2009 k účtu 551090 k inventární kartě č.ZP 13 předložil stanovisko vedoucího technického úseku Ing. J., které potvrzuje, že tento základní prostředek sloužil výhradně pro realizaci Projektu VaV a tudíž jeho odpis byl uplatněn do nákladů ve správné výši

- ke zdaňovacímu období roku 2009 k účtu 501090 předložil kopie prvotních dokladů v listinné podobě čítající 97 ks listů

- ke zdaňovacímu období roku 2009 k účtu 501190 předložil záznam spotřeby pohonných hmot pro osobní automobil 2P6 6592 používaný výhradně pro činnost související s realizací Projektu VaV DuGIS v roce 2009

- ke zdaňovacímu období roku 2009 k účtu 501290 předložil kopie prvotních dokladů v listinné podobě čítající 458 ks listů

- ke zdaňovacímu období roku 2009 k účtu 501390 a 518190 předložil kopie prvotních dokladů v PDF podobě, velikost souboru 72,1MB na přiloženém CD

- ke zdaňovacímu období roku 2009 k účtu 518690 předložil stanovisko vedoucího technického úseku Ing. J., podle kterého došlo k záměně SW Topol CE Profi se SW ArcGIS Engine Runtime 9.3.1. Standard, přiložena byla kopie faktury

- k předloženým pracovním smlouvám předložil dokument Změny v realizačním týmu ze dne 1. 8. 2008, 31. 7. 2006, 31. 1. 2007, 1. 12. 2007, 31. 3. 2008, 30. 6. 2008, 1. 4. 2008, 31. 12. 2007 a ze dne 1. 6. 2009 a sdělil, že činnost pracovníků V. a Ř. pro realizaci Projektu VaV je dána jejich pracovním zařazením

- Záznam ze systému Subversion používaný pro správu zdrojových kódů projektu VaV DuGIS o celkovém počtu 101 stran VaV_DuGIS_Core.log a 21 stran VaV_DuGIS_Extenze_Lom3D.log

- Časové otisky zdrojových kódů aplikačních modulů realizovaných v rámci projektu VaV DuGIS.

Správce daně zpochybnil takřka veškeré důkazy, kterými žalobce prokazoval svá tvrzení o existenci dvou různých důlních informačních systémů DuGIS. Podle judikatury je správce daně při daňové kontrole nucen zohlednit všechna zjištění, tedy i podání, která vůči správci daně učiní daňový subjekt, a též i skutečnosti, které tento subjekt ve svých podáních uvede, jestliže se v průběhu daňového řízení ukážou jako pravdivé. Žádný z výše vyjmenovaných předložených dokladů nebyl správcem daně jakkoli hodnocen, a to zejména samotný Projekt VaV DuGIS, ani vlastní výsledek činností na tomto projektu. Žalobce dále provedl rozbor jednotlivých neprovedených důkazů a konkretizoval dopad této procesní vady na neúplnost potřebných skutkových zjištění.

K vyvrácení pochybností správce daně žalobce navrhl k prokázání činností dle harmonogramu Projektu VaV DuGIS v kontrolovaném období roku 2008 a 2009:

- provést výslech svědka zaměstnance DS Ing. F.Z. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- provést výslech svědka zaměstnance DS Ing. L.V. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- provést výslech svědka zaměstnance DS Ing. L.K. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- provést výslech svědka zaměstnance DS Ing. M.V. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- provést výslech svědka zaměstnance DS Ing. L.H. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- provést výslech svědka zaměstnance DS Ing. T.V., Ph.D. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- provést výslech svědka RNDr. L.A., bytem ... Jde o geologa, který v roce 2008 a 2009 poskytoval služby v oblasti geologie pro společnost Lasselsberger a.s. V uvedeném období pobíhaly konzultace s RNDr. L.A., na základě kterých byl následně prováděn výzkum a vývoj projektu VaV DuGIS ve spol. GEOREAL

- provést opakovaný výslech svědka Ing. J.S., ve kterém bude tázán na skutečnosti, které dle správce daně neosvědčil, ačkoli nebyl na ně vůbec tázán

- provést výslech svědka Ing. P.F., nar…., bytem …, v letech 2005 – 2008 ředitele společnosti Lasselsberger (LB Minerals), který byl obeznámen s šetřeným Projektem VaV DuGIS, byl s ním i konzultován

- doplnit hodnocení důkazního prostředku - ohledání věci - samotného informačního systému jako výsledku Projektu VaV, které v rámci probíhající kontroly provedly úřední osoby.

Žalobce dále specifikoval své argumenty, pro které nesouhlasil se závěry správce daně o neprovedení navržených důkazů. V této souvislosti odkázal na ustanovení § 93 odst. 1 daňového řádu v této souvislosti odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. srpna 2013, č. j. 5 Afs 83/2012 – 46, který uvádí: „dochází k výraznému posunu, co se týče odpovědnosti správce daně za zjištěný skutkový stav. Zatímco dříve správce daně dbal především na to, aby stát nebyl krácen na svých příjmech, nyní musí dbát především toho, aby daň byla stanovena po právu, tj. ve správné výši. Musí tak přihlížet ke všem skutečnostem, které jsou pro správné stanovení daně rozhodné, a to ať jsou ve prospěch či v neprospěch daňového subjektu. Cíl správy daně, tak jak byl zakotven v daňovém řádu, však zcela jistě neznamená, že by byl správce daně a priori povinen vyhledávat za daňový subjekt skutečnosti, které by mohly být v jeho prospěch; pokud je však ve své dispozici má, musí se jimi zabývat.“

Žalobce dále specifikoval své tvrzení o nesprávném ukončení daňové kontroly a o tom, že v jeho případě nebyly splněny podmínky pro postup podle § 88 odst. 5 daňového řádu. Žalobce zásadně nesouhlasil s tím, že by se nechtěl se zprávou o daňové kontrole seznámit a že by se vyhýbal jejímu projednání, jak správce daně konstatoval ve sdělení č.j. 1710340/14/2301- 05400-403201. Daňová kontrola byla zahájena dne 21. listopadu 2011 a žalobce se naopak ke všem jednáním vždy dostavil a poskytoval veškerou součinnost a k tomu odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. září 2013, sp. zn. 7 Afs 87/2012. Předjímání nerealizovatelnosti projednání daňové kontroly po podané stížnosti na postup správce daně bylo zcela racionální, neboť v případě zjištěné důvodnosti stížnosti by opatření přijatá k nápravě nemohla být vyřízena během projednání kontroly. V opačném případě měl žalobce v úmyslu využít možnosti přezkoumání vyřízení stížnosti nadřízeným správcem, neboť toto právo je mu zaručeno daňovým řádem. Navíc stížnost i její přešetření musí být vyřízeno nejpozději současně s ukončením daňové kontroly. Zde žalobce upozorňuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. listopadu 2013, č.j. 9 Aps 4/2013–25. Stížnost nebyla vyřízena a správce daně ani podáním do datové schránky, e-mailem či telefonicky nesdělil zástupci, že stížnost již má nebo bude mít vyřízenu. Nic mu nebránilo stížnost, pokud byla vyřízena dne 25. září 2014, tento den odeslat zástupci žalobce, ostatně daňový řád ukládá správci daně, aby tak učinil bezodkladně. Přesto se dne 26. září 2014 k řízení dostavil na základě substituční plné moci Mgr. Hajdučík. Není vinou žalobce, že výsledkem řízení vedeného správcem daně bylo odložení jednání na den 6. října 2014. Správce daně ani v mezidobí mezi 26. zářím až 6. říjnem 2014 nezaslal vyřízení stížnosti žalobci, ačkoli daňový řád ukládá, že má být daňový subjekt vyrozuměn bezodkladně. Ústní jednání ze dne 6.10.2014 a jeho ukončení nemůže být rovněž chápáno jako projev vyhýbání se projednání zprávy o daňové kontrole, neboť přerušení na žádost správce daně bylo avizováno na 20 minut, namísto toho trvalo celou hodinu, a právě tím došlo k časové tísni zástupce, zpráva nebyla projednatelná, neboť nebyla vyřízena stížnost.

Žalobce ve stížnosti ze dne 20. září 2012 v rámci odpovědi na výzvu č.j. 512400/12/138931404711 ze dne 10. září 2012 upozornil správce daně na jeho postup, který jej opakovaně nutil předkládat stejné doklady, které již při tomto daňovém řízení předložil. Veškeré prvotní doklady měl správce daně k dispozici při šetření prováděném v sídle žalobce, byla mu poskytována také veškerá součinnost, a to i nad rámec povinností daňového subjektu - žalobce.

Žalobce byl poškozován u svých obchodních partnerů tím, že postup správce daně u nich navodil dojem, že žalobce se správcem daně nespolupracuje, když např. smlouvy, faktury a doklady o jejich zaplacení byly od těchto osob opakovaně vyžadovány. Správce daně tak činil jednotlivé úkony v rozporu s požadavkem na daňové řízení, které má dle § 5 odst. 3 daňového řádu šetřit práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů a třetích osob a kdy má správce daně používat při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují, a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní. Správce daně tak ani nepostupoval bez zbytečných průtahů a bez zbytečných nákladů, jak mu ukládá § 7 daňového řádu. Správce daně tuto stížnost nevyřídil postupem dle § 261 odst. 5 daňového řádu.

Žalobce ve stížnosti ze dne 10. prosince 2012 k výzvě č.j. 596224/12/138931404711 ze dne 23. listopadu 2012 reagoval na výzvu, na základě níž znovu v rozporu s § 5 odst. 3 daňového řádu předložil dokument – Projekt VaV DuGIS 2005 – konkretizaci nákladů souvisejících s realizací projektu, kterým byl stanoven „alokační klíč“ k nákladům, které souvisí s realizací projektu částečně, přitom vysvětlil, že ačkoli se zcela neztotožnil s mimořádně restriktivním výkladem zákonných ustanovení v Pokynu D-288 obsaženým, v zájmu své právní jistoty postupoval výslovně v souladu s tímto pokynem. Projekt je rovněž plně v souladu i s KOOV 57/08.06.05, neboť zvolený „alokační klíč“ je rozumným a logicky zdůvodnitelným kritériem použitelným pro určení oddělení nákladů vynaložených na VaV. Na výzvu žalobce sdělil, že úřední osoby provádějící kontrolu měly všechny doklady k dispozici, všechny doklady jim byly předloženy v rámci probíhající kontroly v sídle žalobce a bylo jim dle jejich potřeb podáváno vysvětlení. Tento postup správce daně tak žalobce opakovaně označuje za rozporný se základními zásadami daňového řízení, když jen požadované doklady kopíroval pracovník žalobce šest pracovních dní s nezanedbatelnými materiálovými náklady. Správce daně ani tuto stížnost nevyřídil postupem dle § 261 odst. 5 daňového řádu.

Žalobce ve stížnosti ze dne 17. prosince 2013 k výzvě č.j. 1696149/13/2301-00600-404711 ze dne 25. listopadu 2013 uvedl, že nikdy netvrdil, že Projekt výzkumu a vývoje informačního systému DuGIS byl primárně řešen jako produkt komerční pro společnosti LASSELSBERGER, a. s., a že tomu také tak není, že nasazované řešení DuGIS ve společnosti LASSELSBERGER, a.s. (dnes LB MINERAS, s.r.o.) není vůbec identické s řešením Projektu VaV DuGIS žalobce, že shoda názvu projektu s produktem dle SoD s LASSELSBERGER, a. s. je pouze tematická a správce daně zřejmě svedla k jeho pochybnostem. Žalobce na výzvu vysvětlil, že obě řešení mají rozdílnou funkcionalitu a je tak naplněn § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Žalobce ve stížnosti upozornil, že postup správce daně v průběhu celé daňové kontroly je nepřiměřený, daňové řízení vedené správcem daně neodpovídá základním zásadám daňového řízení - zásadě zdrženlivosti, přiměřenosti, rychlosti a hospodárnosti, že správce daně má šetřit práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů a používat při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní, v daném případě že tak nečiní, celé řízení je stiženo zjevnými a neodůvodněnými průtahy, daňový subjekt je poškozován u svých obchodních partnerů tím, že postup konkrétních úředních osob navozuje dojem, že se správcem daně daňový subjekt nespolupracuje, když např. smlouvy, faktury a doklady o jejich zaplacení jsou vyžadovány od obchodních partner žalobce. Správce daně tuto stížnost nevyřídil postupem dle § 261 daňového řádu, a proto byla daňová kontrola ukončena nezákonně pro rozpor s § 261 odst.4 in fine daňového řádu.

Žalobce ve stížnosti ze dne 23. června 2014 v rámci vyjádření se k výsledkům kontrolního zjištění opakovaně namítal, že postup správce daně v průběhu celé daňové kontroly je nepřiměřený, daňové řízení vedené správcem daně neodpovídá základním zásadám daňového řízení - zásadě zdrženlivosti, přiměřenosti, rychlosti a hospodárnosti. Správce daně má šetřit práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů a používat při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní, v daném případě tak nečiní, celé řízení je stiženo zjevnými a neodůvodněnými průtahy, daňový subjekt je poškozován u obchodních partnerů tím, že postup konkrétních úředních osob navozuje dojem, že se správcem daně daňový subjekt nespolupracuje, když např. smlouvy, faktury a doklady o jejich zaplacení jsou vyžadovány od obchodních partner žalobce.

Správce daně provedl výslech svědka doc. Ing. V.Č., CSc. Žalobce nebyl o tomto výslechu vyrozuměn a byl tak zásadním způsobem zkrácen na svých právech, zejména právu být přítomen výslechu svědka a klást mu otázky. Správce daně tuto stížnost nevyřídil postupem dle § 261 daňového řádu, a proto byla daňová kontrola ukončena nezákonně pro rozpor s § 261 odst.4 in fine daňového řádu.

Žalobce ve stížnosti ze dne 22. září 2014 směřoval proti postupu správce daně v tom, že v rozporu s § 92 odst. 6 daňového řádu nebylo žalobci vyhověno v návrhu na účasti třetích osob v daňovém řízení, aniž by o tom byl žalobce před ukončením daňové kontroly s uvedením důvodu jejich nepřipuštění vyrozuměn. Pokud by na základě vyřízení stížnosti byla sjednána náprava a bylo tak vyhověno v návrhu na účasti třetích osob v daňovém řízení, výsledky výslechu navržených třetích osob by dle názoru žalobce měly vliv na rozhodnutí ve věci samé. Správce daně tuto stížnost nevyřídil postupem dle § 261 daňového řádu, a proto byla daňová kontrola ukončena nezákonně pro rozpor s § 261 odst.4 in fine daňového řádu.

Žalobce dále specifikoval své tvrzení, že správce daně nenechal v rozporu s § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu ustanovit znalce k prokázání skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně, byť rozhodnutí záviselo na posouzení otázek, k nimž je třeba odborných znalostí, které správce daně nemá a ani dle § 95 odst. 1 písm. b) daňového řádu nevyzval žalobce, aby znalecký posudek nechal vyhotovit. Žalobce si přesto nechal vypracovat stanovisko k Projektu VaV DuGIS, a to doc. RNDr. F.S., Ph.D., z katedry matematiky a deskriptivní geometrie, Institutu čistých technologií těžby a užití energetických surovin, člena oborové rady doktorského studia oboru Geoinformatika, člena oborové rady doktorského studia oboru Geologické inženýrství, Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava ze dne 2. 4. 2015, které žalobce přikládá do spisu jako důkaz. Toto stanovisko odborníka však vůbec nebylo v daňovém řízení akceptováno. Přestože ze stanoviska jasně vyplývá, že v průběhu roku 2008 a 2009 probíhaly práce na Projektu VaV DuGIS dle jeho Harmonogramu, že tyto práce jsou aplikovaným výzkumem (obsahují ocenitelné prvky novosti i výzkumné nejistoty), jejich výsledky rozhodně nemohly být součástí komerčního řešení ke dni 31. 12. 2007 používaného společností Lassellsberger, žalovaný odborně polemizoval se závěry doc. RNDr. F.S., Ph.D., aniž by tento byl v rámci daňového řízení slyšen, aniž by závěry správce daně byly založeny na jakémkoli odborném základu (znalecký posudek).

Pokud žalovaný chtěl zpochybňovat i toto stanovisko, měl postupovat v souladu s § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu, neboť nepochybně jde o otázky odborné, které správce daně nemá.

Žalobce dále specifikoval konkrétní podklady pro napadená rozhodnutí která jsou součástí správního spisu v podobě listinné či elektronické a navrhoval provedení důkazů s těmito prostředky, neboť správní orgán tyto důkazy sám neprovedl nebo je nezbytné provedení důkazu opakovat konkrétně poukázal na následující podklady rozhodnutí:

- ohledání věci - Projektu VaV DuGIS

- znalecký posudek k Projektu VaV DuGIS

- odborné stanovisko Západočeské univerzity

- vyjádření k Projektu výzkumu a vývoje Důlního geografického informačního systému (DuGIS), prováděného firmou GEOREAL spol. s r.o. vypracované doc. Ing. V. Č., CSc. a Ing. K. J. z června 2006

- stanovisko k Projektu výzkumu a vývoje – k důlnímu geografickému informačnímu systému (DuGIS) vypracované doc. RNDr. F.S., Ph.D., z katedry matematiky a deskriptivní geometrie, Institutu čistých technologií těžby a užití energetických surovin, jako člena oborové rady doktorského studia oboru Geoinformatika, člena oborové rady doktorského studia oboru Geologické inženýrství, Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava ze dne 2. 4. 2015

- výkazy práce zaměstnanců pracujících na VaV DuGIS

- pracovní smlouvy zaměstnanců pracujících na VaV DuGIS

- čestná prohlášení 4 zaměstnanců

- vyjádření LB Minerals s.r.o.

- záznam ze systému Subversion - potřeba počítač (notebook) s textovým editorem (např. notepad) a optimálně aplikací Total Commander, která slouží pro správu souborů a umí provádět porovnávání souborů a adresářů (jedná se o shareware, který je možné používat 30 dní zdarma)

- časové otisky zdrojových kódů - potřeba počítač (notebook) s textovým editorem (např. notepad) a optimálně aplikací Total Commander, která slouží pro správu souborů a umí provádět porovnávání souborů a adresářů (jedná se o shareware, který je možné používat 30 dní zdarma)

- výslech svědka doc. Ing. V.Č., CSc.

- výslech svědka Ing. K.J.

- výslech svědka Ing. J.S. - bude tázán na skutečnosti, které dle správce daně neosvědčil, ačkoli na ně nebyl vůbec tázán

- výslech svědka Ing. L.M. z LB MINERALS

Dále k uvážení navrhuje:

- výslech svědka zaměstnance žalobce, Ing. F.Z. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- výslech svědka zaměstnance žalobce, Ing. L.V. k prokázání její pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- výslech svědka zaměstnance žalobce, Ing. L.K. k prokázání její pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- výslech svědka zaměstnance žalobce, Ing. M.V. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- výslech svědka zaměstnance žalobce, Ing. L.H. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- výslech svědka zaměstnance žalobce, Ing. T.V., Ph.D. k prokázání jeho pracovní účasti na Projektu VaV DuGIS v letech 2008 a 2009

- výslech svědka RNDr. L.A., geologa, který v roce 2008 a 2009 poskytoval služby v oblasti geologie pro společnost Lasselsberger a.s.

- výslech svědka Ing. P.F., v letech 2005–2008 ředitele společnosti LB Minerals, který byl obeznámen s šetřeným Projektem VaV DuGIS, byl s ním i konzultován .

a) Vyjádření žalovaného ze dne 29.2. 2016 k žalobě

Žalovaný konstatoval, že žalobcem namítaná nepřezkoumatelnost rozhodnutí nemá oporu ve spisovém materiálu, neboť žalovaný se v obou napadených rozhodnutích vypořádal se všemi námitkami vznesenými žalobcem, tato rozhodnutí řádně odůvodnil a rozhodl v souladu se zákonem přezkoumatelnými rozhodnutími obsahujícími všechny zákonem požadované formální i materiální náležitosti.

V prvé radě žalobce namítal obecná procesní pochybení, kde poukázal na rozhodnutí meritorně řešící rovněž otázku aplikace ustanovení § 34 odst. 4 a násl. zákona o daních z příjmů, ale v rámci skutkové neobdobné věci. V nyní řešené věci byly vysloveny pochybnosti ohledně nesrovnalosti projektu a jeho realizace, v průběhu daňové kontroly vyvstaly otázky především ohledně realizace již fakticky hotového produktu (výstupu) projektu výzkumu a vývoje v podobě Důlního geografického informačního systému (dále jen „DuGIS“). V rámci výzev přenášejících důkazní břemeno nenastala obdobnost řešená Nejvyšším správním soudem v rozhodnutí ze dne 11. 6. 2015, c. j. 10 Afs 24/2014-119, jež žalobce uvádí jakožto rozhodnutí přiléhavé jeho věci. Žalovaný na tomto místě připomíná, že v předmětném rozhodnutí Nejvyšší správní soud konstatoval následující: „Nejvyšší správní soud výše vysloveným závěrem nepředjímá, že ve všech sporech týkajících se posouzení projektu výzkumu a vývoje je bez výjimky nezbytné provést znalecké posouzení. Předkládá-li však daňový subjekt tvrzení, která nelze bez odborného posouzení označit za zcela irelevantní, není možno jejich hodnocení odmítat.“ Ohledně přenesení důkazního břemene týkajícího se existence předmětného produktu (výstupu) již v roce 2005 není dle názoru žalovaného zapotřebí ustanovit znalce, neboť se nejedná o otázku, jejíž vyřešení závisí na posouzení otázek, k nimž je zapotřebí odborných znalostí, které správce dane, resp. žalovaný nemá. Žalobce se v průběhu daňové kontroly odchyloval od svých původních tvrzení vyslovených v písemnosti označené „Projekt výzkumu a vývoje informačního systému DuGIS“ ze dne 18. 12. 2004 (dále jen „Projekt“). V průběhu daňové kontroly vznikaly mimo jiné nesrovnalosti v časovém harmonogramu, byl zjištěn již existující informační systém shodný s informačním systémem, jež měl na základě Projektu teprve vzniknout apod. K tomuto žalovaný odkazuje na shrnutí zjištěného skutkového stavu v žalobou napadených rozhodnutích o odvolání, konkrétně na strany 3-12 rozhodnutí o odvolání 2008 a strany 5-14 rozhodnutí o odvolání 2009. Především se jedná o nesoulad Smlouvy o dílo uzavřené žalobcem s LB MINERALS, s.r.o., resp. LASSELBERGER, a.s. včetně dodatku a Projektem, resp. jeho cílem a časovým a realizačním harmonogramem. Žalobce se pak doplněním důkazních prostředků snažil zhojit nesoulad Projektu a zjištěného skutkového stavu vytvořením nového cíle Projektu či tvrzením o rozdílnosti výstupu Projektu a GuDIS poskytnutého na základě výše uvedené Smlouvy o dílo. Shora uvedené pak žalovaný uvádí ve shrnutí a závěru žalobou napadených rozhodnutí o odvolání. Další žalobní námitka řeší problematiku zákonnosti ukončení daňové kontroly. K tomuto se správce daně vyjádřil již ve sdělení ze dne 23. 10. 2014, c. j. 1710340/14/2301-05400-403201, jež bylo žalovanému zasláno spolu se Zprávou o daňové kontrole č. j. 1628202/14/2301-05401-400356. Žalovaný se pak s touto námitkou vypořádal na stranách 13-16 rozhodnutí o odvolání 2008 a na stranách 14-17 rozhodnutí o odvolání 2009. K tomuto pak žalovaný uvádí recentní rozhodnutí Krajského soudu v Hradci Králové – pobočka v Pardubicích ze dne 24. 6. 2015, c. j. 52 Af 7/2015-107, ve kterém soud konstatuje: „Lze tedy uzavřít, že skutečnost, že v době projednání zprávy o daňové kontrole dosud nebyla vyřízena obstrukční žádost žalobce o přešetření způsobu vyřízení stížnosti (ta byla vyřízena dne 11. 12. 2013), nebyla důvodem pro odepření podpisu zprávy o daňové kontrole kontrolovaným subjektem či okolností bránící ukončení daňové kontroly, stejně jako by takovým důvodem (okolností) nebylo nevyřízení stížnosti podané krátce před plánovaným ukončením daňové kontroly, ačkoliv se týkala skutečností nastalých výrazně dříve. Procesní obstrukce je jev zřetelné vybočující na úkor státu jak z ústavně chráněných procesních zásad, tak dokonce i ze samotného rámce právnosti státu (cl. 1 odst. 1 Ústavy), a je jí nutno celit. Pro úplnost krajský soud dodává, že žalobce přehlíží i to, že ve stížnosti č. j.: 8649/16/5100-41454-711804 strana 5 (celkem 6) podle § 261 daňového rádu nelze uplatňovat námitky, které je možno uplatnit v opravných či v jiných nápravných (např. námitka podle § 159 daňového rádu nebo podnět podle § 38 daňového rádu) prostředcích (typicky lze ve stížnosti namítat nevhodné chování úředních osob, nikoli existenci rozličných vad řízení a nezákonností). Pokud jsou přesto takové námitky ve stížnosti uplatněny, není správce daně povinen se jimi zabývat.„ Navíc je zapotřebí konstatovat, že nevyřízení stížnosti před ukončením daňové kontroly automaticky nezakládá nezákonnost ukončení daňové kontroly. Námitky vznesené žalobcem, jakož i jeho postup před projednáním zprávy o daňové kontrole, byly správcem daně, stejně jakožto žalovaným přezkoumány a shledány nezpůsobilými k vyslovení možné nezákonnosti ukončení daňové kontroly. Následně žalobce brojí proti údajnému výslechu doc. Č., který měl být provedený žalovaným bez účasti žalobce. K tomuto se žalovaný vyjádřil na stranách 13 a 25 rozhodnutí o odvolání 2008 a stranách 15 a 27 rozhodnutí o odvolání ve vztahu k roku 2009. Navíc žalobce nenamítá, že by z vysvětlení podaného doc. Č. pro něj vyplynuly negativní důsledky s ohledem na meritum věci. Jedná-li se pak o odůvodnění neprovedení navrhovaných důkazních prostředku, vypořádal se s nimi žalovaný na stranách 14-15 a straně 25 rozhodnutí o odvolání 2008 a stranách 16 a 26 – 27 rozhodnutí o odvolání 2009. Navíc žalobce připomíná, že ve smyslu rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8. 2014, c. j. 6 Afs 60/2014 – 56 charakter žalobcem tvrzeného odpočtu nákladu na výzkum a vývoj zakládá přísnější podmínky pro prokázání jeho oprávněnosti. Dále žalobce zdůrazňuje, že dle ustanovení § 34 odst. 5 zákon o daních z příjmu je podstatnou náležitostí pro následné úspěšné uplatnění nákladu vynaložených při realizaci projektu výzkumu a vývoje vyhotovení projektu výzkumu a vývoje, ve kterém by byl transparentně vymezen cíl projektu a dodržení tohoto cíle v rámci realizace výzkumu a vývoje. Výše uvedené však žalobcem splněno nebylo. Žalovaný tedy shrnuje, že klíčový důkaz pro rozhodnutí ve věci představuje Projekt. Rozpor mezi obsahem Projektu a zjištěným skutkovým stavem, a dále nesoulad mezi tvrzeními žalobce a Projektem založil důvodné pochybnosti žalovaného, které nebyly daňovým subjektem odstraněny. V nastalé situaci s ohledem na zjištěný skutkový stav vycházející ze spisového materiálu pak žalobce toto břemeno neunesl a neprokázal tak ve smyslu ustanovení § 34 odst. 4 až 6 zákona o daních z příjmu oprávněnost uplatněného odpočtu při realizaci projektu výzkumu a vývoje.

b) Vyjádření žalobce ze dne 16.5. 2016 k vyjádření žalovaného ze dne 29.2. 2016

Žalobce uváděl, že vyvrátil správcem daně tvrzený nesoulad mezi tvrzením žalobce a skutečným stavem DuGIS, když žalobce správci daně opakovaně vysvětlil rozdíl mezi DuGIS a jeho komerčním řešením nasazeným v roce 2005 a dalších letech u zákazníka LASSELSBERGER, a.s. (nyní LB MINERALS, s.r.o.). Svá tvrzení žalobce nijak neměnil, nijak se svými tvrzeními neodchyloval od geografického informačního systému DuGIS, který začal vytvářet na základě projektu vyhotoveného 18. 12. 2004. Pokud žalovaný toto tvrdí, není to blíže specifikováno. Není pravda, že se tvrzený nesoulad žalobce snažil zhojit vytvořením nového cíle DuGIS ani tvrzením o rozdílnosti výstupu DuGIS a nasazovaných produkčních verzí DuGIS poskytnutých na základě Smlouvy o dílo zákazníkovi. Rozdílnost řešení a výstupu DuGIS a nasazovaných produkčních řešení (verzí) DuGIS poskytnutých na základě Smlouvy o dílo zákazníkovi je holým faktem. Tato tvrzení žalobce byla potvrzena celou řadou důkazních prostředků podrobně vyjmenovaných v bodě I. písm. e) odvolání, mimo jiné i svědeckými výpověďmi (doc. Č., Ing. S.), vyjádřením LB MINERALS, stanoviskem ZČU, prohlášeními zaměstnanců, předloženým záznamem ze systému Subversion, časovými otisky zdrojových kódů.

V rámci odvolacího řízení pak k prokázání tvrzení uvedených v odvolání, zejména, že v kontrolovaných obdobích probíhaly u odvolatele činnosti podle Projektu výzkumu a vývoje DuGIS a tyto činnosti měly charakter výzkumu a vývoje, předložil žalobce stanovisko doc. RNDr. F.S., Ph.D. k Projektu výzkumu a vývoje DuGIS ze dne 2. dubna 2015. Ten jednoznačně potvrdil, že podle aktualizačních logů Projektu výzkumu a vývoje DuGIS provedené práce na nástrojích a funkcionalitách v období od 1. ledna 2008 do 31. prosince 2009 jsou v souladu s harmonogramem Projektu VaV DuGIS a logicky korespondují s jednotlivými činnostmi. Konstatoval, že v komerční verzi aplikace DuGIS, vytvořené pro společnost LASSELSBERGER, a.s. (nyní LB MINERALS, s.r.o.) platnou k 12/2007, se nevyskytují žádné nástroje a funkcionality, na kterých probíhaly práce v rámci Projektu výzkumu a vývoje DuGIS. Tyto nástroje byly tedy vytvořeny a implementovány pouze ve verzi VaV DuGIS v roce 2009 řešeném v rámci Projektu výzkumu a vývoje.

Správce daně však předložené důkazní prostředky nevyhodnotil v souladu s daňovým řádem, navržené důkazy neprovedl. Žalovaný převzal argumentaci správce daně, neshledal žádná pochybení správce daně při hodnocení důkazů ani žádná procesní pochybení při daňové kontrole, sám pak vyhodnotil v rámci odvolacího řízení předložený důkazní prostředek stanovisko doc. RNDr. F.S., Ph.D. k Projektu výzkumu a vývoje DuGIS ze dne 2. dubna 2015 tak, že jej nepovažuje za natolik přesvědčivý důkaz, který je schopen zvrátit dosavadní závěry správce daně a odvolacího orgánu. Přitom neuvedl žádný relevantní důvod k zpochybnění odborného závěru tohoto experta. Pouze s ním polemizoval. V souvislosti s žalobcem namítaným závěrem Nejvyššího správního soudu v rozhodnutí pod č.j. 10 Afs 24/2014-119 ze dne 11. června 2015 a pochybení žalovaného v postupu, který je v rozporu s tímto závěrem, žalovaný uvádí, že v daném případě nenastala obdobnost řešená tímto rozhodnutím.

Žalobce v průběhu kontroly i odvolacího řízení právě předkládal tvrzení, která nelze bez odborného posouzení označit za zcela irelevantní. Je to zejména samotný projekt, záznam ze systému Subversion, časové otisky zdrojových kódů a stanovisko doc. RNDr. F.S., Ph.D. k Projektu výzkumu a vývoje DuGIS ze dne 2. dubna 2015. Všechny tyto důkazní prostředky jednoznačně prokazují, že v kontrolovaných obdobích probíhaly u odvolatele činnosti dle Projektu výzkumu a vývoje DuGIS a tyto činnosti měly charakter výzkumu a vývoje, a že rozhodně nešlo o realizaci již fakticky hotového produktu, jak tvrdí žalovaný a správce daně. Žalobce obstaráním a předložením důkazních prostředků i mimo svých interních (stanovisko ZČU v samém začátku projektu, stanovisko doc. RNDr. F.S., Ph.D., vyjádřením LB MINERALS) a dalšími navrhovanými důkazy (provedení výslechů RNDr. L.A., Ing. J.S. a Ing. P.F., doplnění hodnocení důkazního prostředku - ohledání věci - samotného informačního systému jako výsledku Projektu výzkumu a vývoje, které v rámci probíhající kontroly provedly úřední osoby Ing. J.K. a Mgr. I.S.) dostál i zvýšeným nárokům kladeným na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti odpočtu nákladů na výzkum a vývoj. Správce daně se odmítl zabývat žalobcem předkládanými a navrhovanými důkazy zpochybňujícími závěr správce daně ohledně toho, že jde o prostou modifikaci DuGIS 2005.

Žalobce poukázal na ustanovení Pokynu D-288 Ministerstva financí č.j. 15/96003/2005, k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů definuje základní vymezení výzkumu a vývoje a definuje základní kritérium pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností. Dle tohoto Pokynu se výzkumem a vývojem obecně rozumí systematická tvůrčí práce konaná za účelem získání nových znalostí nebo jejich využití. Základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních příbuzných činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné a technické nejistoty. Pokyn D-288, byť je závazným aktem jen uvnitř veřejné správy, žalobce plně respektoval. Tento pokyn se aplikuje jak na ustanovení § 34 odst. 4 a 5 z. č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, tak je i realizován v rámci aplikace z. č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků. Podle ustanovení § 2 odst. 1 tohoto zákona se rozumí výzkumem a vývojem „systematická tvůrčí práce konaná za účelem získání nových znalostí nebo jejich využití“. Podle citovaného ustanovení se výzkum, charakterizovaný jak je uvedeno shora, rozděluje na základní výzkum a aplikovaný výzkum. Tím jsou „experimentální nebo teoretické práce prováděné s cílem získání nových poznatků zaměřených na budoucí využití v praxi“. Za průmyslový výzkum se pak považuje ta část aplikovaného výzkumu, „jehož výsledky se prostřednictvím vývoje využívají v nových výrobních, technologiích a službách, které jsou určeny k podnikání“.

Na podporu toho, že i v projednávaném případě se jedná o naplnění prvků novosti a jedinečnosti, je možné i na tento důlní geografický informační systém aplikovat příslušná ustanovení autorského zákona. Výzkumem a vývojem je možno rozumět i vytvoření díla ve smyslu autorskoprávním, když podle ustanovení § 2 odst. 1 autorského zákona, je jedním z pojmových znaků díla dílo z oblasti vědy, tj. výzkumu a vývoje. Ustanovení § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů je tak blanketní normou. DuGIS má znaky počítačového programu ve smyslu autorského práva, který spravuje geodata společnosti LASSELSBERGER, a.s. v prostředí důlního geografického informačního systému, z nichž je tvořena autorskoprávně chráněná (geo)databáze. Informační systémy - verze DuGIS 2005 a DuGIS 2008/2009 jsou autorskoprávně chráněnými díly i dle ustanovení § 2 odst. 2 autorského zákona. Obě verze informačního systému - DuGIS 2005 i DuGIS 2008/2009 totiž naplňují znaky autorskoprávně chráněného díla, což je v tomto případě znak původnosti díla. V žádném případě totiž nemusí být informační systém (obecně pak počítačový program) jedinečný k tomu, aby byl autorskoprávně chráněn. Jde o výjimku danou přímo ex lege. Jedná se o dílo zaměstnanecké dle ustanovení § 58 odst. 7 autorského zákona.

V rámci projektu vytvořeného v prosinci 2004, který je dílem žalobce, zpracoval žalobce důlní geografický informační systém, který se skládá z několika modulů. Tyto moduly nebo jen funkční části modulů vždy po jejich jednotlivém uzavření event. byly předmětem dispozic i obchodu žalobce.

Nicméně samostatné moduly, jako je nejprve vytvořený modul důlněměřičské dokumentace (zpracování map, zobrazování kartografických značek apod.), dále výpočet geologického modelu podle chemických a technologických hodnot s vyhodnocením všech vrtů (jako další samostatný modul), s respektováním či vytvořením modulu procesu řízení těžby směřující k výrobě kaolinu z části horniny způsobilé k použití do různých odvětví, a to opět jako samostatný modul, ve spojení i s respektováním horního zákona, s prostředím u konkrétního zkoumaného dolu či dolů, vytvořil spojením jednotlivých modulů v roce 2010 žalobce geografický informační systém DuGIS, který je komplexní.

Teprve takovýto geografický informační systém, který není pouze upgradem jednotlivých modulů, ale je unikátní jak v jednotlivých modulech, tak v jejich spojení, tak v aplikaci na konkrétní případ, umožňuje řízení těžby. Od roku 2010 se dále dle potřeb zákazníka mění a doplňuje tento systém, který však je již podle dosavadních zjištění komplexní. Nevylučuje se, že se dále po dalších zjištěních s nasazením opět srovnatelné kapacity pro aplikaci vědy a výzkumu bude takto novátorsky rozvíjet či bude používán s dalšími moduly do dalších systémů. Nicméně teprve v roce 2010 je tento systém komplexní. Poté již nevykazuje žalobce práci na tomto systému jako aplikaci vědy a výzkumu, neboť při rozvíjení ad hoc nevyčleňuje takové výrobní kapacity a časy výzkumníků a vědců, aby bylo možno vynakládat příslušné prostředky jako efektivní na vědu a výzkum. Poté (po roce 2010) je to v podstatě rozvíjení již komplexního systému, který je hodnocen jako komplexní s ohledem na dosavadní zjištění. Nutno také uvést, že jednotlivé komponenty systému (třeba i moduly) samostatně využitelné se hned po jejich zpracování převáděly pro potřeby zákazníků žalobce. Ale vždy byly rozvíjeny s využitím vědecké a vývojové kapacity žalobce tak, aby vytvořily komplexní systém (důlní geografický informační systém). Moduly jsou vedeny v obecné rovině pro všechny možné lomy (kamenolomy, uhelné lomy atd., jsou zohledňováni jednotliví zákazníci, je naplňován konkrétními daty na úrovni jednotlivých modulů). Ale úplné završení vědecké a vývojové práce je dokončení důlního a geografického informačního systému tak, jak je popsáno shora k roku 2010.

Žalobce se neztotožnil s názorem žalovaného v tom, že jde o prostou modifikaci DuGIS 2005, neboť jde o pouhé tvrzení žalovaného, které v žádném případě není dostatečně právně-argumentačně podloženo, a proto žalobce rozhodnutí žalovaného ve smyslu § 78 odst. 3 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, shledává nezákonnými.

c) Vyjádření žalovaného ze dne 22.2. 2017 ke specifikaci žaloby

Žalovaný se vyjadřoval k jednotlivým specifikovaným tvrzením rozdělených do 5 žalobních bodů.

Žalobce v prvním žalobním bodu tvrdí, že ,,správce daně nespecifikuje, které konkrétní činnosti uvedené v Projektu VaV a Harmonogramu musely být provedeny již dříve. Správce daně nebyl chopen prokázat, kdy dříve byly a jaké konkrétní činnosti uvedené v Projektu VaV a Harmonogramu provedeny, a na základě jakých důkazů to správce tvrdí.“ Žalovaný na tomto místě připomíná, že žalovaný učinil závěry o neunesení důkazního břemene ze strany žalobce, co do prokázání toho, že v kontrolovaných obdobích byly uskutečňovány „činnosti, které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části, jejichž základním kritériem je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné a technické nejistoty, neboť činnosti uvedené v Projektu VaV a Harmonorgamu musely být provedeny již dříve, což vyplývá ze Smlouvy o dílo včetně jejích dodatků uzavřené dne 23. 5. 2005 mezi společností LASSELSBERGER, a. s. a daňovým subjektem.“ Žalovaný k tomu uváděl, že v rámci formulování tří výzev dle ustanovení § 92 odst. 4 daňového řádu, správce daně vždy směřoval k meritu věci, tedy vyjasnění (prokázání) toho, že projekt výzkumu a vývoje směřuje k vyjasnění výzkumné a technické nejistoty či obsahuje ocenitelný prvek novosti. Žalob