30 Af 59/2018

Žalobci byla podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném pro zdaňovací období 2008 a 2009 (dále jen „zákon o daních z příjmů“ nebo „ZDP“), a podle § 143 odst. 1 a 3 daňového řádu z moci úřední doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2008 do 31. 12. 2008 vyšší o částku 718 830 Kč a současně uložena zákonná povinnost uhradit penále ve výši 20 % z částky doměřené daně, tj. 143 766 Kč [dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, ve spojení s rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41748/18/5200-11435-711926], a doměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2009 vyšší o částku 491 000 Kč a současně uložena zákonná povinnost uhradit penále ve výši 20 % z částky doměřené daně, tj. 98 200 Kč [dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272, ve spojení s rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41745/18/5200-11435-711926].

Mezi účastníky soudního řízení je spor o uznání výdajů (nákladů) při realizaci projektů výzkumu a vývoje (dále též „VaV“) s názvem Důlní geografický informační systém DuGIS jako odčitatelných položek od základu daně, neboť dle správce daně a odvolacího orgánu daňový subjekt neprokázal, že se jednalo o náklady na VaV ve smyslu § 34 odst. 4 až 6 ZDP ve spojení s § 2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále též „zákon o podpoře výzkumu a vývoje“).

Doměření daně za zdaňovací období roku 2008 a 2009 se zakládá na téměř shodných skutkových zjištěních a právním posouzení.

Dne 21. 11. 2011 Finanční úřad pro Plzeňský kraj zahájil u žalobce kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009. Správce daně vyzval daňový subjekt k prokázání skutečností výzvou ze dne 10. 9. 2012, č.j. 512400/12/138931404711, výzvou ze dne 23. 11. 2012, č.j. 596224/12/138931404711, a výzvou ze dne 25. 11. 2013, č.j. 1696149/13/2301-00600-404711. Na výzvy správce daně daňový subjekt reagoval podáním datovaným dne 20. 9. 2012 a došlým dne 21. 9. 2012, podáním datovaným dne 10. 12. 2012 a došlým téhož dne a podáním datovaným dne 17. 12. 2013 a došlým téhož dne. Zjištěné skutečnosti sepsal Finanční úřad pro Plzeňský kraj do výsledku kontrolního zjištění (příloha k protokolu ze dne 20. 5. 2014, č.j. 1128340/14/2301-05401-402926). K výsledku kontrolního zjištění se daňový subjekt vyjádřil podáním datovaným dne 23. 6. 2014 a došlým finančnímu úřadu dne 24. 6. 2014. O zahájení, průběhu a ukončení kontroly daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009 sepsal Finanční úřad pro Plzeňský kraj zprávu o daňové kontrole ze dne 23. 10. 2014, č.j. 1628202/14/2301-05401-400356.

Na základě této zprávy o daňové kontrole Finanční úřad pro Plzeňský kraj doměřil žalobci podle zákona o daních z příjmů a podle § 143 odst. 1 a 3 daňového řádu z moci úřední dodatečným platebním výměrem ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2008 do 31. 12. 2008 vyšší o částku 719 670 Kč a dodatečným platebním výměrem ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272, daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2009 vyšší o částku 491 000 Kč. Proti těmto dodatečným platebním výměrům se žalobce odvolal. V odvolacím řízení žalobce předložil mimo jiné stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., ze dne 2. 4. 2015 k projektu výzkumu a vývoje – Důlní geografický informační systém. Rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35443/15/5200-11435-711305, Odvolací finanční ředitelství změnilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, tak, že částku doměřené daně snížilo z částky 719 670 Kč na částku 718 830 Kč. Rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35453/15/5200-11435-711305, Odvolací finanční ředitelství zamítlo odvolání žalobce a potvrdilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272.

Proti těmto rozhodnutím Odvolacího finančního ředitelství podal žalobce žalobu ke zdejšímu soudu. Rozsudkem ze dne 27. 9. 2017, č.j. 30Af 39/2015-161, Krajský soud v Plzni rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35443/15/5200-11435-711305, a ze dne 21. 10. 2015, č.j. 35453/15/5200-11435-711305, zrušil a věci vrátil k dalšímu řízení žalovanému. Soud napadená rozhodnutí zrušil pro vady řízení spočívající v tom, že skutkový stav, který vzal správní orgán za základ napadeného rozhodnutí, vyžaduje zásadní doplnění (především vypracování znaleckého posudku za účelem odlišení projektu vyvíjeného pro komerční účely na základě smlouvy o dílo pro společnost Lasselsberger a Projektu VaV DuGIS ve stadiu jeho zpracování ke dni 31. 12. 2008 a 31. 12. 2009).

V dalším řízení Odvolací finanční ředitelství podle § 115 odst. 1 daňového řádu uložilo doplnění podkladů pro rozhodnutí a odstranění vad správci daně, který rozhodoval v prvním stupni (viz přípis ze dne 19. 1. 2018, č.j. 2977/18/5200-11435-711926). Správce daně vyzval daňový subjekt k prokázání skutečností výzvou ze dne 9. 2. 2018, č.j. 225136/18/2301-61561-402339, a výzvou ze dne 12. 4. 2018, č.j. 799243/18/2301-61561-402339. Na výzvy správce daně daňový subjekt reagoval podáním datovaným dne 16. 3. 2018 a došlým dne 19. 3. 2018 a podáním datovaným dne 11. 5. 2018 a došlým dne 14. 5. 2018. Rozhodnutím ze dne 28. 2. 2018, č.j. 341499/18/2301-61561-402339, Finanční úřad pro Plzeňský kraj ustanovil k prokázání skutečností rozhodných pro správné zjištění a stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008 a 2009 znalce Mgr. Ondřeje Topinku, kvalifikovaného pro znaleckou činnost v oboru kybernetika, s rozsahem znaleckého oprávnění pro výpočetní techniku. V tomto rozhodnutí byl znalci vymezen znalecký úkol. Znalec Mg. Ondřej Topinka zpracoval a předložil znalecký posudek ze dne 30. 5. 2018, č.j. 1804001. V řízení byl proveden i výslech znalce (viz protokol ze dne 16. 7. 2018, č.j. 1498530/18/2301-61561-402339). Dne 26. 7. 2018 pod č.j. 33505/18/5200-11435-711926 Odvolací finanční ředitelství podle § 115 odst. 2 daňového řádu seznámilo daňový subjekt před vydáním rozhodnutí o odvolání s doplněním řízení po podání odvolání a vyzvalo jej k uplatnění práva vyjádřit se ke skutečnostem zjištěným v rámci odvolacího řízení. Na to daňový subjekt reagoval vyjádřením se v rámci odvolacího řízení datovaným dne 18. 8. 2018 a došlým žalovanému dne 20. 8. 2018.

Rozhodnutím ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41748/18/5200-11435-711926, Odvolací finanční ředitelství opětovně změnilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1769558/14/2301-24902-403272, tak, že částku doměřené daně snížilo z částky 719 670 Kč na částku 718 830 Kč. Rozhodnutím ze dne 18. 9. 2018, č.j. 41745/18/5200-11435-711926, Odvolací finanční ředitelství opětovně zamítlo odvolání žalobce a potvrdilo rozhodnutí Finančního úřadu pro Plzeňský kraj ze dne 3. 11. 2014, č.j. 1770160/14/2301-24902-403272. Proti těmto novým rozhodnutím o odvolání brojí žalobce právě projednávanou žalobou ke zdejšímu soudu.

V žalobě žalobce namítá, že žalovaný napadená rozhodnutí vydat na základě nedostatečně a nesprávně zjištěného skutkového stavu, nesprávného právního hodnocení věcí, řízení bylo navíc stiženo takovými procesními vadami, které měly přímý vliv na rozhodnutí ve věcí. Žalovaný nejen že potvrdil nesprávná a nezákonná rozhodnutí prvoinstančního správce daně, ale sám nezákonným způsobem hodnotil nově předložený důkaz Stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., sám nesprávně a nezákonně nechal ustanovit znalcem nekompetentní osobu, ve znaleckém posudku akceptoval nezodpovězení zadaných otázek, znalecké závěry posudku vyhodnotil v rozporu s v posudku uvedenými závěry, navržené důkazy neprovedl, pověřil doplněním spisového materiálu osoby podjaté, napadená rozhodnutí byla vydána po uplynutí prekluzivní lhůty pro doměření daně.

Žalobní bod a) se týká znaleckého posudku Mgr. Ondřeje Topinky.

V tomto žalobním bodě žalobce uvádí, že žalovaný sice akceptoval právní názor správního soudu a zadal vyhotovení znaleckého posudku za účelem odlišení projektu VaV DuGIS ve stadiu jeho zpracování k 31. 12. 2008 a k 31. 12. 2009 a komerční aplikace na základě smlouvy o dílo se společností LASSELSBERGER, a.s. (dnes LB MINERALS, s.r.o.). Pro tento klíčový důkaz ale ustanovil zcela nekompetentního znalce Mgr. Topinku, který hned v úvodu znaleckého posudku zdůraznil, že není schopen ani oprávněn posoudit některé položené otázky, zejména aspekty novosti projektu, případně postupů, které vedly k výsledku, a který nedisponuje žádnými znalostmi v problematice, která je předmětem Projektu VaV DuGIS, nedisponuje žádnými znalostmi ani v oborově obdobné problematice, nemá žádné znalosti v oboru geomatiky, geoinformatiky ani geologie. Vzhledem k tomu, že v předmětné věci se jedná o důlní geografický informační systém, měl být dle názoru žalobce ustanoven znalec v oboru informační technologie, geografických datových systémů, geomatiky, geoinformatiky nebo geologie. Žalobce se zásadním způsobem neztotožňuje s tvrzením žalovaného, že pro objektivní posouzení rozdílnosti verzí DuGIS stačí porovnat zdrojové kódy, a tedy, že ustanovení znalce v oboru kybernetika je přiléhavé. Žalobce podtrhuje, že předmětem posouzení nemělo být programování samotné, nýbrž výsledek programování, tj. jednotlivé aplikace a funkcionality ve vztahu k uživateli, když výjimečnost VaV DuGIS žalobce shledává právě v tom, že se jedná o komplexní informační systém vyvinutý pro usnadnění těžby nerostů a procesů s těžbou souvisejících.

Zadáním znaleckého posudku znalci zcela mimo jeho obor/specializaci namísto zadání znalci či znaleckému ústavu, jehož odvětvím jsou informační technologie, geografické datové systémy, geomatika, geoinformatika nebo geologie, žalovaný zcela rezignoval na požadavek řádného a správného zjištění zkoumaných skutečností, v důsledku čehož se odvolací řízení stalo jen formálním a předem odsouzeným k neúspěchu žalobce.

Mgr. Topinka navíc ke znaleckému úkolu přistoupil zcela neodpovědně, nevyžádal si součinnost žalobce ani třetích osob pro spuštění poskytnutých verzí, přestože žalobce deklaroval připravenost součinnost poskytnout (Podání z 16. 3. 2018 a z 11. 5. 2018), neprovedl posouzení podstatné části správci daně poskytnutých podkladů (např. zdrojových kódů části VaV DuGIS Extenze Lom 3D, analýzu rozdílů zdrojových kódů části VaV DuGIS Core obsahující prvky novosti a technické nejistoty), nepřizval si žádného konzultanta, ačkoli v dané problematice není ani laikem, nemá totiž o předmětu Projektu VaV DuGIS ani ponětí. Mgr. Topinka nedisponuje ani žádnými obecnými znalostmi o výzkumu a vývoji.

Při zpracování znaleckého posudku se Mgr. Topinka věnoval toliko kvantitativnímu, zcela mechanickému srovnání zdrojových kódů za pomoci verzovacího systému GIT. Ze zdrojových kódů ale nelze poznat, jak DuGIS komplexně funguje, jaké problémy jsou v něm řešeny, jaké výzkumně vývojové činnosti byly prováděny předtím, nežli byla přidána či upravena funkcionalita DuGIS. Ze zdrojových kódů nelze vyčíst množství provedených analýz, porovnávání a testování výsledků, navržených i zavržených algoritmů. Je běžnou praxí, že před vlastním psaním kódu (programováním aplikace) probíhá velké množství činností, které zdrojový kód nemůže zachytit. Jedná se zejména o analytické a návrhové činnosti, při kterých se provádí např. rešerše podkladů, návrh konceptu řešení SW, zpracování detailní technické specifikace řešení SW, návrh datových modelů pro ukládání dat, návrh workflows, návrh správy uživatelů, návrh integrace s okolními SW a systémy a mnohé další. Všechny tyto činnosti jsou velmi časově náročné a vyžadují odborné znalosti jak v řešené problematice, tak v oblasti IT. Vlastní zdrojové kódy tak představují pouze jednu z činností tvorby SW. Posuzovat proto jakýkoliv SW vytvořený v rámci výzkumu a vývoje (tj. i aplikaci VaV DuGIS) pouze z pohledu zdrojových kódů, tj. zúžit toto posuzování pouze na úroveň zdrojových kódů, je z pohledu znalce naprosto chybné a v rozporu s běžnou praxí výzkumu a vývoje.

Předložený neúplný znalecký posudek neodpověděl na žádnou z otázek, které jsou dle právního názoru správního soudu i žalobce pro věc klíčové. Předmětné řízení je tedy stejně jako již jednou provedené odvolací řízení stiženo zásadní procesní vadou, kdy nebyl a vzhledem k výstupu znalce nemohl být zjištěn skutkový stav potřebný pro rozhodnutí o uplatněných výdajích vynaložených na realizaci projektu vývoje a výzkumu ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Znalecký posudek vyhotovený Mgr. Topinkou z důvodů shora uvedených nemůže nahradit absentující nebo nedostatečné odborné technické znalosti žalovaného i soudu, neboť tento znalec pro danou věc potřebnými odborně technickými znalostmi vůbec nedisponuje.

Nepravdivé tvrzení žalovaného, že žalobce nepředložil znalcem požadované doklady, konkrétně zdrojové kódy aplikace 2005, je základem pro závěr žalovaného, že žalobce neprokázal vynaložení výdajů dle § 34 ZDP na výzkum a vývoj při realizaci Projektu DuGIS a neunesl důkazní břemeno. Znalec o žádnou součinnost žalobce však zcela překvapivě vůbec nepožádal, nepožádal ani o zdrojové kódy 2005. Žalovaný vyzval žalobce k předložení software prostředí důlního geografického informačního systému (DuGIS), který byl dle Smlouvy o dílo v r. 2005 majetkem společnosti Lasselsberger a.s., a který byl v r. 2005 použit k plnění díla dle této smlouvy a k jehož oživení mělo dojít 31. 12. 2005. Software prostředí důlního geografického informačního systému (DuGIS) představovaly instalační soubory, tj. spustitelné prostředí aplikace, se kterým pracovali koncoví uživatelé ve společnosti Lasselsberger, a ty byly správci daně poskytnuty ve verzi 12/2007. Tato verze nebyla znalcem ale vůbec vyhodnocena, přitom je klíčovým důkazním prostředkem žalobce pro rozptýlení vzniklých pochybností správce daně.

Hodnocení důkazních prostředků žalovaným, tj. že z předložených důkazních prostředků včetně vypracovaného znaleckého posudku vyplývá existence jednoho řešení informačního systému DuGIS, je v rozporu se zjištěným skutkovým stavem, ze znaleckého posudku totiž nic takového nevyplývá, ani vyplývat nemůže, protože znalecky posudek de facto žádné nové skutkové okolnosti neobjasnil.

Hodnocení žalovaného, že pro nedostatek zdrojových kódů komerční verze nebyl znalec schopen posoudit výzkumnou nejistotu nebo novátorský přístup, neodpovídá závěrům znaleckého posudku, podle kterého znalec deklaroval, že pro nedostatek oprávnění a současně neznalost ve věci není schopen, ani oprávněn posoudit některé položené otázky, zejména aspekty novosti projektu, případně postupů, které vedly k výsledku. Žalobce předložil zdrojové kódy 2008 a 2009, tedy kontrolovaných let, ze kterých jsou právě vidět práce programátorů na Projektu VaV DuGIS.

Žalovaný tvrdí, že nesouhlasí s tvrzením žalobce, že lze pro danou věc porovnat zkompilované aplikace, neodůvodnil ale, proč s tím nesouhlasí. Předané zdrojové kódy verzí 2008 a 2009 právě prokazují práce programátorů v letech 2008 a 2009 a jejich analýzou lze dospět k závěru, zda v šetřených letech vyvíjel žalobce informační systém nebo ne, a zda to, co vyvíjel, je podřaditelné pod Projekt VaV DuGIS, a zda jde o vývojové práce splňující definici výzkumu a vývoje v zákoně o daních z příjmů. Spuštěním komerční verze 2007 je zřejmá odlišnost od vývojových verzí 2008 a 2009. Žalobce předložil, co si žalovaný vyžádal. Žalobce nemohl tušit, že se znalec ujme úkolu způsobem, jakým to učinil, tedy pro posudek klíčové otázky týkající se aspektů novosti projektu a postupů, které vedly k výsledku, a priori nezodpoví s odůvodněním nedostatku kompetence, informační systém DuGIS ani nespustí a neseznámí se s ním.

Hodnocení žalovaného, že není zjevné, zda doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., měl k dispozici zdrojové kódy i komerční verze 12/2007, je rovněž nepravdivé. Doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., zcela jasně a konkrétně uvedl, na základě jakých podkladů Stanovisko vydal: zdrojové kódy komerční verze 12/2007 k dispozici neměl. Doc. Staněk se v rámci posouzení zabýval nejen zdrojovými kódy, ale i funkcionalitou zkompilovaných aplikací, které měl k dispozici a které hodnotil, neboť jedním z úkolů hodnotitele bylo porovnat nástroje a funkcionality Projektu DuGIS vytvořené v období leden 2008 až prosinec 2009 s komerční verzí 12/2007 DuGIS pro společnost Lasselsberger a.s. Při analýze aplikací se tedy zabýval výskytem nástrojů a funkcionalit Projektu DuGIS, identifikovaných v tabulce č. 1 v porovnání s nástroji a funkcionalitami obsaženými v komerční verzi DuGIS verze 12/2007. Toto hodnocení prováděl na základě zkompilovaných aplikací, tj. přímo porovnával funkcionality nástrojů ve spuštěných aplikacích. Porovnávání zdrojových kódů komerční aplikace provádět nemohl, protože tyto neměl k dispozici. Na základě analýzy nástrojů přímo v aplikacích došel hodnotitel k jednoznačnému závěru, že žádné nástroje a funkcionality uvedené v tabulce č. 1 se v komerční verzi DuGIS verze 12/2007 nevyskytují. Toto stanovisko je jasné a jednoznačné a zcela konkrétně je tato skutečnost prokázána s ohledem na funkcionality v tabulce č. 1.

Žalobce opakovaně konstatuje, že modul Lom 3D a modul SVT nejsou jedno a totéž, jde o zcela odlišné moduly, které jsou oba součástí Projektu DuGIS. Uvedené tvrzení, že hodnotitel popisuje ve svém Stanovisku modul Lom 3D, tj. že pracoval s komerčními verzemi aplikace DuGIS, neboť v Projektu DuGIS i v harmonogramu Projektu DuGIS je tento modul označen jako SVT. nikoli Lom 3D (označení ve Smlouvě o dílo), je zcela mylné. Tyto moduly jsou zcela odlišné, tj. neoznačují stejný aplikační modul, každý poskytuje zcela odlišnou funkcionalitu. Název Lom 3D byl využit pro označení nástrojů a funkcionalit vytvořených v rámci dílčího výsledku (úkolu) Projektu DuGIS pojmenovaného „digitální modelování geologického podloží“. Názvem SVT byl v Projektu DuGIS označován jiný samostatný dílčí úkol. V tomto případě se tedy jedná o zcela mylnou asociaci žalovaného s následným vyvozením chybných závěrů. Dále je nutné uvést, že modul Lom 3D byl následně využit a nasazován i v komerční aplikaci (na základě smlouvy o dílo), naproti tomu výsledky z dílčího úkolu SVT nebyly v komerční aplikaci využity.

Tvrzení žalovaného, že modul Lom 3D nese v Projektu DuGIS označení modul SVT, je tedy naprosto mylné. Žalovaný si tuto skutečnost, přestože na ni byl v daňovém řízení žalobcem opakovaně upozorňován, nijak neověřil. Rovněž toto tvrzení žalobce ničím nevyvrátil. Znalec se proto měl modulem Lom 3D ve svém znaleckém posudku zabývat. K problematice neposkytnutí zdrojových kódů ke komerční verzí software DuGIS žalobce opakuje, že o tyto kódy správce daně nikdy nepožádal, a žalobce si nemohl dovodit, že na absenci zdrojových kódů komerční verze 12/2007 žalovaný postaví své rozhodnutí, když dle odborných znalostí žalobce bylo a je možno z předaných podkladů jasně prokázat rozdílnost mezi komerční verzí a vývojovým informačním systémem. Není tedy pravda, že nebylo možné porovnávat, jestli modul Lom 3D (ne)byl součástí již komerční verze aplikace DuGIS, protože ke komerční verzi nebyly zdrojové kódy poskytnuty. Znalec mohl snadno toto porovnání provést pomocí předaných aplikací, tedy mohl toto zjistit po spuštění a analýze těchto aplikací v jejich uživatelském rozhraní, mohl provést analýzu nástrojů a jejich funkcionalit.

Znalec si ale nezajistil instalaci těchto aplikací. Znalec mohl také provést analýzu instalačních adresářů aplikací, při níž by zjistil, že knihovny pro modul Lom 3D nejsou součástí předané komerční verze DuGIS, a proto v ní ani nemohly být k dispozici. Tyto knihovny jsou v instalačním adresáři aplikace jasně identifikovatelné (jsou obsaženy v samostatné složce). Je tedy s podivem, že jako odborník na problematiku ÍT se tímto znalec vůbec nezabýval. Znalec tak měl minimálně dvě možnosti, jak mohl zjistit rozdíly v nástrojích a funkcionalitách poskytnutých verzí naprosto nezávisle na zdrojových kódech. Zdrojové kódy komerční verze aplikace proto nebyly pro porovnání verzí vůbec potřeba.

Hodnocení znaleckého posudku žalovaným je tak zcela excesívní, svévolné a zcela v rozporu se zákonnými zásadami hodnocení důkazů.

Žalobce nikdy netvrdil, že v případě dvou verzí DuGIS - komerční a vývojové jde o dvě zcela odlišné verze se zcela rozdílnými funkcionalitami. Tvrdil, že na základě Projektu VaV DuGIS byl vytvořen nový komplexní systém DuGIS pro zefektivnění plánování těžby pomocí geografických a geologických dat, pro podporu správy nemovitého majetku a územního plánování, standardizaci struktury geodat, podporu činností managementu, digitální modelování geologického podloží, sledování a vyhodnocování těžby, a to pro potřeby různých důlních společností. Naproti tomu komerční produkt byl vytvořen na základě smluv o dílo se společností Lasselsberger (resp. LB MINERALS) dle požadavků tohoto klienta, zpracování dílčích a poměrně přesně specifikovaných úkolů, jejichž výstup byl již v okamžiku zadání poměrně přesně predikován. Tento komerční produkt byl logicky rozšiřován i o některé vybrané komponenty a funkcionality vytvořené v rámci Projektu VaV DuGIS. Protože byl komerční projekt individuálně určen klientovi, měl í různá individuální řešení. Nikdy tedy nebyl vývojový projekt rozšiřován o řešení vyhotovená v rámci komerčního produktu, naopak samozřejmě ano. Některé funkcionality vytvořené v rámci Projektu VaV, např. modul pro digitální modelování geologického podloží nebo modul SVT, nebyly do této konkrétní komerční verze vůbec nikdy začleněny. Některé funkcionality byly vytvořeny na základě smlouvy o dílo jen pro tohoto klienta, Lasselsberger (resp. LB MINERALS).

Rovněž není pravda, že žalobce až na třetí výzvu správce daně uvedl, že existují dvě verze – komerční a vývojová. Tato skutečnost byla správci daně známa od samého začátku daňové kontroly, kdy mu byl mimo jiné předložen kompletní Projekt VaV DuGIS včetně oponentury vyhotovené doc. Čadou a Ing. Karlem Jedličkou z června 2006, ve kterém již je konkretizováno, že v případě Projektu VaV DuGIS se nejedná o implementaci již existujícího systému v podmínkách zákazníka, naopak že je zde dán potenciál stát se pilotní aplikací, která posune oblast GIS k další skupině uživatelů. Zaměstnancům správce daně byly různé verze fyzicky předvedeny rovněž dne 4. 4. 2012 v rámci probíhající daňové kontroly, správce daně měl k dispozici kompletní účetnictví žalobce, z něhož rovněž existence komerčního DuGIS vyplývala. Správce daně tedy po celou dobu daňové kontroly věděl o existenci komerční a vývojové verze, tvrzený časový nesoulad mezi verzemi byl průkazně vyvrácen již v průběhu daňové kontroly.

Žalobní bod b) se týká dalších návrhů na dokazování.

V tomto žalobním bodě žalobce namítá, že podáním ze dne 18. 8. 2018 navrhl provedení veškerých žalobcem v průběhu daňové kontroly a následného odvolacího řízení navržených, ale doposud neprovedených důkazních prostředků, zejména svědeckých výpovědí a vyhodnocení Informačního systému jako takového, neboť správní soud shledal tuto žalobní námitku daňového subjektu jako důvodnou (str. 28 rozsudku Krajského soudu v Plzni sp. zn. 30 Af 39/2015). Žalobce dále navrhl provedení výslechu doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., k posouzení obsahu podkladů pro jeho stanovisko a k prokázání možnosti porovnání verze komerční 12/2007 a verzí vývojových, neboť ze stanoviska jasně vyplývá, že v průběhu roku 2008 a 2009 probíhaly práce na Projektu VaV DuGIS dle jeho Harmonogramu, že tyto práce jsou aplikovaným výzkumem (obsahují ocenitelné prvky novosti i výzkumné nejistoty), a tedy že jejich výsledky rozhodně nemohly být součástí komerčního řešení ke dni 31. 12. 2007.

Žalovaný neshledal nutnost provedení těchto důkazů, neboť svědecké výpovědi by dle jeho názoru neměly dostatečnou důkazní sílu prokázat sporné skutečnosti bez dalšího odůvodnění. Žalovaný tak v doplněném odvolacím řízení pokračoval v postupu, kdy svévolným hodnocením důkazů a současně odmítnutím navržených a předložených důkazních prostředků zcela účelově cílil k doměření daně, resp. k jejímu potvrzení a zamítnutí odvolání proti jejímu doměření. Žalobce má za to, že předložil celou řadu důkazních prostředků k prokázání rozdílnosti komerční verze 12/2007 a verzí vývojových k 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009 k vyvrácení pochybnosti správce daně o tom, že v letech 2008 a 2009 nevyvíjel činnost na Projektu VaV DuGIS.

Žalovaný stanovisko doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., z důvodů, že nemohl verifikovat, co bylo obsahem podkladů jeho stanoviska (obsah konzultací), nevyhodnotil jako důkazní prostředek, přestože materiální podklady byly správci daně spolu se stanoviskem předány a závěry doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., nebyly ani relevantně zpochybněny, ani vyvráceny.

Správce daně nehodnotil žádný z předložených dokladů vyjmenovaných na str. 24 - 25 žaloby. Zejména není hodnocen samotný Projekt VaV DuGIS, ani vlastní výsledek činnosti na tomto projektu, s výjimkou tvrzeného rozporu v pracovní činnosti Ing. Vacka, nejsou hodnoceny pracovní výkazy jednotlivých pracovníků na Projektu VaV DuGIS pracujících. Žalovaný zhodnotil Vyjádření k projektu výzkumu a vývoje Důlního geografického Informačního systému (DuGIS), prováděného firmou GEOREAL spol. s r.o. vypracované v červnu 2006 Západočeskou univerzitou, Fakultou aplikovaných věd, tak, že z něho sice vyplývá, že se nejedná o implementaci již existujícího systému v podmínkách zákazníka a že je dán potenciál stát se pilotní aplikací, nicméně s ohledem na datum vypracování (červen 2006) není z tohoto vyjádření dovoditelné, že činnosti ve vztahu k Projektu DuGIS vymezené v § 34 odst. 4 ZDP budou skutečně prováděny i v letech následujících, resp. v roce 2008 a 2009. Žalovaný nijak nevyhodnotil, že Vyjádření se týká celého Projektu VaV DuGIS, kde jsou v Harmonogramu uvedeny práce, které mají být v letech 2008 a 2009 prováděny. Rovněž žalovaný nijak nevyhodnotil, že právě toto Vyjádření již prokazuje, že v roce 2005 a 2006 vedle vývojového Projektu VaV DuGIS existovala komerční verze a že vývojový projekt není implementací již existujícího komerčního systému zákazníka žalobce.

Čestná prohlášení čtyř zaměstnanců žalobce (Ing. K. V. ml., Ing. L. V., Ing. M. V. a Ing. F. Z.) byla zhodnocena správcem daně tak, že je nelze považovat za důkazy, že činnosti uvedené v těchto prohlášeních byly skutečně realizovány tak, jak jsou v nich uvedeny. Pokud správce daně nevyslechne osoby, které čestné prohlášení podepsaly, úmyslně tím zatemňuje skutkový stav. Dle žalovaného čestná prohlášení zaměstnanců, pracovní smlouvy a výkazy práce formálně potvrzují, že probíhaly činnosti spojené s výzkumem a vývojem, ale co bylo skutečně obsahem pracovních činností, resp. oddělení běžných činností žalobce od činností spojených s projektem VaV, z nich prokázat nelze. Tím spíše by měli být zaměstnanci ve věci vyslechnuti. Stejnou vadou jako nepřiznání důkazní síly čestným prohlášením zaměstnanců je stiženo i hodnocení stanoviska Ing. K. V. st., který měl být rovněž vyslechnut v tzv. účastenském výslechu.

Žalovaný neshledal nutnost provedení navržených svědeckých výpovědí Ing. F. Z., Ing. L. V., Ing, L. K., Ing. M. V., Ing. L. H., Ing. T. V., Ph.D., RNDr. L. A. a Ing. P. F., Ph.D. K návrhu žalobce doplnit hodnocení důkazního prostředku - ohledání věci - samotného informačního systému jako výsledku Projektu VaV, které v rámci probíhající kontroly provedly úřední osoby, se správce daně a žalovaný nevyjádřil vůbec.

Žalobce považuje takový postup za arogantní projev libovůle správce daně. Podstatným způsobem byla porušena zásada volného hodnocení důkazů, která neznamená, že by správce daně ve svém rozhodování měl na výběr, které z provedených důkazů provede a vyhodnotí a které nikoli, nebo o které z provedených důkazů své skutkové závěry nebo zjištění opře a které opomene. Výsledkem výslechu daňovým subjektem navržených osob mělo být objasnění, jaké činnosti tyto osoby prováděly v rámci Projektu VaV DuGIS, z čehož lze následně dovodit, zda činnosti těchto osob lze či nelze podřadit mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu daně z příjmů právnické osoby, eventuelně objasnění, zda o pracích na Projektu VaV DuGIS věděly z titulu např. poskytovaných konzultací jiné osoby (navržený svědek Fiala a Aron). Procesnímu právu daňového subjektu navrhovat důkazy odpovídá povinnost správce daně nejen o vznesených důkazních návrzích rozhodnout, ale také – pokud jim nevyhoví – ve svém rozhodnutí vyložit proč, z jakých důvodů tak činí. Přitom neakceptování důkazního návrhu daňového subjektu je v mezích zákona jen tehdy, je-li daňovým subjektem tvrzena skutečnost, která nemá vypovídací potenciál a nebo jde o nadbytečnost důkazu, tj. argument, podle něhož určité tvrzení, k jehož ověření nebo vyvrácení je důkaz navrhován, bylo již v dosavadním řízení bez důvodných pochybností, tj. s praktickou jistotou, ověřeno nebo vyvráceno, V daném případě nemůže správce daně tvrdit, že je jisté na základě zjištěných skutečností, že v letech 2008 a 2009 neprobíhaly práce na Projektu výzkumu a vývoje DuGIS tak, jak je deklaroval žalobce, a nebo že navržené výslechy svědků a ohledání vlastního Projektu VaV, který je předmětem sporu, nemají vypovídací potenciál.

Žalobní bod c) je nazván „shrnutí“.

V tomto žalobním bodě žalobce sumarizuje, že správce daně i žalovaný hodnotil předložené důkazy zcela účelově, drtivou většinu navržených důkazů neprovedl, a ačkoliv si byl vědom rozsudku Krajského soudu v Plzni z předchozího soudního řízení, nechal vypracovat znalecký posudek znalcem zcela mimo posuzovaný obor vývojových prací a nadto akceptoval nezodpovězení pro věc klíčových otázek a závěry znaleckého posudku nepravdivě interpretoval. Znalecký posudek vyhotovený pro věc neoprávněným znalcem, který nezodpověděl podstatnou část otázek, nemohl nahradit absentující odborné technické znalosti žalovaného v daném oboru. Žalovaný tak nesplnil podmínku vázanosti právním názorem soudu ve věci, když ve věci neustanovil oprávněného a navíc věci znalého soudního znalce. Z obou napadených rozhodnutí je zřejmé, že žalovaný odvolání žalobce řádně neprojednal, nepřihlédl k žalobcem tvrzeným skutečnostem, neprovedl, případně správně nehodnotil provedené důkazy a pokud se týče skutkové stránky věci, zcela přejal skutková zjištění správce daně, aniž se dostatečně vypořádal s odvolacími námitkami žalobce, který mj. namítal neprovedení dalších důkazů správcem daně, které žalobce v daňovém řízení navrhoval. Žalovaný neakceptoval návrh žalobce na vyhotovení revizního posudku ve věci. Obě rozhodnutí žalovaného jsou tak zatížena vadou nepřezkoumatelnosti. Všechna výše uvedená procesní pochybení měla za následek nesprávné a neúplné zjištění skutkového stavu a jsou dle názoru žalobce takové intenzity, že měla vliv na rozhodnutí ve věci samé. Celé daňové řízení je tak stiženo nezákonností spočívající zejména v nezákonném ustanovením znalce, excesívní interpretaci znaleckého posudku, opomenutí důkazů, tj. navržené důkazy nebyly provedeny a současně buď nebylo odůvodněno, proč by bylo provedení navržených důkazů irelevantní nebo nadbytečné, anebo odůvodnění nadbytečností nebo předčasností není dovoženo ze skutkových zjištění žalovaného a není logicky ani věcně přesvědčivým způsobem odůvodněno. Z těchto porušení přímo plyne porušení zásady volného hodnocení důkazů a materiální pravdy. Výše popsaný postup správce daně má vady takové intenzity, že jsou příčinou chybějícího správného zjištění skutkového stavu a mají tak vliv na rozhodnutí ve věci samé (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 8. 2013, č.j. 5 Afs 83/2012-46). Obě napadená rozhodnutí jsou vadná, i pokud se týče právního hodnocení věci, s nímž žalobce zásadně nesouhlasí, když má za to, že splnil všechny zákonné předpoklady pro odpočet nákladů. Obě napadená rozhodnutí byla vydána žalovaným po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Žalobce má za to, že uplatnil po právu odpočet dle § 34 ZDP na výdaje spojené s realizací prací na Projektu VaV DuGIS ve zdaňovacím období 2008 i 2009.

V žalobním bodě d) žalobce namítá porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení: Žalovaný v odvolacím řízení pověřil k provádění úkonů uložených odvolacím orgánem stejné osoby, které byly činné v prvním stupni, konkrétně Mgr. I. S. a Ing. H. J., čímž byl zásadně narušen princip dvojinstančnosti daňového řízení a úkony jimi provedené byly provedeny osobami podjatými dle § 77 daňového řádu. Podle rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 1. 8. 2016, č.j. 15 Af 8/2014-62, správce daně v odvolacím řízení pověří k provádění úkonů uložených odvolacím orgánem podle § 115 odst. 1 daňového řádu jiné úřední osoby než ty, které byly činné v prvním stupni. Podle tohoto rozsudku ustanovení § 77 daňového řádu upravuje případ tzv. „absolutní podjatosti“, tedy situace, kdy je pracovník správce daně vyloučen vždy za splnění uvedené podmínky, tedy účasti v daňovém řízení jako pracovník jiného stupně. Žalovaný však tuto situaci aproboval, čímž zatížil svůj postup procesní vadou. Ing. J. se osobně podílela na ustanovení znalce, jednání s ním, jeho výslechu, nelze tedy mít za to, že se nejedná o takovou vadu řízení, která by nemohla mít vliv na zákonnost meritorního rozhodnutí, neboť se tím Ing. J. nepřímo podílela i na rozhodovacím procesu.

V dalším soud odkazuje na úplné znění žaloby.

Ve vyjádření k žalobě žalovaný uvedl, že obsahově se jedná o námitky, které byly již z větší části předmětem odvolání proti rozhodnutím správce daně prvního stupně a které byly vypořádány konkrétními argumenty v odůvodnění žalobou napadených rozhodnutí.

Žalovaný se dále vyjadřuje k těmto žalobním námitkám: a) Znalecký posudek, b) Další návrhy na dokazování, c) Shrnutí k předchozím námitkám, d) Porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení, e) Vyjádření žalobce k seznámení se zjištěnými skutečnostmi a f) Prekluze.

K bodu a) „Znalecký posudek“ žalovaný uvedl, že akceptoval názor Krajského soudu v Plzni, že skutkový stav vyžaduje zásadní doplnění. Zásadním důkazem v této věci měl být znalecký posudek, který umožní posoudit obsah výchozí komerční verze aplikace DuGIS platné k 31. 12. 2007 a její odlišení od podoby časově následně vytvořených verzí aplikace DuGIS v rámci Projektu DuGIS ve stavu k 1. 1. 2008 (dále také „v2008“) a k 31. 12. 2009 (dále také „v2009“), odlišení jednotlivých verzí aplikace objasní i dosud spornou otázku, v čem spočívá rozdílnost těchto verzí a jaké práce tak musely být k jejich vytvoření vykonány. Předmětem posouzení bylo porovnání jednotlivých verzí aplikace DuGIS, tj. verzí předaného softwaru, zdrojových kódů a funkčnosti, jež do oboru znalce Mgr. Ondřeje Topinky (Kybernetika, odvětví výpočetní technika) spadají. Pro danou věc tak nebylo z hlediska výše uvedeného posouzení v této fázi daňového řízení rozhodné, že znalec Mgr. Ondřej Topinka nemá vzdělání ani zkušenosti v oblasti geomatika, geoinformatika a geologie. Z tohoto důvodu také na otázky mimo jeho obor znalec neodpověděl a tuto skutečnost také u odpovědi na příslušnou otázku zdůraznil. Vzhledem k tomu, že předmětná výzkumně-vývojová činnost žalobce je deklarována jako vývoj software (aplikace), bylo zcela logické ustanovit znalce z oboru Kybernetika. Dalším důvodem, pro který nebylo možné zodpovědět některé otázky, byla skutečnost, že pro objektivní posouzení rozdílnosti jednotlivých verzí je zapotřebí srovnání zdrojových kódů, v grafické prezentaci softwaru není možné vidět práci programátora, jež předcházela tomuto vývoji. Jelikož nebyly zdrojové kódy pro verzi 2005 a 12/2007 dodány, nebylo možné toto objektivní srovnání provést. Předmětem posouzení mělo být jak programování samotné, tak výsledek programování, žalovaný nicméně zdůrazňuje, že v důsledku absence podkladů (resp. absence podkladů k verzi z roku 2005 a z roku 2007) ani nebylo možné uvést, do jaké míry se jednotlivé verze aplikace DuGIS lišily, přitom je zcela zřejmé, že srovnání komerční verze 2005 a 12/2007 s vývojovými (Projekt DuGIS) verzemi v2008 a v2009 by mohlo zcela rozptýlit předestřené pochybnosti správce daně, potažmo žalovaného. Na základě znaleckého posudku a výslechu znalce tak nebylo prokázáno a doloženo tvrzení žalobce o existenci dvou odlišných verzí DuGIS – komerční a vývojové, resp. že Projekt DuGIS (vývojová verze spojená s odpočtem na VaV) naplňuje požadavek na ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné či technické nejistoty.

K námitce žalobce, že byl znalec Mgr. Ondřej Topinka při zpracování znaleckého posudku nesoučinný, odkazuje žalovaný na bod [86] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. na bod [89] rozhodnutí č.j. 41748/18.

K odůvodnění rozhodnutí správce daně o ustanovení znalce odkazuje žalovaný zejména na bod [79] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. bod [82] rozhodnutí č.j. 41748/18. Na základě znaleckých skutkových závěrů pak žalovaný učinil právní závěry o tom, zda vytvářený projekt má povahu projektu VaV ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP. Pokud správce daně vyhodnotí prováděné činnosti jako výsledek výzkumu a vývoje, eventuálně provede další navržené důkazy. K takové situaci však v dané věci nedošlo (nebylo prokázáno a doloženo tvrzení žalobce o existenci dvou odlišných verzí DuGIS – komerční a vývojové), a nejevilo se tak jako důvodné provádět další důkazní prostředky (především svědecké výpovědi, dále ohledání věci - samotného informačního systému a revizní znalecký posudek). Žalovaný tak neshledal důvod pro vypracování dalšího znaleckého posudku, neboť v dané fázi daňového řízení (kdy nebyly žalobcem doloženy veškeré podklady), nebylo zapotřebí dalšího znalce v „geo“ oblastech do řízení přibírat. Žalovaný zdůrazňuje, že s ohledem na absenci podkladů (zdrojových kódů komerční aplikace DuGIS) nebylo možné tvrzení žalobce o existenci dvou verzí bezpochyby ověřit, ani zjistit případně rozdílnost mezi komerční verzí 12/2007 a vývojovou verzí v2008 a v2009. Je třeba vyzdvihnout, že žalobce, ač apeluje na jeho připravenost poskytnout součinnost znalci, veškeré podklady pro komplexní posouzení jednotlivých verzí aplikace DuGIS nepředložil, byť k tomu byl opakovaně vyzýván. Žalovaný v bodě [81] napadeného rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. v bodě [84] rozhodnutí č.j. 41748/18 vysvětlil, že pro takové objektivní posouzení a srovnání předmětných aplikací je třeba porovnat zdrojové kódy, ze kterých je zřejmá práce programátora. Žalovaný je přesvědčen, že ohledně nepředložených zdrojových kódů komerční aplikace DuGIS verze 12/2007 se jedná o klíčový důkazní prostředek, který by v případě jeho předložení potvrdil, příp. vyvrátil pochybnosti správce daně o existenci dvou rozdílných verzí aplikace.

K bodu b) „Další návrhy na dokazování“ žalovaný sdělil, že další návrhy důkazů, tj. i svědecké výpovědi, by byly případné ve chvíli, kdy by byly činnosti žalobce vyhodnoceny jako výzkumně-vývojové činnosti. V takovém případě by došlo k hodnocení jednotlivých výdajů (nákladů) vynaložených v souvislosti s VaV (tj. faktický podíl zaměstnanců na činnostech Projektu DuGIS ve vztahu ke všem činnostem vykonávaným v rámci pracovního poměru, zda lze do odpočtu na VaV zahrnout veškeré žalobcem uplatněné náklady apod.). Pracovní smlouvy, čestná prohlášení zaměstnanců a výkazy práce mohou potvrdit, že se zaměstnanci podíleli na činnostech souvisejících s Projektem DuGIS, nikoliv však, že se jedná o výzkumně-vývojové činnosti, k čemuž je zapotřebí znaleckého posouzení. Jelikož ve vazbě na znalecký posudek nedošlo k vyhodnocení činností žalobce jako výzkumně-vývojových činností, nepřistoupil žalovaný k provedení dalších návrhů. Podklady pro jednoznačné konstatování, že se v případě Projektu DuGIS jednalo o VaV, nejsou kompletní.

K žalobcem předloženému Stanovisku doc. RNDr. Františka Staňka, Ph.D., žalovaný odkazuje na body [71] a [72] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [74] a [75] rozhodnutí č.j. 41748/18, a k hodnocení Stanoviska na bod [84] a [85] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [87] a [88] rozhodnutí č.j. 41748/18, a sděluje, že porovnání nástrojů aplikací je klíčem pro posouzení jejich funkcionalit a hledání vzájemných rozdílností, avšak včetně zdrojových kódů: doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., své hodnocení taktéž postavil na analýze zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací – toto hodnocení proběhlo mezi verzemi v2008 a v2009. Ve vztahu k verzi 12/2007 uvedl jen obecný závěr, avšak není z něho zřejmé, jakými postupy k tomuto závěru dospěl, resp. pro porovnání verzí v2008 a v2009 potřeboval zdrojové kódy a zkompilované aplikace, tj. stejně tak k porovnání ve vztahu k verzi 12/2007 by bylo zapotřebí zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací, nicméně tato skutečnost ze Stanoviska nevyplývá, žalovanému tak není zřejmé, na základě jakých podkladů ke svým závěrům dospěl. Žalovaný má za to, že hodnotil všechny předložené důkazní prostředky, případně se s jejich neprovedením v žalobou napadených rozhodnutích vypořádal.

K žalobcem namítanému ohledání věci – samotného informačního systému jako výsledku Projektu VaV žalovaný uvádí, že výsledkem znaleckého posouzení mělo být odlišení verze 12/2007 (komerční) od verze k 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009 (vývojové), pokud tedy tyto dvě odlišné verze existují (nikoliv jen srovnání verze 2008 a 2009, neboť právě činnost v letech 2008 a 2009 je deklarována jako výzkumně-vývojová činnost a tato měla být porovnána s obdobím předcházejícím). Jelikož ke komerční verzi nebyly veškeré podklady předloženy, nebylo možné navázat komplexnějším hodnocením nástrojů aplikací v jednotlivých verzích (tj. zda tyto byly skutečně vyvinuty v průběhu let 2008 až 2009 a nebyly obsaženy již v komerční verzi, jak tvrdí žalobce), tj. i ohledání věci – samotného informačního systému jako výsledku projektu VaV.

Tvrzení žalobce, že správce daně již od počátku daňové kontroly věděl, že existuje komerční a vývojová verze, se nezakládá na pravdě, neboť o existenci dvou odlišných verzí DuGIS, s rozdílnými nástroji a funkcionalitami, se zmínil žalobce až v reakci na třetí výzvu k prokázání skutečností, a to ve vazbě na správcem daně sdělené pochybnosti, tj. existenci DuGIS již od července roku 2005 (shoda názvu s Projektem DuGIS), přičemž správci daně nebylo zřejmé, že se jedná o dvě odlišné verze DuGIS, tj. komerční - vytvořená pouze pro společnost LASSELSBERGER (nyní LB MINERALS) a vývojová verze pro potřeby různých důlních společností. Tuto skutečnost sdělil žalobce až v reakci na třetí výzvu k prokázání skutečností. Naopak správce daně měl pochybnosti o tom, že existovalo pouze jedno řešení informačního systému DuGIS, které bylo od roku 2005 dále rozvíjeno, přičemž tyto pochybnosti nebyly dosud rozptýleny.

V případě hodnocení Projektu DuGIS, že „z něho sice vyplývá, že se nejedná o implementaci již existujícího systému v podmínkách zákazníka a že je dán potenciál stát se pilotní aplikací“ nejde o hodnocení žalovaného, nýbrž o uvedení stanoviska autorů Vyjádření k Projektu DuGIS z června 2006 (bod [89] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. bod [92] rozhodnutí č.j. 41748/18).

K bodu c) „Shrnutí k předchozím námitkám“ žalovaný zdůraznil, že snaha správce daně správně zjistit a stanovit daň vychází z prioritní povinnosti daňového subjektu dokazovat vše, co sám tvrdí. K hodnocení technických aspektů projektu bylo třeba vypracovat znalecký posudek, kdy výsledkem znaleckého posouzení mělo být odlišení verze 12/2007 (komerční) od verze k 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009 (vývojové), pokud tedy tyto dvě odlišné verze existují (nikoliv jen srovnání verze v2008 a v2009, neboť právě činnost v letech 2008 a 2009 je deklarována jako výzkumně-vývojová činnost a tato měla být porovnána s obdobím předcházejícím). Vzhledem ke skutečnosti, že ke komerční verzi nebyly žalobcem veškeré podklady předloženy, nebylo možné navázat komplexnějším hodnocením nástrojů aplikací v jednotlivých verzích. Důkazní břemeno leželo na žalobci, kdy nelze přisvědčit jeho tvrzení, že znalec Mgr. Ondřej Topinka, ani správce daně o zdrojové kódy komerční verze DuGIS nikdy nepožádali, neboť z průběhu daňového řízení vyplývá, že v rámci daňové kontroly byly vydány tři výzvy k prokázání skutečností, v nichž byl žalobce vyzván k prokázání oprávněnosti uplatnění předmětné odčitatelné položky a následně v rámci doplnění odvolacího řízení k předložení kompletních podkladů pro účely zpracování znaleckého posudku, resp. k posouzení, do jaké míry se lišily jednotlivé verze aplikace DuGIS (viz bod [82] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. bod [85] rozhodnutí č.j. 41748/18). Jelikož ve vazbě na znalecký posudek nedošlo k vyhodnocení činností žalobce jako výzkumně-vývojových činností, nepřistoupil žalovaný k provedení dalších návrhů. Podklady pro jednoznačné konstatování, že se v případě Projektu DuGIS jednalo o VaV, nejsou kompletní. Znalec Mgr. Ondřej Topinka ostatně sám ve znaleckém posudku potvrdil, že neměl k dispozici veškeré podklady, kdy pro objektivní zhodnocení jsou potřeba zdrojové kódy, z nichž je zřejmá práce programátora, které však k verzi 2005, resp. 12/2007 předloženy nebyly. Předmětem posouzení mělo být jak programování samotné, tak výsledek programování, nicméně v důsledku absence podkladů, nebylo možné toto komplexní posouzení provést. Ostatně doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., své hodnocení taktéž postavil na analýze zdrojových kódů a zkompilovaných aplikací – toto hodnocení proběhlo mezi verzemi v2008 a v2009. Ve vztahu k verzi 12/2007 uvedl jen obecný závěr, avšak není z něho zřejmé, jakými postupy k tomuto závěru dospěl. Pokud doc. RNDr. František Staněk, Ph.D., pro detailní srovnání verzí v2008 a v2009 potřeboval jak zkompilované aplikace, tak zdrojové kódy, tak i v případě verze 12/2007 by k tomuto detailnímu srovnání mohlo dojít za situace, kdy by kromě zkompilovaných aplikací měl k dispozici i zdrojové kódy (viz dále body [71], [84] a [85] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [74], [87] a [88] rozhodnutí č.j. 41748/18).

Žalovaný uzavřel, že žalobce nepředložil veškeré požadované podklady pro účely vypracování znaleckého posudku (zdrojová data nezálohoval, starší komerční verzi software DuGIS již nemá k dispozici, zdrojové kódy komerční verze 12/2007 nepředložil), kdy bez těchto podkladů není možné dospět k závěru, že žalobce při řešení Projektu DuGIS ve zdaňovacím období 2008 a 2009 uskutečňoval výzkumně-vývojovou činnost ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP, čímž důkazní břemeno v této věci neunesl.

K bodu d) „Porušení principu dvojinstančnosti daňového řízení“ žalovaný zdůraznil, že správce daně prvního stupně, který prováděl doplnění nebo odstranění vad na základě uložení této povinnosti odvolacím orgánem a dle jeho pokynů, se v daném případě nepodílel na hodnocení důkazů či samotném rozhodování. Hodnocení důkazů v této fázi odvolacího řízení bylo již zcela jen v kompetenci žalovaného, který při hodnocení důkazních prostředků mj. přezkoumával, zda byly důkazní prostředky doplněny, či vady odstraněny v souladu se zákonem. Žalovaný v intencích rozsudku Krajského soudu v Plzni uložil správci daně doplnit podklady pro rozhodnutí, přičemž jednoznačně specifikoval, jaké vady řízení je třeba napravit a které důkazy je třeba provést, včetně specifikace otázek pro zpracování znaleckého posudku. Poté, co správce daně tyto podklady doplnil, nově zjištěné důkazy a skutečnosti vyhodnotil již žalovaný a toto hodnocení sdělil žalobci v Seznámení se zjištěnými skutečnostmi. Názor z rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 1. 8. 2016, č.j. 15 Af 8/2014-62, lze uplatnit i na případ žalobce, který svou námitku postavil toliko na obecném tvrzení nepřípustnosti postupu žalovaného, avšak konkrétně neuvedl možné reálné důsledky tohoto pochybení. V uvedeném rozsudku ostatně Krajský soud v Ústí nad Labem námitce porušení dvojinstančnosti řízení nepřisvědčil. K tomuto žalobnímu bodu se žalovaný podrobně vyjádřil pod body [95] až [97] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. body [98] až [100] rozhodnutí č.j. 41748/18.

K bodu e) „Vyjádření žalobce k seznámení se zjištěnými skutečnostmi“ má žalovaný za to, že se k reakci žalobce na zjištěné skutečnosti a k jeho návrhům a námitkám vyjádřil v napadených rozhodnutích. Žalobce především zpochybnil znalecký posudek (viz bod [17] těchto rozhodnutí) a dále namítal porušení dvojinstančnosti daňového řízení (viz bod [18] uvedených rozhodnutí). K odvolací námitce pod bodem [17] se žalovaný vyjádřil pod body [78] až [94] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. pod body [81] až [97] rozhodnutí č.j. 41748/18, a k odvolací námitce pod bodem [18] pod body [95] až [97] rozhodnutí č.j. 41745/18, resp. pod body [98] až [100] rozhodnutí č.j. 41748/18. Žalovaný se v napadených rozhodnutích vyjadřoval velmi podrobně zejména k námitkám žalobce, že byl ustanoven zcela nekompetentní znalec, že při zpracování posudku postupoval žalovaný zcela nesprávně, že jeho závěry jsou založeny na nesprávném posouzení věci a že znalec nebyl součinný. Žalovaný povinnosti vypořádat se s předloženými důkazy a návrhy dostál.

K bodu f) „Prekluze“ žalovaný uvedl, že za zdaňovací období 2008 začala běžet lhůta pro stanovení daně ve smyslu § 47 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZSDP“), od 31. 12. 2008. Původní tříletá prekluzivní lhůta by uplynula dne 31. 12. 2011, tato však byla přerušena zahájením daňové kontroly dne 21. 11. 2011 a lhůta pro stanovení daně začala běžet znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu a uplynula by dne 22. 11. 2014. Ve lhůtě pro stanovení daně byl vydán a doručen dodatečný platební výměr za ZO 2008 (ze dne 3. 11. 2014), čímž byla prodloužena lhůta pro stanovení daně o 1 rok dle § 148 odst. 2 daňového řádu, tj. do 22. 11. 2015. Proti dodatečnému platebnímu výměru bylo podáno odvolání, o kterém žalovaný rozhodl rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, čímž došlo k prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok (§ 148 odst. 2 daňového řádu), tj. do 22. 11. 2016. Žalobce napadl rozhodnutí o odvolání žalobou, lhůta pro stanovení daně tak byla ve smyslu § 148 odst. 4 daňového řádu stavěna od 21. 12. 2015 do 26. 10. 2017. Konec prekluzivní lhůty nově připadl na 1. 10. 2018 (tj. první pracovní den, v pátek dne 28. 9. 2018 byl státní svátek). Žalovaný vydal rozhodnutí č.j. 41748/18/5200-11435-711926 dne 18. 9. 2018 a toto rozhodnutí nabylo právní moci dne 24. 9. 2018, tj. rozhodnutí o odvolání bylo vydáno a doručeno ve lhůtě pro stanovení daně, přičemž oznámení tohoto rozhodnutí o odvolání mělo za následek prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok v souladu s § 148 odst. 2 daňového řádu.

Za zdaňovací období 2009 začala běžet lhůta pro stanovení daně ve smyslu § 47 ZSDP od 31. 12. 2009. Původní tříletá prekluzivní lhůta by uplynula dne 31. 12. 2012, tato však byla přerušena zahájením daňové kontroly dne 21. 11. 2011 a lhůta pro stanovení daně začala běžet znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu a uplynula by dne 22. 11. 2014. Ve lhůtě pro stanovení daně byl vydán a doručen dodatečný platební výměr za ZO 2009 (ze dne 3. 11. 2014), čímž byla prodloužena lhůta pro stanovení daně o 1 rok dle § 148 odst. 2 daňového řádu, tj. do 22. 11. 2015. Proti dodatečnému platebnímu výměru bylo podáno odvolání, o kterém žalovaný rozhodl rozhodnutím ze dne 21. 10. 2015, čímž došlo k prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok (§ 148 odst. 2 daňového řádu), tj. do 22. 11. 2016. Žalobce napadl rozhodnutí o odvolání žalobou, lhůta pro stanovení daně tak byla ve smyslu § 148 odst. 4 daňového řádu stavěna od 21. 12. 2015 do 26. 10. 2017. Konec prekluzivní lhůty nově připadl na 1. 10. 2018 (tj. první pracovní den, v pátek dne 28. 9. 2018 byl státní svátek). Žalovaný vydal rozhodnutí č.j. 41745/18/5200-11435-711926 dne 18. 9. 2018 a toto rozhodnutí nabylo právní moci dne 24. 9. 2018, tj. rozhodnutí o odvolání bylo vydáno a doručeno ve lhůtě pro stanovení daně, přičemž oznámení tohoto rozhodnutí o odvolání mělo za následek prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok v souladu s § 148 odst. 2 daňového řádu.

V replice ze dne 4. 2. 2019 žalobce uvedl, že důvodně očekával, že znalec ve znaleckém posudku odpoví (bude hledat odpověď) na zadání, a k tomu byly ze strany žalobce poskytnuty potřebné podklady – zejména instalační balíčky, jejichž prostým porovnáním znalec mohl a měl dojít k závěru, zda výstupy projektu VaV DuGIS, na který uplatnil žalobce za zdaňovací období r. 2008 a r. 2009 odčitatelnou položku od základu daně, přesahují výstupy předešlé (zvláště verzi 12/2007) a zda tento „přesah“ lze podřadit pod činnosti vymezené v § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje. K tomu byl žalobce připraven poskytnout veškerou součinnost, tj. zejména umožnit přístup k datům na serveru, neboť jiným způsobem toto nelze zajistit. Ustanovený znalec se ale k zásadní otázce, zda výstupy Projektu DuGIS za období 2008 a 2009 přesahují výstupy předešlé zvláště komerční verzi 12/2007 natolik, že nešlo o pouhé zlepšení dosavadních charakteristik, ale významný zásah do existující aplikace, nevyjádřil s odůvodněním, že jeho obor je kybernetika – výpočetní technika, a proto není schopen ani oprávněn posoudit některé položené otázky – zejména aspekty novosti projektu důlního SW, popř. postupů, které vedly k výsledku. Znalec se soustředil toliko na mechanické porovnání zdrojových kódů jednotlivých verzí a na skutečnosti, že neměl k dispozici zdrojové kódy 12/2007, o které si ale nikdy nepožádal, postavil znalec nepravdivě nemožnost porovnat jednotlivé verze. Žalovaný účelově zcela převzal závěry znalce, že pro objektivní zhodnocení jsou potřeba zdrojové kódy, z nichž je zřejmá práce programátora, které ve verzi 12/2007 předloženy nebyly, aniž by se vypořádal s faktem, že žalobce předal pro účely vyhotovení znaleckého posudku a opakovaně k prokázání svých tvrzení instalační soubory SW prostředí důlního geografického informačního systému ve verzi 12/2007, se kterým pracovali koncoví uživatelé ve společnosti Lasselsberger. Totiž pouhým spuštěním všech verzí je seznatelné, že nejde o shodná řešení, že komerční verze obsahuje nástroje (funkcionality), které nebyly v Projektu VaV vůbec řešené, a naopak že neobsahuje nástroje nebo celé moduly v Projektu VaV řešené. Žalobce tedy unesl důkazní břemeno, neboť mimo jiné předložil spustitelné aplikace verzí komerční 12/2007, 12/2008 a 12/2009 a ty jasně a přesvědčivě dokazují, že komerční verze 12/2007 se liší o celé moduly s vývojovými verzemi 12/2008 a 12/2009, a dokládají, jaké práce byly na verzích 12/2008 a 12/2009 vykonány, a dle názoru žalobce dokládají i to, že tyto práce splňují podmínky pro uplatnění odpočtu dle § 34 ZDP.

V duplice ze dne 27. 2. 2019 žalovaný sdělil, že ani v průběhu daňové kontroly vedené u žalobce, ani v průběhu odvolacího řízení a následně doplněného odvolacího řízení po zrušujícím rozsudku zdejšího soudu nebyly ze strany žalobce předloženy všechny verze komerční verze aplikace DuGIS, jak mylně uvádí žalobce. Žalovaný zdůrazňuje, že byla předložena pouze jedna komerční verze aplikace DuGIS, a to verze 12/2007. V případě verzí vývojových aplikace DuGIS byly žalobcem předloženy verze platné k datu 1. 1. 2008 a k datu 31. 12. 2009, nikoliv však verze 12/2008 a 12/2009. Žalovaný předestírá, že žalobcem byly předloženy výstupy projektu k 1. 1. 2008, tj. na samotném počátku a výstupy až na konci roku 2009, nikoliv mezistupeň/mezikrok v podobě verze platné k 12/2008. Předmětem důkazního řízení v dané věci mělo být odlišení komerční verze a vývojové verze aplikace DuGIS (přičemž existence těchto dvou odlišných verzí nebyla doposud jednoznačně prokázána) v jednotlivých vývojových etapách, tj. odlišení těchto dvou verzí, jak tvrdí žalobce. Je však nutné trvat na tom, že ze strany žalobce nedošlo k předložení celé série komerční a vývojové verze aplikace DuGIS, ale k předložení pouze jedné komerční verze 12/2007 a dále vývojové verze platné k datu 1. 1. 2008 a 31. 12. 2009. Jak žalovaný v žalobou napadených rozhodnutích o odvolání uvedl a následně rovněž ve svém vyjádření k žalobě, komplexní srovnání, resp. odlišení těchto dvou verzí (komerční a vývojové) tak nebylo možné. Žalovaný pro úplnost dodává, že žalobce byl ze strany správních orgánů také vyzván k předložení původní pilotní verze komerční verze aplikace DuGIS z roku 2005 (tato byla vytvořena na základě Smlouvy o dílo se společností LASSESBERGER, dnes LB MINERALS), tato však nebyla žalobcem předložena, neboť již nebyla k dispozici.

Účastníci řízení souhlasili s rozhodnutím soudu o věci samé bez jednání.

Soud přezkoumal napadené výroky rozhodnutí v mezích žalobních bodů (§ 75 odst. 2 věta prvá s. ř. s.).

Žaloba je důvodná.

Soud předesílá, že neshledal, že by napadená rozhodnutí byla nepřezkoumatelná (nebo vnitřně rozporná anebo že by v nich absentovaly důvody pro rozhodnutí).

K této námitce lze obecně uvést, že jak vyplývá z bohaté a konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu, nepřezkoumatelnost pro nesrozumitelnost napadeného rozhodnutí bude dána např. tehdy, nebude-li z něj vůbec možno zjistit, jak správní orgán rozhodl, ať už pro úplnou absenci výroku nebo jeho vnitřní rozpornost (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 10. 2004, č.j. 6 A 127/2002-28), případně pro zásadní nesrozumitelnost odůvodnění (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 9. 2003, č.j. 7 A 547/2002-24). I přes určité vady, jimiž je rozhodnutí zatíženo, se však o nepřezkoumatelnost pro nesrozumitelnost jednat nebude tehdy, je-li nedostatky možno odstranit výkladem rozhodnutí jako celku, a to v kontextu proběhlého řízení, obsahu správního spisu a podání účastníků (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 8. 2006, č.j. 1 Afs 38/2006-72). Nepřezkoumatelnost pro nedostatek důvodů je pak způsobena především nedostatkem skutkových důvodů rozhodnutí, např. pokud se správní orgán nezabýval všemi relevantními okolnostmi věci (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 12. 2003, č.j. 2 Ads 58/2003-75), nebo není-li zřejmé, z jakých skutkových závěrů žalovaný vycházel, z jakých podkladů učinil své skutkové závěry a jakými úvahami se řídil při jejich hodnocení (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 8. 2007, č.j. 6 Ads 87/2006-36). Nepřezkoumatelnost rozhodnutí pro nedostatek důvodů tak má místo zejména tehdy, opomene-li správní orgán na námitku účastníka zcela (i implicit