6 Af 67/2016

JMÉNEM REPUBLIKY

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Ladislava Hejtmánka a soudkyň JUDr. Hany Kadaňové a JUDr. Naděždy Treschlové ve věci

žalobkyně: ŽOS opravny s.r.o. (dříve Železniční opravny a strojírny s.r.o.), IČO 272 47 686

sídlem Křižovnická 86/6, Praha 1

zastoupena obecným zmocněncem společností SPERO MELIORA Tax s.r.o.,

sídlem Domažlická 1256/1, Praha 3

proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství

sídlem Masarykova 427/31, Brno

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 13. 7. 2016, č.j. 31244/16/5300-22441-701296,

takto:

1 Žalobkyně se žalobou došlou soudu dne 13. 9. 2016 domáhala zrušení rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství (dále jen „žalovaný“, kterým je obecně označován i správní orgán 1. stupně, pokud rozlišení nemá význam pro samotný text odůvodnění) ze dne 13. 7. 2016, č.j. 31244/16/5300-22441-701296 (dále též „napadené rozhodnutí“), kterým žalovaný podle ust. § 116 odst. 1 písm. c) zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“) a podle zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o DPH“) zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil tato rozhodnutí Finančního úřadu pro hlavní město Prahu (dále též „správce daně“) ze dne 16. 7. 2015:

č.j. 4751130/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období prosinec 2012 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 375.561 Kč,

č.j. 5036272/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období leden 2013 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 573.044 Kč,

č.j. 5041881/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období duben 2013 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 2.230.825 Kč,

č.j. 5044140/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období květen 2013 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 477.803 Kč,

č.j. 5046053/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období červen 2013 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 57.651 Kč,

č.j. 5047210/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období červenec 2013 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 211.195 Kč

a č.j. 5048764/15/2005-53523-108018, jímž bylo částečně vyhověno odvolání a za zdaňovací období září 2013 bylo rozhodnuto o vyměření nadměrného odpočtu ve výši 506.226 Kč

(uvedená rozhodnutí dále společně jako „autoremedurní rozhodnutí“).

2 Autoremedurními rozhodnutími bylo tedy správcem daně rozhodnuto o odvoláních proti prvostupňovým rozhodnutím (platebním výměrům) podle § 113 odst. 1 písm. b) daňového řádu, kterými byly:

platební výměr na DPH č.j. 815294/15/2005-53523-108018, doručený dne 11. 2. 2015, jímž byl za zdaňovací období prosinec 2012 vyměřen nadměrný dopočet ve výši 174.192 Kč,

platební výměr na DPH č.j. 807929/15/2005-53523-108018, doručený dne 10. 2. 2015, jímž byl za zdaňovací období leden 2013 vyměřen nadměrný dopočet ve výši 256.973 Kč,

platební výměr na DPH č.j. 870570/15/2005-53523-108018, doručený dne 10. 2. 2015, jímž byla za zdaňovací období duben 2013 vyměřena vlastní daňová povinnost ve výši 408.451 Kč,

platební výměr na DPH č.j. 870914/15/2005-53523-108018, doručený dne 10. 2. 2015, jímž byla za zdaňovací období květen 2013 vyměřena vlastní daňová povinnost ve výši 13.612 Kč,

platební výměr na DPH č.j. 839461/15/2005-53523-108018, doručený dne 11. 2. 2015, jímž byla za zdaňovací období červen 2013 vyměřena vlastní daňová povinnost ve výši 97.627 Kč,

platební výměr na DPH č.j. 854860/15/2005-53523-108018, doručený dne 10. 2. 2015, jímž byla za zdaňovací období červenec 2013 vyměřena vlastní daňová povinnost ve výši 13.204 Kč,

a platební výměr na DPH č.j. 858428/15/2005-53523-108018, doručený dne 10. 2. 2015, jímž byl za zdaňovací období září 2013 vyměřen nadměrný dopočet ve výši 336.382 Kč.

3 Žalobkyně uplatnila řadu námitek jak proti postupu správce daně a prvostupňovým i autoremedurním rozhodnutím, tak proti postupu žalovaného a napadenému rozhodnutí. Námitky se týkají zejména nesprávného použití postupů k odstranění pochybností, nezákonného hodnocení důkazů a postupu při dokazování, a dále neunesení důkazního břemene.

Námitky ohledně hodnocení skutkového stavu

4 Žalobkyně vytýkala napadenému rozhodnutí, že shrnutí skutkového stavu v bodech 3) až 24) je vytržené z kontextu, odkázala na svůj popis skutkového stavu uvedený v odvolání na str. 4 - 15. Uvedla, že zůstává sporné, zda žalobkyně v předmětných zdaňovacích obdobích spolupracovala se společností Legios a.s. (nyní HEAVY MACHINARY SERVICES a.s., pro zjednodušení však dále pouze „Legios a.s.“ nebo též „dodavatel“), správce daně i žalovaný paušálně vyloučili ze zdanitelných plnění veškerá plnění přijatá žalobkyní od daného dodavatele, jedná se o konkrétní zdanitelná plnění uplatněná v období prosinec 2012 – září 2013, které žalobkyně uvedla v tabulce, jejich předmětem byly opravy čtyř dieselelektrických lokomotiv pro Ázerbajdžánskou státní železnici a nákupy materiálu nebo náhradních dílů (dále též zjednodušeně „opravy lokomotiv“). Tvrdila, že spolupráci s Legios a.s. doložila nájemní smlouvou ze dne 1. 8. 2011, kterou předložila správci daně na ústním jednání dne 30. 11. 2014 spolu s dalšími důkazy, faktická činnost obou společností byla správcem daně prověřena při místním šetření dne 15. 10. 2013 v areálu žalobkyně Boleslavská třída 418/54, Nymburk, kde má společnost Legios a.s. některé haly pronajaty a správce daně ověřil, že zde probíhá opravárenská a výrobní činnost. Měla za to, že tyto důkazy jednoznačně prokázaly faktickou činnost žalobkyně a jejího dodavatele, pokud měl správce daně pochybnosti, mohl příslušné osoby vyslechnout.

5 Tvrdila, že konkrétní fakturovaná plnění doložila řadou dokladů, tj. záznamními evidencemi k DPH, všemi daňovými doklady přijatými od Legios a.s. a souvisejícími daňovými doklady, smlouvou o dílo z 12. 6. 2012, smlouvou o dílo z 18. 7. 2012, povolením Celního úřadu Kolín o propuštění čtyř lokomotiv na území ČR, fotografiemi lokomotiv před zahájením opravy a po opravách, protokoly o předání a převzetí díla z 5. 4. 2013 a 20. 6. 2013, fakturou č. 310400021 na odběratele SD-Kolejová doprava, a.s. Rovněž poukázala na výslechy svědků provedené správcem daně, a to dřívější jednatelky žalobkyně paní X dne 13. 1. 2014, kdy správce daně žádné pochybnosti nevznesl, a jednatele dodavatele Legios a.s. pana X dne 26. 5. 2014, kdy svědek jednoznačně potvrdil spolupráci se žalobkyní, požadované záznamní evidence byly předloženy v odvolacím řízení.

6 Shrnula, že veškeré důkazní prostředky provedené během daňového řízení potvrdily tvrzení žalobkyně, naopak žádný důkazní prostředek tato tvrzení nevyvrátil ani neprokázal jejich nevěrohodnost.

7 Namítala, že na rozdíl od žalovaného své důkazní břemeno unesla a prokázala tvrzené skutečnosti, odkázala na odvolání, kde popsala příslušnou právní úpravu a vady v dokazování. Sdělila, že správce daně některé namítané vady (viz část III. bod 5) odvolání) odstranil tím, že doplnil dokazování, žalobkyni s tím neseznámil a upřel jí tím právo vyjádřit se k hodnocení důkazů. Ohledně unesení důkazního břemene odkázala na argumentaci uvedenou v části IV. odvolání. Dále se vyjádřila k jednotlivým bodům napadeného rozhodnutí.

8 K bodu 26 uvedla, že existence zdanitelných plnění byla žalobkyní doložena nejen přijatými daňovými doklady, ale též dalšími důkazními prostředky.

9 K bodu 27 uvedla, citovaný judikát je na danou situaci naprosto nepřiléhavý, neboť se týká případu, kdy daňové doklady ve skutečnosti nevystavil daňový plátce, který je na nich uveden.

10 Pokud jde o bod 28, žalobkyně souhlasila s žalovaným ohledně jeho právního názoru na otázku důkazního břemene, měla za to, že správce daně tíží důkazní břemeno ohledně důvodnosti jeho pochyb, správce daně ani žalovaný však vážné a důvodné pochyby o souladu skutkového stavu se skutečností neprokázali. Uvedla, že dle jejího názoru její tvrzení potvrzují nejen přijaté daňové doklady, ale též další předložené důkazní prostředky, které ve svém souhrnu tvoří auditní stopu.

11 K bodu 29 namítala, že citovaná judikatura je opět naprosto nepřiléhavá, týká se situace, kdy dodavatel popřel plnění uskutečněná dle předložených daňových dokladů, v posuzovaném případě však dodavatel spolupráci se žalobkyní výslovně potvrdil, a to i předseda představenstva dodavatele při svědecké výpovědi. Dále žalobkyně předložila správci daně část záznamních evidencí k DPH, kterou jí poskytl dodavatel. K popření spolupráce ze strany dodavatele tak nedošlo, žalobkyně však nemůže dodavatele nijak donutit ke spolupráci se správcem daně, přesto se snažila dodat správci daně požadované doklady, které obdržela od dodavatele.

12 Poukázala na to, že žalovaný v bodech 34 až 45 provedl hodnocení důkazních prostředků, žalobkyně nesouhlasila s hodnocením svědecké výpovědi X, měla za to, že tento svědek potvrdil obchodní spolupráci za období prosinec 2012 – duben 2013, v této souvislosti nepovažovala za rozhodné, že svědek při výslechu dne 26. 5. 2014 nedokázal ihned reagovat na jeden z tisíců daňových dokladů, které má společnost měsíčně v evidenci, navíc za období, ve kterém ani nebyl ve funkci statutárního orgánu; požadované záznamní evidence byly správci daně předloženy později.

13 K bodu 38 uvedla, že si žalovaný protiřečí, na jednu stranu považoval za prokázané, že svědek potvrdil spolupráci se společností Legios a.s., avšak na druhou stranu z přijatých zdanitelných plnění žalobkyně vyloučil veškerá plnění přijatá od Legios a.s., jedná se o zjevný logický rozpor při hodnocení důkazních prostředků.

14 Z bodu 39 rovněž vyplývá nelogické a účelové hodnocení důkazních prostředků žalovaným, na jednu stranu žalovaný považuje veškeré předložené listinné důkazní prostředky za nevěrohodné, avšak zároveň žalobkyni vytýká, že nepředložila další důkazní prostředky. Namítala, že žalovaný považuje za nevěrohodnou např. podepsanou a orazítkovanou smlouvu mezi žalobkyní a jejím dodavatelem. Uvedla, že během dvou let trvání postupů k odstranění pochybností předložila stovky stran různých dokumentů, vyvinula maximální úsilí, aby správci daně vyhověla, žalovaný jí však po celou dobu nesdělil žádné konkrétní pochybnosti, a to ani během řady ústních jednání, která ve věci proběhla.

15 K bodu 40, kde žalovaný doplnil dokazování o hodnocení místního šetření ze dne 15. 10. 2013, uvedla, že správce daně tento důkazní prostředek zcela zamlčel a nevypořádal se s ním, přitom se dle názoru žalobkyně jedná o důkaz potvrzující spolupráci žalobkyně a jejího dodavatele, porušil tím ust. § 8 odst. 1 daňového řádu. Namítala, že i žalovaný tento důkazní prostředek vyhodnotil velmi stručně, dle názoru žalobkyně však z daného místního šetření vyplývá, že pro spolupráci mezi žalobkyní a společností Legios a.s. existovaly objektivní podmínky a deklarovaná činnost v areálu probíhala; spolu s dalšími důkazními prostředky to prokazuje tvrzení žalobkyně.

16 Měla za to, že hodnocení důkazních prostředků pod bodem 41 je účelové a nepravdivé, neboť žalobkyně na výzvu ze dne 28. 7. 2014 odpověděla dne 30. 10. 2014 v rámci ústního jednání (o němž byl sepsán protokol), kde předložila značné množství dokladů požadovaných správcem daně – mimo jiné protokoly o předání a převzetí opravených lokomotiv a smlouvu o pronájmu nemovitostí, rovněž byl zodpovězen dotaz správce daně na fakturu č. 21301518 od Legios a.s.

17 K bodu 42 uvedla, že na základě ust. § 90 odst. 2 daňového řádu učinila návrh na pokračování v dokazování a provedení dalších důkazních prostředků, žalovaný směšuje výrazy provedení a předložení důkazních prostředků, k předložení a provedení navržených důkazních prostředků by došlo v rámci daňové kontroly, kterou měl správce daně provést. Namítala, že jediným argumentem svědčícím v neprospěch žalobkyně byla nedostatečná součinnost jejího dodavatele.

18 K bodu 43 upozornila, že hodnocení důkazních prostředků je opět účelové, správce daně evidence za všechna předmětná období po svědkovi při výslechu dne 26. 5. 2014 nepožadoval, žalobkyně předložila ty záznamní evidence, které obdržela od dodavatele. Nesouhlasila, že je jí tato okolnost přičítána k tíži, když si tyto důkazní prostředky a další součinnost mohl od dodavatele, případně od svědka, zajistit sám správce daně, disponuje k tomu donucovacími prostředky. Pokud bylo smyslem těchto důkazních prostředků prokázání spolupráce mezi žalobkyní a dodavatelem, byla předložením záznamových evidencí tato spolupráce prokázána.

Námitky ohledně procesního postupu žalovaného

19 Žalobkyně namítala, že správce daně se v prvostupňovém řízení dopustil celé řady pochybení, a to zejména v průběhu postupů při odstranění pochybností, které nezákonně zahájil, neúměrně dlouho je prováděl, nepostupoval bez zbytečných průtahů, fakticky prováděl daňovou kontrolu, ačkoli ji formálně nezahájil, neumožnil žalobkyni doplnění dokazování. Dále správce daně provedl nezákonné hodnocení důkazů a neunesl své důkazní břemeno. Žalovaný pak v napadeném rozhodnutí sice namítaná procesní pochybení správce daně většinou připustil, avšak následně je zbagatelizoval a všechny námitky označil za nedůvodné. Pokud jde o hodnocení důkazů, žalovaný sice v odvolacím řízení dokazování doplnil, ale poté žalobkyni neseznámil s jeho výsledky a neumožnil jí, aby se vyjádřila. Tyto námitky jsou podrobně popsány dále.

20 Správci daně vytýkala, že nezákonně zahájil postupy k odstranění pochybností, ohledně podrobného popisu pochybení odkázala na část II. a III. odvolání, žalovaný pak tuto námitku v napadeném rozhodnutí vyhodnotil jako nedůvodnou (viz bod 46), s čímž žalobkyně nesouhlasí. Měla za to, že správce daně jí ve výzvách nesdělil žádné konkrétní pochybnosti, z toho, že žalobkyně na dané výzvy reagovala a předložila požadované doklady, nelze dovozovat, že výzvy obsahovaly konkrétní pochybnosti. Uvedla, že se tomuto postupu bránila, dopisem ze dne 26. 7. 2013 žádala správce daně o uzavření řízení o odstranění pochybností, stejně tak učinila dopisem ze dne 14. 8. 2013, kdy upozornila, že veškeré požadované doklady již předložila a nejsou jí známy pochybnosti, které by neodstranila. Správce daně však ani v reakci na tyto žádosti žalobkyni žádné pochybnosti nesdělil. Výzva správce daně ze dne 28. 7. 2014 byla vydána až celý rok po předložení posledního z důkazních prostředků požadovaných ve výzvách k odstranění pochybností za zdaňovací období prosinec 2012 až únor 2013, výzva přitom nebyla odůvodněna hodnocením důkazních prostředků předložených žalobkyní, avšak pouze informací, že dodavatel žalobkyně nereaguje na výzvy k poskytnutí informací. Odkaz na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 2. 2012 č.j. 8 Afs 38/2011 použitý žalovaným je nesprávný, skutkový stav v posuzované věci je zcela odlišný, správce daně žalobkyni nesdělil podstatu pochybností a neumožnil jí je odstranit, postupy k odstranění pochybností zahájil dne 20. 2. 2013, kdy ještě probíhaly práce dodavatele na opravách lokomotiv, pokud by správce daně konkrétní pochybnosti měl, mohl je odstranit např. při místním šetření, správce daně však žádné konkrétní pochybnosti neměl, ani mít nemohl, jedinou „pochybností“ uvedenou ve výzvě ze dne 28. 7. 2014 je skutečnost, že dodavatel neodpověděl na výzvy správce daně k poskytnutí informací ze dne 9. 12. 2013 a 21. 2. 2014 – z toho vyplývá, že v době vydání výzev k odstranění pochybností 20. 2. 2013 a 21. 11. 2013 žádné konkrétní pochybnosti mít nemohl.

21 Ohledně nezákonných průtahů v řízení odkázala na část III. odvolání, namítala, že body 50 až 52 napadeného rozhodnutí obsahují logické rozpory, žalovaný potvrdil, že správce daně začal první úkony konat až v srpnu 2013, dle názoru žalobkyně se tak stalo pod tlakem skutečnosti, že již 6 měsíců zadržoval žalobkyni značné finanční prostředky, aniž by byl schopen sdělit žalobkyni konkrétní pochybnost. V bodě 51 dal žalovaný žalobkyni za pravdu, uznal, že postupy k odstranění pochybností trvaly neúměrně dlouho a bylo při nich předkládáno větší množství dokladů, a dále, že postupy k odstranění pochybností byly nezákonně provedeny místo daňové kontroly, z těchto závěrů však nevyvodil žádné důsledky ohledně nezákonnosti, což je dle žalobkyně nelogické a absurdní.

22 Pokud jde o nezákonné požadavky na doložení množství dokladů v rámci postupů k odstranění pochybností, odkázala na část III. bod 3) odvolání, měla za to, že i tuto námitku žalovaný v bodu 51 napadeného rozhodnutí uznal.

23 Odkázala na část III. bod 4) odvolání, tvrdila, že správce daně neumožnil doplnění dokazování v rámci daňové kontroly, která by navazovala na ukončené postupy k odstranění pochybností, tento postup způsobil další průtahy v řízení, další náklady vzniklé žalobkyni a byl v rozporu se zásadami zdrženlivosti a přiměřenosti. Poukázala na to, že v podání ze dne 6. 1. 2015 žalobkyně navrhla provedení dalších důkazů, správce daně některé z nich v rámci prvního odvolacího řízení provedl a na jejich základě částečně odvolání vyhověl, správce daně měl jednoznačně pokračovat v dokazování v rámci daňové kontroly, aby mohly být rozhodné skutečnosti zjištěny co nejúplněji. Uvedla, že dle bodu 53 napadeného rozhodnutí žalobkyně pouze přislíbila předložit důkazní prostředky, avšak tyto nepředložila a správce daně postupoval správně, pokud nepokračoval v dokazování a nezahájil daňovou kontrolu. Žalobkyně má za to, že provedení důkazních prostředků řádně navrhla, podle ust. § 90 odst. 2 daňového řádu nebyla povinna tyto prostředky předložit, stačilo je navrhnout. Trvala na tom, že v návaznosti na postupy k odstranění pochybností měla být provedena daňová kontrola, žalovaný s tím nepřímo souhlasil v bodě 51 napadeného rozhodnutí.

24 Namítala zkreslení a zamlčení některých rozhodných skutečností zjištěných v průběhu dokazování a absenci označení a řádného hodnocení důkazů, odkázala na část III. bod 5) odvolání. K bodu 55 napadeného rozhodnutí namítala, že správce daně zamlčel skutečnosti zjištěné při místním šetření v areálu v Nymburce a tento důkaz vůbec nevyhodnotil, zjištěné skutečnosti však prokázaly spolupráci žalobkyně s dodavatelem Legios a.s. Měla za to, že místní šetření vedle dalších důkazních prostředků prokázalo tvrzení žalobkyně. K bodu 56 uvedla, že prvostupňové rozhodnutí předcházející napadenému rozhodnutí bylo z důvodu absence hodnocení důkazních prostředků předložených v odvolacím řízení nepřezkoumatelné a žalovaný je měl buď zrušit, nebo dokazování doplnit v odvolacím řízení. K bodu 57 namítala, že k přenesení důkazního břemene zpět na žalobkyni nedošlo, neboť správce daně ve výzvě z 28. 7. 2014 neprokázal žádné skutečnosti, které by podstatným a závažným způsobem zpochybnily věrohodnost důkazních prostředků předložených žalobkyní, v reakci na tuto výzvu navíc žalobkyně dne 30. 10. 2014 předložila množství důkazních prostředků, další navrhla v návrzích na pokračování v dokazování a dále důkazní prostředky předložila v odvolacím řízení, z toho vyplývá, že veškeré požadované doklady správci daně předložila.

25 Žalovaný s podanou žalobou nesouhlasil a navrhoval její zamítnutí. Napadené rozhodnutí považoval za věcně správné a souladné s právními předpisy, řádně odůvodněné včetně vypořádání s jednotlivými v odvolacím řízení žalobcem vznesenými námitkami, a v podrobnostech na odůvodnění napadeného rozhodnutí odkázal.

26 Uvedl, že předmětem sporu je posouzení toho, zda žalobkyně unesla své důkazní břemeno a prokázala, že společnost Legios a.s. skutečně provedla opravu lokomotiv v rozsahu uvedeném na fakturách, ze kterých žalobkyně uplatňovala nárok na odpočet daně.

27 Vyjádřil se k námitce, dle které ve výzvě žalovaného, kterou byl zahájen postup k odstranění pochybností, nebyly tyto pochybnosti jednoznačně specifikovány. Měl za to, že ačkoliv pochybnosti správce daně uvedené v těchto výzvách nebyly v maximální míře konkrétní, byly v nich uvedeny dostatečné informace k tomu, aby mohla žalobkyně předložit doklady odstraňující pochybnosti správce daně, žalobkyně byla blíže seznámena s těmito pochybnostmi v průběhu postupu k jejich odstranění a měla tedy možnost tyto pochybnosti odstranit, poukázal na ustálenou judikaturu Nejvyššího správního soudu, dle které lze tento nedostatek výzvy zhojit.

28 Pokud jde o neunesení důkazního břemene a neprokázání pochybností správce daně, uvedl, že ve výzvě k prokázání skutečností č.j. 4741612/14/2005-05501-109595 správce daně své pochybnosti dostatečně odůvodnil a tím splnil svou povinnost. Připustil, že postupy k odstranění pochybností trvaly delší dobu, nicméně tato okolnost sama o sobě nezpůsobuje nezákonnost tohoto postupu, odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2015, č.j. 2 Afs 32/2015-41, je třeba zabývat se tím, zda správce daně v průběhu daného postupu činil dostatek na sebe navazujících úkonů. Sdělil, že postupy k odstranění pochybností zahajoval postupně v závislosti na daňových přiznáních podávaných žalobkyní, podle toho, zda v daném zdaňovacím období pochybnosti měl či neměl, pochybnosti vyvstaly ohledně většího množství zdanitelných plnění, uvedl stručný výčet jednotlivých činěných kroků. Uvedl, že tyto úkony činil v logické návaznosti a v přiměřených lhůtách, jeho postup nebyl nezákonný z hlediska délky trvání.

29 Namítal, že nezahájením daňové kontroly žádná práva žalobkyně nezkrátil, žalobkyně ani konkrétní práva neuvedla, většina práv daňového subjektu při daňové kontrole je zakotvena napříč daňovým řádem. Uvedl, že daňový subjekt má při daňové kontrole právo být přítomen jednání se svými zaměstnanci nebo dalšími osobami, které vykonávají jeho činnosti, tato jednání jsou realizována jako výslechy svědků z důvodu jejich použitelnosti jako důkazů, v daném případě byly svědecké výpovědi pořizovány v rámci postupu k odstranění pochybností a v souladu s daňovým řádem, žádná související práva žalobkyni nebyla upřena.

30 Uvedl, že daňový subjekt má v rámci daňové kontroly rovněž právo předkládat nebo navrhovat důkazní prostředky a vyvracet pochybnosti správce daně, dokazování může dle daňového řádu probíhat pouze v rámci zahájeného řízení, dotčené postupy správce daně v daném případě probíhaly v nalézacím řízení, je evidentní, že proces dokazování je realizován v daňové kontrole, i v rámci postupu k odstranění pochybností.

31 Poukázal na to, že jak v průběhu daňové kontroly, tak při postupu k odstranění pochybností má z hlediska dokazování daňový subjekt obdobná práva (např. právo vyjádřit se, vysvětlit, doplnit a prokazovat skutečnosti ohledně daňových povinností daňového subjektu, konečný výsledek postupů je mu vždy oznámen), z toho vyplývá, že postupem správce daně, který v určité fázi nenařídil daňovou kontrolu, nedošlo k omezení práv žalobkyně ani ke zbytečným průtahům, neboť úkony prováděné v režimu odstranění pochybností byly obdobné jako při daňové kontrole.

32 Měl za to, že žalobkyně měla v průběhu trvání postupu k odstranění pochybností možnost domáhat se ochrany svých práv, a případně též prostředky ochrany dle zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s.ř.s.“), žádné z těchto prostředků však nevyužila, teprve po ukončení postupů k odstranění pochybností namítala nezákonnost jejich zahájení a trvání, ačkoliv to mohla učinit i dříve.

33 Připustil, že správce daně pochybil, pokud odmítl provést další důkazy navržené žalobkyní, tato vada však byla odstraněna v odvolacím řízení, kdy žalovaný tyto důkazy provedl a na jejich základě odvolání částečně vyhověl.

34 Nesouhlasil s tím, že by v odvolacím řízení porušil ust. § 115 odst. 2 daňového řádu, hodnocení místního šetření provedeného dožádaným správcem daně v areálu žalobkyně nebylo doplněním dokazování ve smyslu ust. § 115 odst. 1 daňového řádu, s jehož výsledkem by bylo potřeba žalobkyni seznámit, správce daně pouze v rozhodnutí o odvolání příslušné skutečnosti více rozepsal a na jejich základě dospěl ke stejnému závěru.

35 Tvrdil, že podrobné hodnocení důkazů je uvedeno v napadeném rozhodnutí, na které odkázal. Trval na tom, že ačkoliv pravděpodobně docházelo k určité spolupráci mezi žalobkyní a společností Legios a.s., nebylo v průběhu řízení jednoznačně zjištěno, že společnost Legios a.s. provedla předmětné práce v rozsahu deklarovaném na předmětných fakturách a nedošlo tedy k odstranění pochybností správce daně.

36 V replice k vyjádření žalovaného žalobkyně popřela, že by žalovaný zahájil postupy k odstranění pochybností z důvodu pochybností o plněních vykázaných ve vztahu ke společnosti Legios a.s., toto tvrzení nemá oporu ve spise, v napadeném rozhodnutí navíc žalovaný sám uvedl, že výzvy k odstranění pochybností byly nekonkrétní a neurčité. Tvrdila, že v první výzvě k odstranění pochybností správce daně ze dne 20. 3. 2013, která byla velmi nekonkrétní, nebyla o přijatých plněních od společnosti Legios a.s. ani zmínka, další výzvy k odstranění pochybností byly obdobné. Pouze ve výzvě ze dne 28. 7. 2014 č.j. 4741612/14/2005-05501-109595 žalovaný vyzval žalobkyni k doložení plnění od společnosti Legios a.s., tato výzva byla vydána více než 17 měsíců po zahájení postupu k odstranění pochybností, není tudíž pravda, že by žalovaný k doložení svých tvrzení vyzýval žalobkyni opakovaně, žalobkyně na tuto jedinou výzvu dostatečně reagovala dne 30. 10. 2014, k dokazování se jinak podrobně vyjádřila v žalobě.

37 Poukázala na to, že žalovaný ve výzvách neuvedl, v čem spočívaly a na čem se zakládaly pochybnosti o tom, zda mají přijatá a uskutečněná zdanitelná plnění souvislost s ekonomickou činností žalobkyně a zda došlo k poskytnutí služeb do jiného členského státu, žalovaný ani neuvedl, jak může žalobkyně tyto pochybnosti odstranit. Tvrdila, že po několik měsíců trvání postupů k odstranění pochybností se předmětné lokomotivy stále nacházely v areálu v Nymburce, v zimě a na jaře 2013 probíhaly jejich opravy, předmětná plnění od společnosti Legios a.s. tedy aktivně probíhala v době, kdy měl správce daně o těchto plněních pochybnosti. Pokud by správce daně své pochybnosti vysvětlil a postupoval bez průtahů, mohl si lokomotivy a zpochybňované práce přímo sám ověřit.

38 Odmítla, že by byla blíže seznámena s podstatou pochybností správce daně, ohledně toho neproběhlo žádné ústní jednání, jedinou výzvou byla výzva ze dne 28. 7. 2014, ve které však žalovaný informoval žalobkyni pouze o tom, že dodavatel Legios a.s. „nereaguje na výzvy správce daně, z čehož vyplývá, že ze strany dodavatele nebyla potvrzena“. Toto sdělení bylo dle přesvědčení žalobkyně jediným vyjádřením pochybností ze strany správce daně, a to za celou dobu od zahájení postupu k odstranění pochybností dne 20. 2. 2013 do jeho ukončení dne 22. 12. 2014, popřela tedy, že by správce daně své pochybnosti dostatečně identifikoval a odůvodnil, nesplnil svou povinnost dle ust. § 89 odst. 2 daňového řádu. Namítala, že neměla možnost donutit společnost Legios a.s., aby reagovala na výzvu správce daně, sama žalobkyně pak veškeré požadavky správce daně splnila, předložila všechny požadované doklady a unesla své důkazní břemeno. Připustila, že Legios a.s. sice na dvě výzvy nereagovala, předseda představenstva však při svém výslechu předmětná plnění potvrdil a v odvolacím řízení byly předloženy též záznamní evidence společnosti Legios a.s. požadované správcem daně.

39 Namítala, že v bodu 51 napadeného rozhodnutí žalovaný uznal, že správce daně postupoval v rozporu se zákonem, že postupy k odstranění pochybností trvaly neúměrně dlouhou, což může být v rozporu s jejich účelem, tyto postupy mají sloužit k rychlému odstranění pochybností a stanovení daně, pro rozsáhlé dokazování slouží institut daňové kontroly. Tento závěr je v přímém rozporu se stanoviskem žalovaného uvedeném v jeho vyjádření zaslaném soudu. Trvala na tom, že v postupu správce daně byly zbytečné průtahy, první úkon tj. mezinárodní dožádání z 15. 8. 2013 učinil až 6 měsíců od zahájení postupu k odstranění pochybností, při výslechu jednatelky žalobkyně v lednu 2014 správce daně nesdělil žádné pochybnosti ohledně plnění od společnosti Legios a.s., první a jediná zmínka o těchto pochybnostech byla obsažena ve výzvě ze dne 28. 7. 2014, z toho nevyplývá, že by žalovaný činil úkony v logické návaznosti a v přiměřených lhůtách.

40 Nesouhlasila s tím, že by práva daňových subjektů při postupu k odstranění pochybností a při daňové kontrole byla obdobná, odkázala na ustálenou judikaturu Nejvyššího správního soudu, např. na rozsudek ze dne 25. 6. 2014 č.j. 1 Aps 20/2013-61, ve kterém soud mimo jiné dovodil, že oba instituty nemohou být svévolně zaměňovány a daňový subjekt má právo na to, aby správce daně využíval postupu k odstranění pochybností pouze k účelům, ke kterým tento institut slouží.

41 Poukázala na to, že žalovaný sám připustil, že neprovedl důkazy navržené žalobkyní při ukončení postupu k odstranění pochybností, tím implicitně potvrdil, že měla být poté zahájena daňová kontrola dle ust. § 90 odst. 3 daňového řádu. Namítala, že žalovaný nerozlišuje ani mezi daňovou kontrolou a odvolacím řízením, tento přístup se blíží téměř k anarchii daňového řízení, žalobkyně byla neprovedením důkazů v rámci daňové kontrole zásadně zkrácena na svých právech, v rámci prvního odvolání předložila důkazy, se kterými správce daně vůbec nevypořádal, jednalo se záznamní evidence společnosti Legios a.s., které mohly odstranit pochybnosti správce daně, správce daně však pouze konstatoval, že tyto důkazní prostředky nic neprokázaly. Jejich podrobnější hodnocení uvedl žalovaný až v bodě 43 napadeného rozhodnutí, čímž žalobkyni upřel právo na vyjádření dle ust. § 115 odst. 2 daňového řádu, zároveň žalovaný výslovně připustil, že tyto důkazy měly být provedeny v rámci daňové kontroly.

42 Zopakovala žalobní tvrzení, že předložila veškerá vysvětlení a důkazní prostředky, které správce daně požadoval, jediná pochybnost správce daně spočívala ve skutečnosti, že Legios a.s. nereagovala na dvě výzvy k poskytnutí informací, to však nelze považovat za důkaz prokazující nevěrohodnost tvrzení žalobkyně.

43 Poukázala na ust. § 92 odst. 2 daňového řádu, které dle jejího názoru žalovaný porušil, když přehlédl veškeré důkazy svědčící ve prospěch žalobkyně a spokojil se s pouhými pochybnostmi popsanými výše. Měla za to, že své důkazní břemeno unesla, správce daně však nikoliv. I kdyby správce daně své důkazní břemeno přenesl zpět na žalobkyni výzvou ze dne 28. 7. 2014, nedbaly správce daně ani žalovaný v dalším řízení na úplné zjištění rozhodných skutečností. Opakovaně navrhla, aby soud napadené rozhodnutí zrušil.

44 Městský soud v Praze ve věci rozhodl rozsudkem ze dne 11. 9. 2020, č.j. 6 Af 67/2016-50, kde napadené rozhodnutí zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Důvodem pro zrušení napadeného rozhodnutí soudem byl závěr, že výzvy k odstranění pochybností vydané správcem daně v předmětných daňových řízeních nenaplňovaly kvalitativní požadavky požadované judikaturou na jejich přesnost a určitost, správce daně se ve výzvách omezil na obecné prohlášení, že má o podaných přiznáních pochybnosti, aniž by ozřejmil, na čem jsou jeho pochybnosti založeny. Jelikož daňové orgány žalobkyni řádně neseznámily se všemi pochybnostmi, nepodařilo se jim náležitě zpochybnit základní východisko pro posouzení nároku na odpočet DPH. Na žalobkyni tedy nepřešlo důkazní břemeno a závěr o tom, že žalobkyně byla povinna prokázat, že mezi skutečností a zpochybněnými údaji na daňových dokladech panuje soulad, a že toto důkazní břemeno neunesla, byl ze strany daňových orgánů předčasný.

45 Uvedený rozsudek byl zrušen rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 12. 2022 č.j. 3 Afs 315/2020-31. Nejvyšší správní soud souhlasil, že prvotní výzvy k odstranění pochybností nesplňovaly obsahové náležitosti, neboť se z nich dostatečně konkrétním způsobem nepodávalo, jaké pochybnosti správce daně pojal vůči daňovým tvrzením žalobkyně. Upozornil však, že dle judikatury Nejvyššího správního soudu lze vadné zahájení postupu k odstranění pochybností za určitých okolností v průběhu tohoto postupu napravit, pokud správce daně své konkrétní pochybnosti daňovému subjektu dodatečně sdělí a dá mu příležitost je rozptýlit. To se v dané věci stalo výzvy ze dne 28. 7. 2014. Nejvyšší správní soud tak dospěl k závěru, že vadný postup správce daně, spočívající ve vydání nekonkrétních prvotních výzev k odstranění pochybností, byl v průběhu řízení na základě výzvy ze dne 28. 7. 2014 (v kontextu předcházejícího ústního jednání konaného dne 18. 4. 2014) napraven. Nejvyšší správní soud tedy uzavřel, že vada postupu k odstranění pochybností, spočívající v nedostatečné konkrétnosti prvotních výzev, byla v průběhu tohoto postupu odstraněna, přičemž nejpozději výzvou ze dne 28. 7. 2014 na žalobkyni přešlo důkazní břemeno v otázce prokázání uskutečnění předmětných plnění ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu a Městský soud v Praze pochybil, shledal-li opak. Nejvyšší správní soud pak Městskému soudu v Praze vytkl i to, že v posuzované věci rozhodnutí žalovaného zrušil, aniž by se (v intencích žalobních bodů) jakkoli zabýval vlivem jím shledaných formálních procesních pochybení na zákonnost napadeného rozhodnutí z hmotněprávního hlediska.

46 Městský soud, vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu v zrušujícím rozsudku, na základě žaloby a v rozsahu žalobních bodů dle ust. § 75 odst. 2 s. ř. s. přezkoumal napadené rozhodnutí včetně řízení, které jeho vydání předcházelo. Při přezkoumávání rozhodnutí vycházel soud ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (ust. § 75 odst. 1 s. ř. s.).

47 Nejprve je třeba uvést, že Městský soud v Praze v souladu se závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu vychází z toho, že pochybnosti správce daně, získané mimo jiné o přijatých a uskutečněných zdanitelných plněních vykázaných v daňových přiznáních ve vztahu ke společnosti Legios a.s., byly v daňovém řízení žalobkyni sděleny dostatečně konkrétním způsobem a žalobkyni byl dán procesní prostor pro jejich rozptýlení.

48 Dále je vhodné konstatovat, že klíčové námitky, které žalobkyně vznáší proti napadenému rozhodnutí, se ve velké míře shodují s námitkami vyjádřenými ve správním řízení. Jak správní orgán 1. stupně, tak žalovaný se s nimi vypořádali. Žalobkyně v podané žalobě u většiny námitek nepolemizuje se závěry žalovaného, pouze setrvává na již vyřčené argumentaci. Správní soud ovšem přezkoumává především rozhodnutí a postup žalovaného správního orgánu, žalobkyně je proto povinna uvést konkrétní argumentaci zpochybňující závěry vyslovené v napadeném rozhodnutí správního orgánu, nikoli opakovat námitky vznesené ve správním řízení (srov. např. rozsudky ze dne 15. 2. 2017, č.j. 1 Azs 249/2016–38, odst. 12, nebo ze dne 29. 1. 2015, č.j. 8 Afs 25/2012–351, odst. 140).

49 Městský soud je přitom toho názoru, že žalobkyni se v napadeném rozhodnutí dostalo dostatečné a srozumitelné odpovědi na veškeré její námitky. Vzhledem k tomu, že není smyslem soudního přezkumu stále dokola podrobně opakovat již jednou vyřčené a pouze tak žalobkyni poskytnout „jinou“ či „lepší“ odpověď na její námitky, městský soud v plném rozsahu odkazuje na odůvodnění napadeného rozhodnutí, které považuje za řádné a věcně správné, ztotožňuje se s ním a bere jej za své. K námitkám, které se netýkají polemiky s žalovaným, se proto městský soud vyjádří pouze obecně (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 7. 2007, č.j. 8 Afs 75/2005-130 publikovaný pod č. 1350/2007 Sb. NSS, či rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 7. 2007, č.j. 4 As 11/2006-86, ze dne 29. 5. 2013, č.j. 2 Afs 37/2012-47). K tomu lze ještě uvést, že povinnost posoudit všechny žalobní námitky neznamená, že správní soud je povinen reagovat na každou z dílčí argumentace a tu obsáhle vyvrátit, jeho úkolem je vypořádat se s obsahem a smyslem žalobní argumentace (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 4. 2014, č.j. 7 As 126/2013-19).

50 K odkazu žalobkyně na obsah odůvodnění svého odvolání Městský soud v Praze zmiňuje rozhodnutí Vrchního soudu v Praze (tehdy jakožto soudu správního) č.j. 7 A 147/1999 – 35 ze dne 27. 12. 2001, dle kterého se soud v řízení o správní žalobě nemůže zabývat námitkami, které žalobce uplatnil v rozkladu podaném ve správním řízení, byť i na ně v žalobě sumárně odkázal. Je tedy třeba, aby žalobkyně tvrzené důvody nezákonnosti v žalobě explicitně uvedla. To je zákonnou náležitostí žaloby a jen tímto způsobem mohou být vymezeny hranice soudního přezkumu zákonnosti rozhodnutí. Odvolání žalobkyně v projednávané věci směřovalo proti prvostupňovým rozhodnutím správce daně. Žaloba naproti tomu napadá rozhodnutí žalovaného o odvolání žalobkyně. Tvrzené důvody nezákonnosti je proto třeba v žalobě výslovně uvést. Odkazuje-li žalobkyně na jednotlivé části svého odvolání, aniž by je výslovně uvedla, nemůže soud k takovému odkazu přihlédnout a vypořádat odvolací námitky tak, jako by byly součástí žaloby. Městský soud tedy vypořádá pouze námitky v žalobě uvedené.

51 Nejprve se městský soud zabýval vznesenou námitkou týkající se neunesení důkazního břemene žalovaným v dané věci.

52 Ve smyslu ust. § 72 odst. 1 zákona o DPH má nárok na odpočet daně plátce, pokud přijatá zdanitelná plnění použije pro uskutečnění své ekonomické činnosti. Nárok na uplatnění odpočtu daně vzniká dnem, ke kterému vznikla povinnost přiznat daň na výstupu. Nárok na odpočet daně plátce prokazuje dle ust. § 73 odst. 1 zákona o DPH daňovým dokladem, který byl vystaven plátcem a byl zaúčtován podle zvláštního právního přepisu.

53 Podle ust. § 92 daňového řádu správce daně dbá, aby skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji, a není v tom vázán jen návrhy daňových subjektů (odstavec 2). Povinností daňového subjektu je prokázat všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v řádném daňovém tvrzení, dodatečném daňovém tvrzení a dalších podáních (odstavec 3). Pokud to vyžaduje průběh řízení, může správce daně vyzvat daňový subjekt k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně, a to za předpokladu, že potřebné informace nelze získat z vlastní úřední evidence (odstavec 4). Správce daně naopak prokazuje skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem (odstavec 5 písm. c).

54 Z ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu i Ústavního soudu vyplývá, že prokazování nároku na odpočet daně je sice prvotně záležitostí dokladovou, současně je však třeba respektovat soulad skutečného stavu se stavem formálně právním. To znamená, že ani řádně vyplněné daňové doklady nemusí být podkladem pro uznání nároku na odpočet daně z přidané hodnoty, není-li prokázáno, že k uskutečnění zdanitelných plnění fakticky došlo tak, jak je v dokladech uvedeno, či nejsou splněny další zákonné podmínky pro jeho uplatnění. V daňovém řízení se v souladu s ust. § 92 odst. 3 daňového řádu uplatňuje zásada, podle které má každý daňový subjekt povinnost jednak přiznat daň (břemeno tvrzení) a rovněž i povinnost toto tvrzení prokázat (břemeno důkazní). Z uvedeného plyne povinnost daňového subjektu v pochybnostech prokázat pravdivost údajů deklarovaných na daňovém dokladu (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2008, č.j. 9 Afs 93/2007-84, ze dne 30. 8. 2005, č.j. 5 Afs 188/2004-63, nebo nález pléna Ústavního soudu ze dne 24. 4. 1996, sp.zn. Pl. ÚS 38/95). Důkaz daňovým dokladem je pouze formálním důkazem dovršujícím hmotněprávní aspekty skutečného provedení zdanitelného plnění. Jestliže zdanitelné plnění nebylo uskutečněno tak, jak je plátcem deklarováno, nemůže být důkazní povinnost splněna pouhým předložením, byť formálně správného, daňového dokladu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 6. 2014, č.j. 5 Afs 65/2013-79. Daňový doklad sám o sobě zpravidla neprokazuje, že se zdanitelné plnění, které je jeho předmětem, opravdu uskutečnilo. Existenci zdanitelného plnění nijak nevymezuje ani nepodmiňuje (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu 28. 2. 2008, č.j. 9 Afs 93/2007-84).

55 Důkazní břemeno daňového subjektu je vyjádřeno také v ust. § 34 zákona o DPH, z jehož odst. 1, 2 vyplývá povinnost zajistit soulad deklarovaného stavu se stavem faktickým tím, že daňový subjekt zajití mimo jiné věrohodnost původu daňového dokladu (tj. totožnost osoby, která plnění uskutečňuje, nebo která daňový doklad oprávněně vystavila). Jinak řečeno, daňový subjekt jakožto příjemce zdanitelného plnění musí být schopen prokázat, že subjekt uvedený na daňovém dokladu jako poskytovatel zdanitelného plnění opravdu dané zdanitelné plnění poskytl.

56 Jak bylo již uvedeno, primární povinnost prokázat svá tvrzení leží na daňovém subjektu. Pro prokázání nároku na odpočet daně dle ust. § 73 odst. 1 zákona o DPH je s ohledem na výše citovanou judikaturu nutno jednoznačně prokázat i to, že k uskutečnění zdanitelného plnění fakticky došlo tak, jak je v dokladech deklarováno. Je tedy primárně odpovědností daňového subjektu, aby transakce mající vliv na výši daně z přidané hodnoty nebo jejího odpočtu prováděl zodpovědným způsobem tak, aby jejich uskutečnění mohl zpětně (v časovém období stanoveném zákonem) v případě jejich zpochybnění správcem daně spolehlivě prokázat. Jak správně uvedl žalovaný v napadeném rozhodnutí, daňové doklady samy o sobě k prokázání uskutečnění zdanitelných plnění nestačí.

57 Žalovanému vznikly pochybnosti na základě skutečnosti, že k 1. 1. 2012 došlo k rozdělení právního předchůdce žalobkyně na více společností, přičemž žalobkyně ve svém účetnictví po tomto datu neevidovala žádný majetek a nebyli na ni převedeni ani žádní zaměstnanci. Ohledně posuzovaných ekonomických aktivit pak žalovaný konkrétně shledal, že u přijatých zdanitelných plnění byly žalobkyní předloženy faktury, smlouva o dílo na opravu lokomotiv, dodací list a objednávka dodaného zboží, na fakturách však nebyla uvedena forma úhrady přijatých faktur. Předložené listiny, které prokazovaly poskytnutí plnění, byly dále zpochybněny zejména výslechem jednatele dodavatele žalobkyně (Legios a.s.), který potvrdil spolupráci s žalobkyní ohledně zdanitelných plnění uvedených v daňových dokladech za zdaňovací období prosinec 2012 až duben 2013, přestože v té době ještě nebyl jednatelem dodavatele, zatímco ohledně zdanitelných plnění uvedených v daňových dokladech za zdaňovací období květen, červen, červenec a září 2012, kdy již jednatelem byl, uskutečnění zdanitelných plnění nepotvrdil. Dále žalovaný shledal, že mezi předloženými listinami chyběly předávací protokoly nebo jiné doklady prokazující např. kontrolu provedených prací, přepravu lokomotiv do místa opravy a zpět atp., přestože vzhledem k rozsahu sjednaných prací by se takové doklady daly očekávat.

58 Městský soud v Praze je toho názoru, že podezření žalovaného bylo v posuzovaném případě opřeno o racionální úvahu, že předložené doklady, byť mají všechny zákonné náležitosti, nejsou bez dalšího prokazování způsobilé prokázat, že k uskutečnění zdanitelných plnění fakticky došlo, neboť byly zjištěny okolnosti, které snižovaly jejich věrohodnost. Podezření (pochybnosti) bylo žalovaným formulováno v daňovém řízení opakovaně a ve výsledku dostatečně kvalifikovaně. Městský soud v Praze považuje za potřebné uvést, že žalobkyně se mýlí, domnívá-li se, že za jí tvrzeného skutkového stavu žalovaný neměl k pochybnostem důvod. Pochybnosti žalovaného spočívaly v tom, zda se operace zaznamenané v předložených fakturách opravdu uskutečnily. Žalovaný své pochybnosti vyvodil zejména z nesrovnalostí v majetku žalobkyně nastalých po rozdělení jejího právního předchůdce a z nepotvrzení sporné části zdanitelných plnění dodavatelem žalobkyně, vyšel z listinných důkazů shromážděných zejména o spolupráci předmětného dodavatele s žalobkyní, v nichž shledal nedostatečné smluvní ošetření některých aspektů realizace předmětných zdanitelných plnění, nedostatečnou informovanost jednatelů obou dotčených subjektů o předmětných zdanitelných plněních, propojenost žalobkyně a dodavatele mimo jiné sdílením společných prostor. Jedná se tedy o důvody objektivně existující. Proto městský soud považuje pochybnosti žalovaného za odůvodněné.

59 Žalovaný vzhledem k výše uvedeným pochybnostem v souladu s ust. § 92 odst. 4 daňového řádu vyzval žalobkyni k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně.

60 S ohledem na vše uvedené městský soud nepovažuje žalobní námitku neunesení důkazního břemene žalovaným za důvodnou. Žalovaný důvodně zpochybnil předložené daňové doklady, tedy unesl své důkazní břemeno podle ust. § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu, důkazní břemeno přešlo zpět na žalobce. Bylo pak na žalobkyni, aby pochybnosti žalovaného vyvrátila a prokázala pravdivost svých tvrzení dalšími důkazy.

61 To se však žalobkyni nepodařilo. I přes součinnost s žalovaným a pokusy objasnit sporovanou opravu čtyř lokomotiv zůstala skutečnost, že se plnění fakticky realizovalo, neprokázána. Žalovaný provedl listinné důkazy a výslechy svědků, a tyto důkazy řádně, logicky a ve vzájemných souvislostech zhodnotil, když listinné důkazy vyhodnotil jako nevěrohodné a výslechy svědků jako neprůkazné. Své závěry žalovaný vtělil do odůvodnění napadeného rozhodnutí, zejména do čl. 36 až 43. Městský soud na jeho obsah v podrobnostech odkazuje a hodnocení, které žalovaný k jednotlivým důkazům provedl, bere za své, neboť je považuje za správné a nemá nic, co by jim vytkl.

62 Žalovaný správně poukázal na důkazní nezpůsobilost dohody o vypořádání práv a povinností, v níž žalobkyně (společně a nerozdílně se společností ŽOS Loco s.r.o.) převzala dluh dodavatele Legios a.s. vůči společnosti SLOVAKIA TREND s.r.o., neboť tato bez dalšího neosvědčuje uskutečnění sporného plnění. K tomu městský soud poznamenává, že přestože deklarovaný způsob úhrady není v rozporu s právními předpisy, nezanechává auditní stopu a nesvědčí tak bez dalšího o realizaci plnění. Žalovaný také učinil správný závěr ze svědecké výpovědi jednatele dodavatele Legios a.s. v tom smyslu, že svědek sice obecně spolupráci obou subjektů potvrdil (byť pro období, kdy ještě nebyl jednatelem dodavatele), z jeho výpovědi však nebylo možné vzít za prokázané uskutečnění konkrétních sporných plnění. Žalovaný také správně přihlédl k absenci dokladů o předání a převzetí díla; soud přisvědčuje názoru žalovaného, že takové doklady lze při realizaci předmětného plnění odůvodněně předpokládat. Rovněž zjištění učiněná při místním šetření žalovaný vyhodnotil správně tak, že místní šetření přineslo informaci o tom, že žalobkyně a její dodavatel vykonávají obdobnou ekonomickou činnost a částečně sdílejí areál, nepřineslo však důkazy o uskutečnění plnění dle deklarace na předložených daňových dokladech. Městský soud v Praze se pak ztotožňuje také se závěrem žalovaného učiněným z listinných důkazů předložených v odvolacím řízení, jimiž byly evidenční doklady (předložené navíc jen pro část zdaňovacích období) pro daňové účely dodavatele Legios a.s. Jak zdůraznil žalovaný v napadeném rozhodnutí, právě skutečnost, že tyto doklady byly předloženy žalobkyní a nikoli jejím dodavatelem, nepůsobí věrohodně, jejich průkaznost je pak snížena tím, že se netýkají všech předmětných zdaňovacích období.

63 Dle názoru soudu žalovaný zcela logicky nemohl mít předložené důkazy za způsobilé vyvrátit jeho pochybnosti o tom, že k uskutečnění zdanitelného plnění fakticky došlo právě tak, jak je uvedeno na daňových dokladech.

64 Městský soud tedy shrnuje, že žalovaný postupoval v souladu s požadavkem správného zjištění a stanovení daně (ust. § 1 odst. 2 daňového řádu) provedené důkazy správně hodnotil podle své úvahy, každý důkaz jednotlivě a všechny v jejich vzájemné souvislosti, a přihlédl ke všemu, co při správě daní vyšlo najevo (ust. § 8 odst. 1, část věty za středníkem daňového řádu). Městský soud v Praze opakuje, že pro uplatnění daňového odpočtu bylo v posuzované věci nutné prokázat faktické uskutečnění zdanitelných plnění a jejich použití k ekonomické činnosti, což vyplývá například ze závěrů rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 9. 2013, č.j. 1 Afs 70/2013-47. Zároveň je nutno zdůraznit zásadu volného hodnocení důkazů, kterou upravuje odkazované ust. § 8 odst. 1 daňového řádu. Toto ustanovení stanoví žalovanému prostor, v rámci kterého může realizovat své správní uvážení, přičemž soudu nepřísluší toto správní uvážení automaticky nahrazovat svou úvahou, resp. znovu hodnotit provedené důkazy. Přestože je správní soudnictví ovládáno zásadou plné jurisdikce, tak se soud zaměřuje pouze na ověření, zda při hodnocení důkazů nedošlo k flagrantnímu a prima facie pochybení, které by mělo vliv na zákonnost samotného rozhodnutí. Žádné takové pochybení při zjišťování skutkového stavu soud v posuzované věci neshledal.

65 K jednotlivým konkrétním námitkám procesního postupu žalovaného městský soud uvádí následující.

66 Žalobkyně namítá, že žalovaný postupy k odstranění pochybností prováděl nezákonně dlouho, nepostupoval bez zbytečných průtahů.

67 Městský soud v Praze konstatuje, že postup správce daně směřující k odstranění pochybností je nepochybně institutem, jehož účelem je zabezpečit maximální rychlost daňového řízení. Jeho prostřednictvím jednak správce daně může s daňovým subjektem zahájit bezprostřední komunikaci, jednak může daňový subjekt vzniklé pochybnosti o výši daňových povinností urychleně odstranit. Daňový řád sice nestanoví lhůtu pro uzavření postupu k odstranění pochybností, správce daně však musí postupovat v souladu se zásadou rychlosti řízení a bez zbytečných průtahů. Formalizovanými pravidly pro zahájení a ukončení postupu k odstranění pochybností se zákonodárce evidentně snažil o zamezení trvání tohoto postupu v nepřiměřené délce (srovnej: rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 9. 2014, č.j. 1 Afs 107/2014-31).

68 Správní soudy ovšem stabilně judikují, že soudní obranou proti prodlužovanému postupu k odstranění pochybností je žaloba podle ust. § 82 a násl. s. ř. s. na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu (srovnej: rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 10. 2012 č.j. 1 Ans 10/2012-52).

69 Ač tedy městský soud v obecné rovině přisvědčuje žalobkyni, že průtahy správce daně při postupu k odstranění pochybností jsou v daňovém řízení nežádoucí, musí zároveň uvést, že vznesená námitka je nerelevantní pro přezkum napadeného rozhodnutí, neboť žalobkyně měla k nápravě tvrzeného vadného stavu jiné právní prostředky obrany, ať už prostřednictvím institutů zakotvených v daňovém řádu, nebo prostřednictvím jiného typu správní žaloby. Nadto městský soud uvádí, že po seznámení se se spisovým materiálem předloženým žalovaným shledal, že ačkoli postup k odstranění pochybností trval delší dobu a došlo též k určitým prodlevám při činění jednotlivých úkonů v rámci postupu k odstranění pochybností, tyto okolnosti ve svém souhrnu při provádění celého postupu žalovaného nemohou nabýt takové intenzity, aby mohl být učiněn závěr, že celý proces trval nepřiměřeně dlouho a zasáhl tak neúměrně do práv žalobkyně. Žalobní námitku tedy soud neshledal důvodnou.

70 Žalobkyně dále namítá, že žalovaný fakticky prováděl daňovou kontrolu, aniž by však daňovou kontrolu zahájil, a že tedy zkrátil žalobkyni na jejích právech a neumožnil jí doplnění dokazování v rámci daňové kontroly po skončení postupů k odstranění pochybností.

71 Podle § 89 odst. 1 a 2 daňového řádu platí, že má-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného řádného daňového tvrzení nebo dodatečného daňového tvrzení a dalších písemností předložených daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností. Ve výzvě správce daně uvede své pochybnosti způsobem, který umožní daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností.

72 Pokud nedošlo k odstranění pochybností a výše daně nebyla prokázána dostatečně věrohodně, sdělí správce daně daňovému subjektu výsledek postupu k odstranění pochybností. Daňový subjekt je ve lhůtě 15 dnů oprávněn podat návrh na pokračování v dokazování spolu s návrhem na provedení dalších důkazních prostředků (§ 90 odst. 2 daňového řádu). Shledá-li správce daně důvody k pokračování dokazování, zahájí v rozsahu těchto důvodů daňovou kontrolu, v opačném případě vydá do 15 dnů rozhodnutí o stanovení daně (§ 90 odst. 3 daňového řádu).

73 Daňová kontrola se zaměřuje na daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení (§ 85 odst. 1 daňového řádu).

74 V rozsudku ze dne 10. 10. 2012 č.j. 1 Ans 10/2012-52, č. 2729/2017 Sb. NSS, se Nejvyšší správní soud vyjádřil k rozdílu mezi postupem k odstranění pochybností a daňovou kontrolou: Podle něj postup k odstranění pochybností má sloužit „především k odstranění jednotlivých, dílčích pochybností již konkrétně vyjádřených“, nikoli „k obsáhlému a časově i personálně náročnému dokazování“; pro takový účel je vhodným nástrojem daňová kontrola.

75 Zásadní rozdíl mezi postupem k odstranění pochybností a daňovou kontrolou je v rozsahu oprávnění správce daně. V rámci postupu k odstranění pochybností je správce daně oprávněn toliko žádat od daňového subjektu doložení určitých skutečností, v daňové kontrole je může zjišťovat vlastními postupy, a to i v rámci sféry daňového subjektu proti jeho vůli (srovnej: usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 7. 2008 č.j. 9 Afs 110/2007-102, č. 1729/2008 Sb. NSS, které se sice vztahovalo k již neúčinnému zákonu č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, a v něm upravenému vytýkacímu řízení, jeho závěry jsou však přenositelné i na postupy v režimu daňového řádu). Vzhledem k invazivnější povaze daňové kontroly je navíc obecně vhodné nejprve zahájit postup k odstranění pochybností a teprve ukáže-li se, že v jeho rámci nelze pochybnosti správce daně o správnosti, průkaznosti či úplnosti údajů uvedených v daňovém přiznání rozptýlit, překlopit jej do daňové kontroly (srovnej: usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 7. 2010 č.j. 5 Afs 92/2008-147, č. 2137/2010 Sb. NSS); volba postupu je nicméně na úvaze správce daně (viz výše citovaný rozsudek č.j. 1 Ans 10/2012-52). Tato volba je omezena především tím, že postup k odstranění pochybností nelze na rozdíl od daňové kontroly použít pro namátkové prošetření tvrzení daňového subjektu (například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 9. 2014 č.j. 1 Afs 107/2014-26, č. 3175/2015 Sb. NSS).

76 V dané věci byl postup k odstranění pochybností zahájen výzvami k odstranění pochybností, které nebyly dostatečně konkrétní. Tento vadný postup byl v průběhu daňového řízení napraven výzvou ze dne 28. 7. 2014, která (v kontextu předcházejícího ústního jednání konaného dne 18. 4. 2014) již odpovídala zákonným požadavkům a obsahovala dostatečně konkrétní skutkové důvody (nekomunikativnost dodavatele Legios a. s., a tedy nepotvrzení sporné části zdanitelných plnění, nesrovnalosti v majetku žalobkyně nastalé po rozdělení jejího právního předchůdce). Žalobkyně následně neunesla důkazní břemeno a žalovaný stanovil daň v rámci postupu k odstranění pochybností (§ 92 odst. 3 daňového řádu), když shledal, že nárok na odpočet DPH žalobkyni nevznikl, neboť žalobkyně neprokázala, že k uskutečnění zdanitelného plnění došlo. Jak uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 5. 10. 2016 č.j. 6 Afs 170/2016-30, „pokud k uskutečnění zdanitelného plnění vůbec nedošlo, respektive daňový subjekt v tomto směru neunesl důkazní břemeno, je zbytečné se případným podvodným jednáním z povahy věci zabývat, neboť zde žádné (zneužívající či jiné) daňově relevantní jednání plátce DPH nebylo. Postup plátce daně, který vykáže neexistující plnění, na základě něhož následně nárokuje odpočet DPH, lze sice také považovat za v jistém smyslu podvodný, avšak daňová povinnost mu v tomto případě bude snížena nikoli proto, že se dopustil či účastnil podvodu, ale proto, že nárok na odpočet mu vůbec nevznikl, neboť fakticky nebylo žádné zdanitelné plnění uskutečněno.“

77 Citovaná judikatura Nejvyššího správního soudu dále zapovídá přenášet na daňový subjekt důkazní břemeno k vyvrácení zjištění správce daně o existenci podvodu na DPH a účasti daňového subjektu na něm. Z toho vyplývá, že postup k odstranění pochybností není konstruován pro odepření daňového odpočtu na základě existence podvodu na DPH, zatímco pro odepření daňového odpočtu v důsledku neunesení důkazního břemene jej lze zásadně použít.

78 Navíc nelze ztrácet ze zřetele další aspekt, a sice to, že daňová kontrola s sebou nese intenzivnější zásahy do práv daňového subjektu. Z perspektivy žalobkyně, resp. s ohledem na respekt k jejím právům, by proto měl mít přednost postup k odstranění pochybností, který žalobkyni umožnil dobrovolně poskytnout správci daně veškeré potřebné údaje a doklady (srov. § 2 odst. 2 daňového řádu a usnesení rozšířeného senátu č.j. 5 Afs 92/2008-147). Městský soud v Praze proto konstatuje, že výzva k odstranění pochybností adresovaná žalobkyni byla vydána v souladu s § 89 odst. 1 daňového řádu a obsahově vyhovovala odst. 2 tohoto ustanovení (správce daně v ní uvedl konkrétní skutečnosti, k nimž se jeho pochybnosti vztahovaly, a specifikoval, z čeho tyto pochybnosti pramení).

79 Městský soud v Praze přisvědčuje žalobkyni, že podmínkou vydání výzvy podle § 92 odst. 4 daňového řádu v rámci postupu k odstranění pochybností je, že přetrvávající pochybnost „lze objasnit jednoduchou reakcí daňového subjektu.“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 12. 2015 č.j. 4 Afs 328/2015-29). Žalovaný však výzvou k prokázání skutečností po žalobkyni požadoval, aby předložila dosud nedoložené odpovědi a materiály požadované během časově předcházejícího ústního jednání, aby předložila soupis veškerého majetku, který žalobkyně vlastní po rozdělení jejího právního předchůdce, a aby prokázala, že přijatá zdanitelná plnění od dodavatele Legios a. s., ve všech předmětných zdaňovacích obdobích, byla uskutečněna v rozsahu a objemech vykázaných v souladu s § 72 a 73 zákona o DPH, a použita pro uskutečnění ekonomické činnosti žalobkyně.

80 Takovému požadavku lze podle názoru městského soudu stěží vyhovět „jednoduchou reakcí“, naopak je nutné předložení řady listin. Pro takto rozsáhlé dokazování však výzva podle § 92 odst. 4, a ani postup k odstranění pochybností určeny nejsou. Je též třeba zmínit, že po vydání prvotních výzev k prokázání skutečností žalovaný postupoval též z vlastní iniciativy, skutkový stav ověřoval i sám, bez součinnosti se žalobkyní, některé skutečnosti zjišťoval prostřednictvím mezinárodního dožádání, které má probíhat v rámci daňové kontroly, nikoli při postupu k odstranění pochybností (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 7. 2018 č.j. 1 Afs 273/2017-30).

81 Zbývá vyhodnotit, zda popsané pochybení (nezákonnost postupu v řízení, resp. procesní vada) mohlo ovlivnit zákonnost konečného rozhodnutí o vyměření daně žalobkyni jako takového, jak ostatně městskému soudu uložil Nejvyšší správní soud ve zrušujícím rozsudku ze dne 22. 12. 2022 č.j. 3 Afs 315/2020-31 (bod 18 odkazovaného rozsudku). Žalobě proti rozhodnutí lze totiž z důvodu procesních vad vyhovět jen tehdy, jsou-li zjištěné vady způsobilé ovlivnit zákonnost tohoto rozhodnutí.

82 Městský soud tedy uvážil vliv zjištěného procesního pochybení na zákonnost napadeného rozhodnutí, a to v intencích žalobních bodů (srovnej: rozsud