5 Afs 1/2026 — Nejvyšší správní soud

5 Afs 1/2026- 46 - text  5 Afs 1/2026 - 55 pokračování [OBRÁZEK] ČESKÁ REPUBLIKA R O Z S U D E K J M É N E M R E P U B L I K Y Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Lenky Matyášové a soudců JUDr. Jakuba Camrdy a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobce: SCHROM FARMS spol. s r. o. , se sídlem Velké Albrechtice 327, zast. JUDr. Sylvií Sobolovou, Ph.D., advokátkou, se sídlem Jungmannova 745/24, Praha, proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství, se sídlem Těšnov 65/17, Praha, za účasti: Státní zemědělský intervenční fond, se sídlem Ve Smečkách 801/33, Praha, v řízení o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 16. 12. 2025, č. j. 11 A 98/2025-53, t a k t o : Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 16. 12. 2025, č. j. 11 A 98/2025-53, s e z r u š u j e a věc s e v r a c í tomuto soudu k dalšímu řízení. O d ů v o d n ě n í : [1] Žalobce se podanou žalobou domáhal zrušení rozhodnutí ministra zemědělství ze dne 2. 6. 2025, čj. MZE-39424/2025-11155, kterým ministr potvrdil usnesení Ministerstva zemědělství (dále „ministerstvo“) ze dne 1. 4. 2025, čj. MZE-21637/2024-14112; tím bylo rozhodnuto o zahájení přezkumného řízení o souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy. [2] Na základě žádosti o dotaci reg. č. 17/005/0411e/780/002006, ze dne 28. 10. 2017, byla mezi žalobcem a Státním zemědělským intervenčním fondem (dále „Fond“) uzavřena dne 14. 8. 2018 Dohoda o poskytnutí dotace z Programu rozvoje venkova ČR (dále „Dohoda“) na projekt „Modernizace farmy Bílovec“, na základě které Fond dne 5. 11. 2018 žalobci vyplatil dotaci ve výši 1 599 600 Kč. Jediným společníkem žalobce byla společnost AGROFERT a. s., která jím byla rovněž ke dni uzavření Dohody; jediným akcionářem společnosti byl Ing. Andrej Babiš, který byl v období od 6. 12. 2017 do 17. 12. 2021 předsedou vlády České republiky. Dne 1. 2. 2017 založil Ing. Andrej Babiš svěřenské fondy AB private trust I a AB private trust II, do nichž dne 3. 2. 2017 vložil všechny své akcie společnosti AGROFERT a.s. [3] Dne 9. 9. 2022 zahájil Fond se žalobcem řízení o vrácení dotace z důvodu zjištění (na základě auditních šetření Evropské komise zahájeného v lednu 2019; audit byl ukončen 8. 6. 2022), podle něhož mohla být Dohoda uzavřena v rozporu s § 4c zákona č. 159/2006 Sb., o střetu zájmů, ve znění rozhodném ke dni uzavření Dohody, podle něhož „ je zakázáno poskytnout dotaci podle právního předpisu upravujícího rozpočtová pravidla nebo investiční pobídku podle právního předpisu upravujícího investiční pobídky obchodní společnosti, ve které veřejný funkcionář uvedený v § 2 odst. 1 písm. c) nebo jím ovládaná osoba vlastní podíl představující alespoň 25% účasti společníka obchodní společnosti.“ Dále byl shledán možný rozpor s čl. 61 odst. 1 Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU, Euratom) 2018/1046 ze dne 18. 7. 2018, kterým se stanoví finanční pravidla pro souhrnný rozpočet Unie, v platném znění. [4] Rozhodnutím ze dne 14. 8. 2023, č. j. SZIF/2023/0572130, uložil Fond žalobci povinnost vrátit dotaci; proti tomuto rozhodnutí podal žalobce odvolání, které žalovaný zamítl rozhodnutím ze dne 20. 12. 2023, č. j. MZE-72282/2023-14112 a rozhodnutí Fondu potvrdil. Žalobce proti uvedenému rozhodnutí podal správní žalobou, o níž rozhodl Městský soud v Praze (dále „městský soud“) rozsudkem ze dne 13. 11. 2024, č. j. 8 A 21/2024-140, tak, že žalobě vyhověl a napadená rozhodnutí zrušil, neboť dospěl k závěru, že je třeba nejdříve posoudit zákonnost Dohody (veřejnoprávní smlouvy), a žalovanému uložil, aby zahájil přezkumné řízení podle § 165 zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, přičemž teprve poté (shledá-li žalovaný porušení předpisů při uzavření Dohody) je možno konstatoval nezákonnost Dohody a potažmo neoprávněnost platby dotace a rozhodnout o vrácení dotace. Proti tomuto rozsudku městského soudu žalovaný kasační stížnost nepodal. [5] Následně usnesením ze dne 1. 4. 2025 žalovaný zahájil přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy, proti tomuto usnesení podal žalobce rozklad, neboť měl za to, že právo žalovaného zahájit přezkumné řízení prekludovalo již dne 14. 8. 2022. [6] Ministr zemědělství rozhodnutím, které bylo předmětem soudního řízení před městským soudem (jehož rozsudek je nyní předmětem kasační stížnosti) rozkladu nevyhověl a usnesení o zahájení přezkumného řízení potvrdil. Shledal, že Ing. Andrej Babiš byl v případě obou fondů obmyšlenou osobou, přičemž účelem těchto fondů je jednak správa vyčleněných akcií společnosti AGROFERT a jejich prostřednictvím celé skupiny a následné vydání majetku ve svěřenských fondech zakladateli, a jednak ochrana zájmů zakladatele Ing. Babiše. Vycházel přitom též ze závěrů Evropské komise (usnesení č. UMB/2019/003/CZ/COL ze dne 23. 2. 2021): „Vzhledem k výše zmíněným prvkům správy a řízení, zejména k tomu, že A. Babiš jmenoval všechny činitele, které může také odvolávat, lze situaci hodnotit tak, že má na svěřenské fondy přímý i nepřímý rozhodující vliv. Na základě tohoto hodnocení se útvary Komise domnívají, že A. Babiš prostřednictvím těchto svěřenských fondů nepřímo ovládá mateřskou společnost skupiny AGROFERT.“ Potvrdil závěry ministerstva, které se ztotožnilo se závěry Evropské komise, že se na Ing. Babiše vztahoval § 4c zákona o střetu zájmů, v důsledku čehož veškeré dotace poskytnuté skupině AGROFERT po datu 1. 9. 2017 jsou s tímto ustanovením v rozporu, jestliže žádost o dotaci byla podána po tomto datu (28. 10. 2017) a dotace byla poskytnuta v době, kdy byl Ing. Babiš předsedou vlády ČR. Dále podotkl že sice § 4c zákona o střetu zájmů hovoří o právním předpisu upravujícím rozpočtová pravidla, nicméně s ohledem na smyslu tohoto ustanovení je za takový zákon nutno považovat rovněž zákon o SZIF, jak dovodila ve svých závěrech rovněž Evropská komise, a to s ohledem na vzájemnou provázanost rozpočtových pravidel a zákona o SZIF. Poukázal na to, že dne 2. 1. 2018 nabylo účinnosti nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU Euratom) č. 2018/1046; podle jeho čl. 61 odst. 1 (střet zájmů) platí: „Účastníci finančních operací ve smyslu kapitoly 4 této hlavy a jiné osoby, včetně vnitrostátních orgánů na všech úrovních podílející se na plnění rozpočtu v přímém, nepřímém a sdíleném řízení, včetně příprav na tuto činnost, na auditu nebo na kontrole, se zdrží jakéhokoli jednání, které by mohlo uvést jejich zájmy o střetu se zájmy Unie. Přijmou rovněž vhodná opatření, která u funkcí v rámci jejich odpovědnosti zamezí vzniku střetu zájmů a která řeší situace, jež lze objektivně vnímat jako střet zájmů.“ Potvrdil závěr ministerstva, že situace, kdy byl Ing. Babiš v době uzavření Dohody předsedou vlády ovládající fungování svěřenských fondů, spadá do situace střetu zájmů popsaných v čl. 61 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU Euratom) č. 2018/1046. [7] Ministr zemědělství v rozkladovém rozhodnutí neshledal důvodnou námitku stran nedodržení lhůty pro nařízení přezkumného řízení ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení Rady EU č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, v platném znění (dále „nařízení č. 2988/95“). Podotkl, že za nesrovnalost podle čl. 1 odst. 2 přímo použitelného nařízení č. 2988/95 je třeba považovat jakékoli porušení unijního předpisu, které vedlo nebo by mohlo vést k poškození rozpočtu EU. V posuzovaném případě spočívá tvrzená nesrovnalost v tom, že existuje pochybnost, zda žalobce již v době podání žádosti o dotaci splňoval podmínky pro její přiznání; pokud by bylo konstatováno, že porušení podmínek pro přiznání dotace existovalo již v tomto okamžiku, podle ustálené judikatury SDEU nelze za vznik nesrovnalosti považovat pouze samotné porušení, ale je třeba kumulativně hodnotit i okamžik, kdy došlo k poškození nebo ohrožení rozpočtu (rozsudek SDEU ze dne 6. 10. 2015, ve věci C-59/14, Ernst Kollmer Fleischimport, body 25, 26); v rozkladovém rozhodnutí ministr zemědělství potvrdil, že okamžikem, od kterého běží prekluzivní lhůty, je nutno rozumět v případě ex post vyplacených dotací až vyplacení finančních prostředků, nikoli uzavření Dohody, popř. podání žádosti (od takového okamžiku by se odvíjela pouze teoretická nesrovnalost); faktické a konečné poškození rozpočtu nastalo až vyplacením finančních prostředků. [8] Ministr zemědělství setrval na závěru prvostupňového rozhodnutí, že lhůta počala běžet dne 5. 11. 2018 a pokud přezkumné řízení bylo zahájeno dne 1. 4. 2025, přičemž byly učiněny úkony, konkr. Prováděcí rozhodnutí Komise (EU) 2022/908 ze dne 8. 6. 2022 (dále „Prováděcí rozhodnutí Komise“), resp. oznámení o zahájení řízení o vrácení dotace ze dne 9. 9. 2022, které běh (4leté) lhůty stanovené v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 přerušily, nedošlo k prekluzi a přezkumné řízení bylo zahájeno včas. [9] V odůvodnění rozkladového rozhodnutí ministr zemědělství rovněž upozornil na to, že Česká republika využila možnosti stanovit si delší lhůty pro zahájení řízení o stíhání nesrovnalosti ve smyslu čl. 3 odst. 3 n