Úřední zdrojee-Sbírka · nsoud.cz · nssoud.cz · nalus.usoud.cz · justice.cz · EUR-Lexdatabáze aktualizována 7. 10. 2026Jak ověřujeme data
Europaius
§ 90

§ 90 daňový řád – Postup k odstranění pochybností

Zákon daňový řád · 280/2009 Sb. · účinné od 1. 1. 2021 · Daňové právo · neoficiální nadpis

Stručně: Paragraf 90 daňového řádu popisuje, jak správce daně postupuje při odstraňování pochybností o daňovém tvrzení, včetně dokumentace průběhu, možnosti daňového subjektu navrhnout další dokazování a důsledků neodstranění pochybností. Správce daně zaznamenává průběh a výsledky postupu k odstranění pochybností do protokolu nebo úředního záznamu, kde uvede, co pochybnosti odstranilo, nebo proč přetrvávají. (§ 90 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, znění účinné od 1. 1. 2021)

Klíčová fakta

  • Týká se: správce daně, daňový subjekt
  • Lhůta nebo doba (odst. 2): „Daňový subjekt je oprávněn do 15 dnů ode dne, kdy byl seznámen s dosavadním výsledkem postupu k odstranění pochybností…“
  • Lhůta nebo doba (odst. 3): „Neshledá-li správce daně důvody k pokračování v dokazování, vydá do 15 dnů ode dne, kdy daňový subjekt podal návrh na pokračování v dokazování, rozhodnutí o…“
  • Judikatura: na § 90 odkazuje 615 soudních rozhodnutí (NS, ÚS, NSS)
  • Účinnost: znění účinné od (předchozí znění: co se změnilo)
  • Zdroj: e-Sbírka, 280/2009 Sb.

Shrnutí z výkladu níže, závazné je znění zákona.

(1) O průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy svého úkonu protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností.

(2) Nedošlo-li k odstranění pochybností a výše daně nebyla prokázána dostatečně věrohodně, sdělí správce daně daňovému subjektu výsledek postupu k odstranění pochybností. Daňový subjekt je oprávněn do 15 dnů ode dne, kdy byl seznámen s dosavadním výsledkem postupu k odstranění pochybností, podat návrh na pokračování v dokazovaní spolu s návrhem na provedení dalších důkazních prostředků.

(3) Neshledá-li správce daně důvody k pokračování v dokazování, vydá do 15 dnů ode dne, kdy daňový subjekt podal návrh na pokračování v dokazování, rozhodnutí o stanovení daně.

(4) Neposkytne-li daňový subjekt potřebnou součinnost k odstranění pochybností, může správce daně stanovit daň podle pomůcek.

(5) Nedošlo-li k odstranění pochybností ohledně skutečnosti, která nemá vliv na výši daně, vydá správce daně rozhodnutí ve věci nebo rozhodnutí o zastavení řízení, v jehož odůvodnění uvede výsledek postupu k odstranění pochybností.

Srozumitelný výklad

Co to znamená v praxi

  • Správce daně zaznamenává průběh a výsledky postupu k odstranění pochybností do protokolu nebo úředního záznamu, kde uvede, co pochybnosti odstranilo, nebo proč přetrvávají.
  • Pokud pochybnosti přetrvávají a výše daně není věrohodně prokázána, správce daně sdělí daňovému subjektu dosavadní výsledek a ten má 15 dnů na návrh dalšího dokazování.
  • Jestliže správce daně neshledá důvody pro pokračování v dokazování, vydá do 15 dnů od návrhu daňového subjektu rozhodnutí o stanovení daně.
  • Pokud daňový subjekt nespolupracuje při odstraňování pochybností, správce daně může stanovit daň podle pomůcek.

Na co si dát pozor

  • Daňový subjekt má omezenou lhůtu 15 dnů na podání návrhu na pokračování v dokazování po seznámení s výsledkem postupu k odstranění pochybností.
  • Neposkytnutí potřebné součinnosti může vést k tomu, že správce daně stanoví daň podle pomůcek, což může být pro daňový subjekt nevýhodné.

Generováno z textu ustanovení, orientační – nenahrazuje radu advokáta.

Judikatura k § 90

615
NS
Nejvyšší soud
26. 10. 2021
NS
Nejvyšší soud
22. 4. 2015
ÚS
Ústavní soud
16. 8. 2022
ÚS
Ústavní soud
3. 5. 2022
ÚS
Ústavní soud
1. 9. 2020
NSS
Krajský soud v Ústí nad Labem
13. 4. 2026
NSS
Městský soud v Praze
13. 4. 2026
NSS
Městský soud v Praze
4. 3. 2026
Trend citací § 90 v rozhodnutích
17181920212223242526

Novější rozhodnutí z každého soudu. Rozhodnutí citují § 90 zákona 280/2009 Sb. – vazby extrahované z plných textů.

Jak soudy aplikují § 90

… zprávě o inventarizaci již prodána v Německu konečným odběratelům a zaregistrována předtím, než se povinný subjekt stal plátcem daně z přidané hodnoty, a to s výjimkou jediného vozidla z celkového počtu uplatňovaných 11 (srov. protokol o ústním jednání při správě daní sepsaný podle ustanovení § 60 až § 62 ve vazbě na § 90 odst. 1 daňového řádu Finančním úřadem pro Plzeňský kraj na č. l. 43–45).

3 Tdo 941/2021 · Nejvyšší soud · 26. 10. 2021

Jak přitom vyplývá ze zprávy Finančního úřadu v Blovicích ze dne 7. 11. 2012 (č. l. 405 trestního spisu), správce daně vedl do měsíce března 2011 celkem sedm vytýkacích řízení, případně řízení k odstranění pochybností podle § 90 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, ve znění pozdějších předpisů, vůči obchodní společnosti Optimal Solutions CZ, s. r. o., jako plátci daně z přidané hodnoty.

5 Tdo 427/2015 · Nejvyšší soud · 22. 4. 2015

… soudní rozhodnutí, byla předmětem přezkumu ta rozhodnutí odvolacího správního orgánu, kterými byly potvrzeny platební výměry správce daně za zdaňovací období měsíců dubna až října 2017. Ke stěžovatelkou tvrzené "změně správní praxe" však došlo již na základě sdělení správce daně o postupu k odstranění pochybností dle § 90 odst. 2 daňového řádu (č. j. 25010-2/2017-510000-32.1 ze dne 5. 4. 2017) ve vztahu ke zdaňovacímu období prosince 2016. Platební výměr odtud vzešlý ovšem není předmětem přezkumu správních soudů v nyní napadených rozhodnutích.

I.ÚS 3101/21 · Ústavní soud · 16. 8. 2022

Výňatky z odůvodnění rozhodnutí, která toto ustanovení citují. Celý kontext najdete v textu rozhodnutí.

Právní otázky

6

Související

§ 110z Postup k odstranění pochybností (Zákon o dani z přidané hodnoty)§ 33b Postup k odstranění pochybností v údajích v o (Zákon o spotřebních daních)§ 28f Postup k odstranění pochybností v údajích v o (Zákon o spotřebních daních)§ 43h Postup k odstranění pochybností v údajích v n (Zákon o spotřebních daních)§ 128 Postup k odstranění pochybností v registrační (Zákon o změně zákonů související se zříz)