Úřední zdrojee-Sbírka · nsoud.cz · nssoud.cz · nalus.usoud.cz · justice.cz · EUR-Lexdatabáze aktualizována 7. 10. 2026Jak ověřujeme data
Europaius
§ 89

§ 89 daňový řád – Postup k odstranění pochybností

Zákon daňový řád · 280/2009 Sb. · účinné od 1. 1. 2021 · Daňové právo

Stručně: Paragraf 89 daňového řádu popisuje postup, kterým správce daně řeší pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti daňového tvrzení nebo jiných písemností předložených daňovým subjektem. Pokud má správce daně konkrétní pochybnosti o vašem daňovém tvrzení (např. daňovém přiznání), vyzve vás k jejich odstranění. (§ 89 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, znění účinné od 1. 1. 2021)

Klíčová fakta

  • Předmět úpravy: Postup k odstranění pochybností
  • Týká se: správce daně, daňový subjekt
  • Lhůta nebo doba (odst. 3): „…stanoví správce daně lhůtu k odstranění pochybností, která nesmí být kratší než 15 dnů, a poučí ho o následcích spojených s neodstraněním pochybností nebo nedodržením…“
  • Judikatura: na § 89 odkazuje 986 soudních rozhodnutí (NS, ÚS, NSS)
  • Právní otázky k tomuto ustanovení: Jak funguje postup k odstranění pochybností?
  • Účinnost: znění účinné od (předchozí znění: co se změnilo)
  • Zdroj: e-Sbírka, 280/2009 Sb.

Shrnutí z výkladu níže, závazné je znění zákona.

(1) Má-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností.

(2) Ve výzvě správce daně uvede své pochybnosti způsobem, který umožní daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností.

(3) Ve výzvě daňovému subjektu stanoví správce daně lhůtu k odstranění pochybností, která nesmí být kratší než 15 dnů, a poučí ho o následcích spojených s neodstraněním pochybností nebo nedodržením stanovené lhůty.

(4) Správce daně může zahájit za účelem odstranění pochybností daňovou kontrolu, jejíž předmět a rozsah nejsou tímto účelem omezeny. Zahájením této daňové kontroly je postup k odstranění pochybností ukončen.

Srozumitelný výklad

Co to znamená v praxi

  • Pokud má správce daně konkrétní pochybnosti o vašem daňovém tvrzení (např. daňovém přiznání), vyzve vás k jejich odstranění.
  • Ve výzvě musí správce daně jasně uvést, jaké pochybnosti má, abyste se k nim mohli vyjádřit, doplnit údaje, vysvětlit nejasnosti, opravit nepravdivé údaje nebo prokázat pravdivost údajů a předložit důkazy.
  • Správce daně vám stanoví lhůtu pro odstranění pochybností, která nesmí být kratší než 15 dnů, a poučí vás o následcích, pokud pochybnosti neodstraníte nebo nedodržíte lhůtu.
  • Pokud se pochybnosti nepodaří odstranit tímto postupem, může správce daně zahájit daňovou kontrolu, čímž je tento postup k odstranění pochybností ukončen.

Na co si dát pozor

  • Lhůta pro odstranění pochybností je minimálně 15 dnů, ale může být i delší.
  • Neodstranění pochybností nebo nedodržení stanovené lhůty může mít pro daňový subjekt negativní následky, o kterých vás správce daně poučí.
  • Zahájení daňové kontroly v důsledku neodstraněných pochybností ukončuje tento postup a předmět a rozsah daňové kontroly nejsou omezeny původním účelem odstranění pochybností.

Generováno z textu ustanovení, orientační – nenahrazuje radu advokáta.

Judikatura k § 89

986
NS
Nejvyšší soud
2. 9. 2024
NS
Nejvyšší soud
17. 1. 2024
NS
Nejvyšší soud
14. 8. 2019
ÚS
Ústavní soud
6. 5. 2026
ÚS
Ústavní soud
15. 11. 2023
ÚS
Ústavní soud
19. 7. 2022
NSS
Městský soud v Praze
30. 4. 2026
NSS
Krajský soud v Českých Budějovicích
29. 4. 2026
NSS
Městský soud v Praze
28. 4. 2026
Trend citací § 89 v rozhodnutích
17181920212223242526

Novější rozhodnutí z každého soudu. Rozhodnutí citují § 89 zákona 280/2009 Sb. – vazby extrahované z plných textů.

Jak soudy aplikují § 89

Z uvedených ustanovení daňového řádu i z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, sp. zn. 5 Afs 15/2021, tedy plyne, že byl-li správcem daně zahájen postup k odstranění pochybností o výši daně podle § 89 daňového řádu (jako v projednávané věci výzvou k odstranění pochybností Finančního úřadu pro Středočeský kraj ze dne 17. 12. 2012, č. j. 198021/12/034912201174) a posléze došlo k uplynutí lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, daň se stanoví platebním výměrem a nikoliv tzv. konkludentně, jak nesprávně dovodil odvolací soud.

30 Cdo 551/2024 · Nejvyšší soud · 2. 9. 2024

Dílčí fáze daňového řízení až do okamžiku, kdy je daňový subjekt buď vyzván k tomu, aby odstranil pochybnosti o správnosti, průkaznosti a úplnosti daňového tvrzení, popřípadě písemností, jež k daňovému tvrzení předložil (§ 89 daňového řádu), anebo je mu za týmž účelem doručeno oznámení o zahájení daňové kontroly (§ 85 a § 87 daňového řádu), tak nemusí být spojena s vědomostí daňového subjektu o tom, že by za účelem prověření řádného splnění daňové povinnosti vůči němu správce daně hodlal využít kontrolní postupy případně směřující k vyměření (doměření) …

28 Cdo 3787/2023 · Nejvyšší soud · 17. 1. 2024

… 1. R. M. dne 30. 6. 2011, přičemž společnost M. R. toto plnění nikdy nepřevzala, neužívala, ani jej neuhradila, a činila tak v úmyslu vylákat neoprávněnou výhodu na dani, avšak k vyplacení nárokovaného nadměrného odpočtu nedošlo, neboť byl správcem daně zahájen postup k odstranění pochybností ve smyslu ustanovení § 89 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, 2. R. G. jako účetní společnosti M. R., IČ XY, se sídlem XY, vyplnil daňové přiznání k dani z přidané hodnoty společnosti M. R. za zdaňovací období 2. čtvrtletí 2011, podané dne 25. 7. 2011 …

8 Tdo 736/2019 · Nejvyšší soud · 14. 8. 2019

Výňatky z odůvodnění rozhodnutí, která toto ustanovení citují. Celý kontext najdete v textu rozhodnutí.

Právní otázky

5

Související

§ 110z Postup k odstranění pochybností (Zákon o dani z přidané hodnoty)§ 33b Postup k odstranění pochybností v údajích v o (Zákon o spotřebních daních)§ 28f Postup k odstranění pochybností v údajích v o (Zákon o spotřebních daních)§ 43h Postup k odstranění pochybností v údajích v n (Zákon o spotřebních daních)§ 128 Postup k odstranění pochybností v registrační (Zákon o změně zákonů související se zříz)